Geri Dön

Klinik tanıya yönelik DNA hibridizasyonuna dayalı elektrokimyasal genosensör tasarımı

An electochemical genosensor design for clinical analysis based on DNA hybridization detection

PDF İndir

  1. Tez No: 224822
  2. Yazar: PINAR KARA KADAYIFCILAR
  3. Danışmanlar: PROF.DR. MEHMET EMİN ŞENGÜN ÖZSÖZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyomühendislik, Eczacılık ve Farmakoloji, Kimya, Bioengineering, Pharmacy and Pharmacology, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Analitik Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 169

Özet

Bu çalışmada, indikatörsüz DNA dizi algılama yöntemi dayalı bir elektrokimyasal genosensör tasarımı yapıldı. Yapılan genosensörün klinik olarak uygulanabileceği gerçek hasta örnekleri kullanılarak gösterildi. Çalışmada indikatörsüz DNA dizi algılama yöntemine dayalı Mycobacterium tuberculosis bakterisinin tedavi sırasında rifampin (RIF) antibiyotiğine karşı geliştiridiği direnç mutasyonlarının tayinine yönelik elektrokimyasal bir genosensör tasarımı gerçekleştirildi. Kullanılan prob diziler, bakterinin RIF'e karşı en sık direnç gösterdiği rpoB geninin 507-533. kodonlarını içeren 81 baz uzunluğundaki ?hot-spot? (sıcak bölge)'sine karşılık gelen 5 farklı bölgeden seçildi. Bu prob diziler guanin yerine analoğu olan inozin ile modifiye olarak sentezlendi. Çalışamada tek kullanımlık grafit elektrotlar kullanıldı. 5' ucunda amino-hekzil işaretli prob diziler elektrot yüzeyine kovalent olarak bağlandı. Prob dizi ile kaplı elektrotlar, 81 baz uzunluğundaki sentetik hot ?spot hedef dizi ve tüm bazları hedeften farklı rasgele dizi ile hibridizasyona tabi tutularak alınan guanin yükseltgenme sinyalleri değerlendirildi. Bu iki diziden alınan yanıtlar arasındaki farklılıklar, tasarlanan genosensörün seçimliliğini gösterdi. Genosensörün seçiciliğinin tayinine yönelik olarak, en uygun hibridizasyon koşulları (prob ve hedef derişimi, hibridizasyon, yıkama zamanları, vs..) çalışmaları yapıldı. Genosensör seçimliliğinin saptanmasının ardından, gerçek örnekler ile çalışmalara başlandı. Bunun için ilk etapta mutasyon ayırımının en iyi gözlendiği koşulların tayini yapıldı. Burada tüm probların kaplı olduğu elektrot yüzeylerinde belirli bir prob dizi bölgesinde direnç mutasyonu içen bir PCR ürünü değişen koşullarda hibridizasyona uğratıldı. Alınan yanıtlara göre, mutasyonun bulunduğu prob dizi bölgesinden en düşük diğer bölgelerden en yüksek sinyalin gözlendiği koşullar tayin edildi. Bunların sonucunda tüm PCR ürünü örnekleri kullanılarak mutasyon analizleri gerçekleştirildi. Böylece Mycobacterium tuberculosis'in rifampin antibiyotiğine karşı geliştirdiği direnç mutasyonlarının bir EVET / HAYIR sisemine dayalı tasarlanan elektrokimyasal genosensör ile tayini yapılarak, günümüzde bu amaçla kullanılan rutin yöntemlere alternatif bir yöntem olduğu ve klinik tanıya uygulanabilirliği, ayrıca sahip olduğu tek kullanımlık elektrot sistemi ile bir mikrçip tasarmının temeli olduğu kanıtlandı.

Özet (Çeviri)

In this study, an electrochemical genosensor based on indicator-free DNA detection method was developed. The applicability of this method on detection of genetic and inherited diseases was showed by using real samples from patients. An electrochemical genosensor was designed based on indicator-fee DNA detection technology for the detection of Mycobacterium tuberculosis resistance mutations to rifampin treatment. Probe sequences represent 5 different parts of the 81 base hot-spot region of the rpoB gene which contains the resistance mutations to rifampin. These probe sequences are inosine modified (guanine ?free). Disposable pencil graphite electrodes (PGE) were used as working electrode. 5? aminohexyl labeled probe sequences were covalently immobilized on to PGE surfaces. Guanine oxidation signals obtained from probe sequences coated PGE surfaces after hybridization with 81 mer synthetic hot-spot and noncomplementary targets. The differences between responses obtained after hybridization with synthetic targets (hot-spot and noncomplementary) proved the selectivity of the genosensor. Optimization of the genosensor selectivity was performed by the detection of optimum hybridization conditions (optimum prob and target concentrations, washing buffers, washing and hybridization times). After the optimization of hybridization conditions and genosensor selectivity optimum mutation detection conditions were performed. S probes coated electrode surfaces were hybridized with PCR products which had a resistance mutation at one of the S probe?s region, in different hybridization and washing conditions. Optimum mutation detection conditions were observed, due to the diferences between responses obtained after hybridization with PCR products. Mycobacterium tuberculosis?, rpoB gene mutations to rifampin resistance were detected by using electrochemical genosensor technology. Observed results based on a YES / NO system are showed the applicability of this study on clinical diagnosis, alternative to conventinal methods. Dispoable electrode system technique proved applicability of the system to microchip technology.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    866029

    Development of a selection protocol for target nucleic acids based on nanoparticles

    Nükleik asit hedeflerinde nanopartikul tabanlı seçim protokolü geliştirilmesi

    AYŞE PINAR AKALIN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYTEN YAZGAN KARATAŞ

  2. Tez No

    723538

    CFFDNA kullanılarak erken dönemde fetal RHD tipinin saptanması

    Detection of fetal RHD type in early period using CFFDNA

    TUĞBA ELGÜN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Tıbbi BiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÜLKAN KILIÇ

  3. Tez No

    192323

    Vulvovajinal kandidozlu olgularda tanı

    Diagnosis of vulvovaginal candidiasis

    FUNDA KOCAAY

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Kadın Hastalıkları ve DoğumAnkara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. HALUK ATAOĞUL

  4. Tez No

    622109

    Preinvaziv servikal lezyonlar ve invaziv skuamoz hücreli kanserde p16ınk4a'nın ekspresyonu ve klinik önemi

    P16 ink4a expression in preinvasive cervical lesions and invasive cancer, and its clinicial value

    GONCA ÇOBAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    Kadın Hastalıkları ve DoğumBaşkent Üniversitesi

    Kadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ AYHAN

  5. Tez No

    86451

    Genetik hastalıklar için farklı risk gruplarında genetik danışmanın etkileri

    The Influence of genetic counceling on different risk groups with certain genetic diseases

    ZUHAL AZAKLI

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Kadın Hastalıkları ve Doğumİstanbul Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEHER BAŞARAN

Geri Dön