Ankara'daki topraklardan izole edilen Bacillus türlerinin tanımlanması, moleküler düzeyde tiplendirilmesi ve biyolojik aktivitelerinin belirlenmesi
Identification, moleculer typing and determination of biological activities of Bacillus species isolated from soils in Ankara
- Tez No: 200967
- Danışmanlar: PROF. DR. LEYLA AÇIK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Biology, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gazi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 147
Özet
Arastırmada Ankara'nın farklı yerlerinden alınan toprak örneklerinden Bacillus türlerine ait toplam 60 bakteri izole edilerek, Analitik Profil ndeks (API) test kitleri ile tanımlanmıstır. Biyolojik kontrolde kullanılan Bacillus thuringiensis türlerinin tanımlanması 16S rRNA dizi analizi ile yapılmıstır. zolatların toplam hücre proteinleri izole edilmis ve sodyum dodesil sülfat poliakrilamit jel elektroforezi (SDS-PAGE) ile analiz edilmistir. Her bir izolata ait protein bantları birbiri ile karsılastırılarak POPGEN istatistik programında izolatlar arasındaki genetik uzaklıklar hesaplanmıs ve dendrogram olusturulmustur. Bireyler arasındaki genetik uzaklıkların %0- %95 arasında oldugu bulunmustur. Elde edilen dendrograma göre izolatlar iki ana grupta toplanmıstır. Birinci ana grupta, B. cereus, B. anthracis ve B. thuringiensis' in yer aldıgı, ikinci ana grupta ise B. sphaericus, B. subtilis, B. licheniformis, B. laterosporus, B. pumilus, B. megaterium, B. stearothermophilus, B. brevis, B. firmus ve B. circulans türlerinin yer aldıgı belirlenmistir. Bakterilerin plazmit DNA'ları izole edilmis ve büyüklükleri hesaplanmıstır. zolatlardan 57 tanesinde plazmit DNA tespit edilmis, 3 tanesinde ise plazmit DNA tespit edilememistir. zolatların 1,1 kb ile 19,3 kb arasında degisen büyüklüklerde 1?9 adet plazmit DNA tasıdıkları belirlenmistir. v Bacillus thuringiensis izolatlarının kristal genlerinin tanımlanması polimeraz zincir reaksiyonu-restriksiyon parça uzunluk polimorfizmi (PZR-RFLP) ile yapılmıstır. Sonuçlar B. thuringiensis FÖ21 izolatının cry1 (272 bp) ve cry2 (1556 bp) genlerini içerdigini göstermistir. lave olarak B. thuringiensis FÖ16 ve B. thuringiensis FÖ19 izolatlarında da sadece 1556 bp'lik cry2 genini tasıdıkları belirlenmistir. cry2 genleri tiplerinin için DdeI enzimi ile kesilmistir. DdeI enzimi ile kesimi sonucunda elde edilen fragmentlere göre üç izolatın da cry2Aa ve cry2Ab genlerini birlikte tasıdıkları belirlenmistir. Kristal proteinler izole edilmis ve SDS-PAGE ile analiz edilmistir. zolatların 130 kDa ve 65 kDa büyüklügünde iki adet kristal protein tasıdıkları belirlenmistir. B. thuringiensis izolatlarının tasımıs oldukları parasporal kristal yapılarının morfolojik incelemeleri taramalı elektron mikroskobu (SEM) ile yapılmıstır. Yapılan inceleme sonunda izolatların hepsinin baklava dilimli, kübik ve yuvarlak sekilli parasporal kristal yapılar tasıdıkları bulunmustur. Parasporal kristal tasıyan izolatların toksik etkileri Ephestia kuehniella (Lepidoptera) ve Trogoderma granarium (Coleptera) 3. dönem larvaları kullanılarak yapılan biyolojik denemelerle belirlenmistir. zolatların LC50 ve LC99 degerleri Probit analizi ile larvaların % ölüm oranları ise Abbot's formülü ile hesaplanmıstır. FÖ21, FÖ16 ve FÖ19 izolatlarının E. kuehniella larvaları üzerindeki ölüm oranları sırasıyla %83, %80 ve %57 olarak belirlenmistir. Bacillus thuringiensis FÖ21 ve Bacillus thuringiensis FÖ19 izolatlarının test edilen kontrol suslarından daha etkili oldugu tespit edilmistir. Elde edilen sonuçlar bu çalısma kapsamında izole edilen Bacillus thuringiensis izolatlarının biyolojik kontrol ajanı olarak kullanılabilecegine isaret etmektedir.
