Elucidation of phosphate hydrolysis mechanism in water and in the elongation factor Tu (EF-Tu)
Suda ve elongasyon faktörü tu (EF-Tu) üzerinde fosfat hidrolizinin açıklanması
- Tez No: 200234
- Danışmanlar: PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU, PROF. DR. VİKTORYA AVİYENTE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 84
Özet
Fosfat hidrolizi reaksiyonları hücre içi aktivitelerde kritik rollerle sahiptir. Bundan dolayı suda ve proteinlerin üzerinde fosfat hidrolizi reaksiyonunun doğası önemli ölçüde ilgi çekmektedir. Fosfat hidrolizi reaksiyonunun mekanizmasını açıklamak üzere yapılan çalışmalar sonucunda ortaya çıkan en önemli tartışma hidroliz reaksiyonunun birleşmiş veya ayrışmış geçiş konumlarından hangisini izlediğidir.Bu tezde iki konu üzerine yoğunlaşılmaktadır. Birincisi metil pirofosfatın (CH3P2O7-3) hidroliz reaksiyonunun ayrıntılı incelenmesi, ikicisi ise guanozin trifosfat (GTP) hidrolizi gerçekleştiren EF-Tu'nun GTP formunun analizidir.Metil pirofosfatın (CH3P2O7-3) hidroliz reaksiyonunu yoğunluk fonksiyonu teorisi (DFT) kullanılarak incelenmiş ve neticede ayrışmış geçiş konumunun birleşmiş geçiş konumuna göre enerji olarak daha avantajlı olduğu bulunmuştur. Ayrıca, magnezyum iyonunun (Mg+2) varlığının metil pirofosfatın hidroliz reaksiyonu üzerindeki etkisi de çalışılmıştır.Bunlara ek olarak, EFTu:GTP kompleksinin yapısal ve dinamik özellikleri moleküler dinamik (MD) yöntemi kullanılarak incelenmiştir.
Özet (Çeviri)
The nature of phosphate hydrolysis reactions in solutions and in proteins is a topic that draws significant amount of interest due to the critical role of the phosphate hydrolysis reactions in the cellular activities. Studies on the phosphate hydrolysis reactions, directed towards the elucidation of the mechanism, created the main mechanistic debate on the phosphate hydrolysis reaction; whether it follows an associative or a dissociative pathway.This thesis is focused on two topics; the first one is the detailed investigation of the hydrolysis of methyl pyrophosphate trianion (CH3P2O7-3) and the second one is the analysis of the guanosine triphosphate (GTP) form of EF-Tu, a GTP hydrolyzing protein.Density Functional Theory (DFT) calculations were done for the investigation of the mechanism of the hydrolysis of methyl pyrophosphate trianion (CH3P2O7-3) and dissociative pathway was found to be favored over associative pathway for the hydrolysis reaction in aqueous medium. Moreover, the effect of the presence of the magnesium (Mg+2) ion on the hydrolysis of methyl pyrophosphate trianion was studied.In addition to these, the structural and dynamical properties of EFTu:GTP complex were analyzed by means of molecular dynamics (MD) simulations.
Benzer Tezler
- Elucidation of molecular mechanisms conferring arsenic tolerance to yeast cells
Maya hücrelerine arsenik dirençliliği kazandıran moleküler mekanizmaların aydınlatılması
ESİN IŞIK
Yüksek Lisans
İngilizce
2015
Biyokimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HÜSEYİN ÇAĞLAR KARAKAYA
PROF. DR. AHMET KOÇ
- GABA-AT'nin γ-vinyl-GABA tarafından etkisizleştirilmesi: Hesapsal bir yaklaşım
Inactivation of GABA-AT by γ-vinyl-GABA: A Computational Approach
AHMET TUNCER DURAK
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
- Capparis ovata bitkisinde kuraklık koşullarında trehaloz sentez yolunun moleküler seviyede incelenmesi
Examination of trehalose synthesis pathway under drought stress at molecular level in capparis ovata
MUHAMMED SÜLEYMAN İLHAN
- İnsülin sinyal iletiminde P38 kinazın rolünün araştırılması
Determine the role of P38 kinase in insulin signaling
GÖKHAN GÖRGİŞEN
Doktora
Türkçe
2015
GenetikAkdeniz ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN NİDAİ ÖZEŞ
- Paeonıa türleri içerisindeki monoterpen glikozitlerinin yapı tayinleri ve kromatografik analizleri için yöntem geliştirilmesi
The Development Method for the Structure elucidation and Chromatography Analysis of the Monoterpenes Glycosides in Paeonia species
SEMRA KOYUNOĞLU