Özet (Çeviri)
In this study, 60 Bacillus strain were isolated from different soil samples in Ankara and identified with Analitic Profile Index (API). Bacillus thuringiensis was also identified by 16S rRNA sequence analysis. Total proteins of each isolates were isolated and analysed by sodium dodecyl sulphate gel electrophoresis (SDS-PAGE). The protein banding patterns of the isolates were compared with each other, genetic distances were calculated and dendrogram was established. The genetic distances between isolates cahnged from 0% to 95%. According to the dendrogram isolates were divided into two main clusters. The first cluster contains B. cereus, B. anthracis and B. thuringiensis. The second cluster B. sphaericus, B. subtilis, B. licheniformis, B. laterosporus, B. pumilus, B. megaterium, B. stearothermophilus, B. brevis, B. firmus and B. circulans. Plasmid DNAs of the isolates were isolated and their sizes were calculated. 57 of the isolates contained 1-9 plasmid DNA changing from 1,1 kb and 19,3 kb in size while 3 isolates had no plasmid DNA. A polymerase chain reaction- restriction fragment lenght polymorphism (PCR-RFLP) method for identification of cry genes from B. thuringiensis was established. The results showed that Bacillus thuringiensis FÖ21 contained cry1 (272 bp) and cry2 (1556 bp) genes, while Bacillus thuringiensis FÖ16 and Bacillus thuringiensis FÖ19 contained only cry2 gene. cry2 gene was restricted with DdeI enzyme in order to vii find cry2 types. All three isolates had cry2Aa and cry2Ab genes. The crystal proteins of the isolates were analysed by SDS-PAGE. The results showed that isolates had two crystal proteins (130 kDa and 65 kDa weight). The morphological structure of parasporal crystals of the B. thuringiensis were investigated by Scanning Electron Microscopy (SEM) morphologically. Results showed that all the isolates carried bipyramidal, spherical and cuboidal structures. The toxic effects of the isolates carrying parapsoral crystals were determined by the bioassay using third instars larvae of Ephestia kuehniella (Lepidoptera) and Trogoderma granarium (Coleoptera). The LC50 and LC99 values of the isolates were determined by Probit analyse and mortality were calculated by Abbot?s formula. Mortality of the Bacillus thuringiensis FÖ21, Bacillus thuringiensis FÖ16 and Bacillus thuringiensis FÖ19 against E. kuehniella larvae were 83%, 80%, and 57% respectively. Toxic effect of Bacillus thuringiensis FÖ21, Bacillus thuringiensis FÖ19 were found better than the reference strain tested. In conlusion, the results show that the B. thuringiensis isolates obtained in this study could be used as an effective biological control agent.
Benzer Tezler
- The change of non-Muslim population of Ankara from 19th to 20th century
Ankara'daki gayrimüslim nüfusun 19. yüzyıldan 20. yüzyıla değişimi
CEREN BAYDUR
- Significance of the trans Anatolian natural gas pipelinefor the energy securityof its source and consumer countries
Trans Anadolu doğalgaz boru hattının kaynak ve tüketici ülkelerinin enerji güvenliği açısından önemi
ALİ ERDEM KÖK
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
EnerjiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiUluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MUHAMMED HÜSEYİN MERCAN
- Endülüs Emevî Devleti idari yapısı (756-1031)
Administrative structure of Andalusian Umayyad State (756-1031)
ORHUN KÜSKÜ
- Karabağ sorununun Türkiye ve Rusya Federasyonu perspektifinden bir analizi
An analysis of the Karabakh problem from Turkey and Russian Federation perspective
ABDULSAMET TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Uluslararası İlişkilerAnkara Hacı Bayram Veli ÜniversitesiUluslararası İlişkiler Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ LEVENT ERSİN ORALLI