Geri Dön

Mutational analysis of factor XI and von willebrand factor genes by high resolution melting analysis and direct DNA sequencing

Faktör XI ve von willebrand faktör genlerinin yüksek çözünürlüklü erime analizi ve doğrudan DNA dizilemesi ile mutasyon analizi

PDF İndir

  1. Tez No: 232496
  2. Yazar: SUNAY USLUER
  3. Danışmanlar: PROF. S. HANDE ÇAĞLAYAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Genetik, Hematoloji, Biology, Genetics, Hematology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2008
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 106

Özet

Düzenli kan akışı yaşam için esastır ve bunun sağlanması insan vücudu için büyük önem taşır. Hemostaz, koagulan- pıhtı oluşumunu destekleyen- ve antikoagulan-koagulanların etkisini sınırlayan- faktörler arasındaki dengedir. Bu denge ile, yaralanma sonrasında aşırı kan kaybının yanısıra, damarlarda fazla pıhtı oluşumu da engellenir. Von willebrand Faktör (VWF) ve Faktör XI (FXI) bu dengeyi sağlayan bir çok protein arasındadır. VWF eksikliği, en yaygın kalıtsal kanamalı hastalığa yol açar, fakat tam olmayan penetrans ve hafif Von Willebrand Hastalığının klinik belirtilerindeki aşırı değişkenlik kesin tahmini zorlaştırmaktadır. Hastalık kendini mukozal ve travmaya bağlı kanama ile gösterir ve VWF geni üzerindeki mutasyonlar nedeniyle ortaya çıkar.Faktör 11 üzerindeki mutasyonlar, belirtileri, operasyon ve yaralanmaya bağlı kanamalar olan, FXI eksikliğine (Hemofili C) yol açar. Diğer topluluklar içinde nadir görülse de, hastalık Eşkenazi (Ashkenazi) yahudileri arasında yaygındır. Eksik penetrans ve değişken ekspressivite hastalığın kalıtımını karmaşıklaştırmaktadır.Altta yatan moleküler patolojinin tanımlanması, her iki hastalığın da yönetimi için önemlidir. Faktör 11 geni 15 exon içerir ve doğrudan DNA dizilemesi ile analiz etmek için uygundur. Bu nedenle, 15 exon ve bir promoter bölgesi için PZR çoğaltılması koşulları optimize edildi ve iki FXI eksikliği hastasında ve yakınlarında, F11 geninde bir moleküler patolojinin olup olmadığı tarandı. Sonucunda, daha önceden rapor edilmiş (c. 1556 G>A, W 519 Stop) mutasyonu, ve henüz tanımlanmamış (c. 151 A>C,) mutasyon tyespit edildi. W 519 Stop mutasyonu katalitik alanda olup erken bir sonlandırma kodonu oluşturur. T 33 P mutasyon ise ?Apple 1? bölgesinde olup, muhtemelen proteinin salınım yolunda bir bozukluğa yol açmaktadır.VWF geninin moleküler analizi, 52 exondan oluşan ve 8.2 kb'lık bir mRNA kodlalyan genin uzunluğu nedeniyle karmaşıktır. İlaveten, gen, özellikle de en uzun ekzon olan Ekzon 28 oldukça polimorfiktir. Dolayısıyla, gen, doğrudan DNA dizilemesi ile analiz etmek için uygun değildir. Bu nedenle, VWF genindeki tüm dizi değişimlerini, daha hızlı, daha etkili ve ekonomik olarak tanımlayacak bir mutasyon belirleme yöntemi kullanmak önemlidir.Yüksek Çözünürlüklü Erime Analizi (HRMA), mutasyonları amplikonların erime grafiklerindeki değişiklere göre belirleyen, yeni bir mutasyon tespit sistemidir. Bir light cycler platformu, PZR çoğaltılması ve HRM Analizini bir kapalı tüp sistemde birleştirir ve 96 örneği yaklaşık 90 dakikalık bir zaman diliminde, jele daylı metodlardan daha düşük bir maliyetle analiz eder. Ayrıca, birden fazla amplikonun aynı anda analiz edilmesine izin verir ve böylelikle, uygun şekilde optimize edilen koşullarda, potansiyel olarak bütün bir gen birkaç çalışmada analiz edilebilir. HRMA ile tespit edilen dizi değişiklikleri DNA dizilemesi ile doğrulanır.Türk VWD hastalarında VWF geninin moleküler analizi için, VWF geninin 60 amplikonunun 38'i HRMA için optimize edildi. Sonucunda, bu 38 amplikon, farklı termal koşulları olan 7 çoğaltılma grubu halinde gruplandı. Bu amplikonlar arasından 24 tanesi dizilendi ve hedeflenen bölgenin çoğaltıldığı doğrulandı. Hasta taramaları 12 amplikon için, 10 hasta ve bir sağlıklı kontrol ile başlatıldı. Elde edilen ön bulgular, VWD hastalarında HRMA ile yapılan öncül taramaların sonuçları uygun ve umut vericidir.

Özet (Çeviri)

Continuous flow of blood is essential for life and its maintenance is an important task for the body. Hemostasis is the balance between the coagulants, factors that promote blood clot formation and anti-coagulants, factors that restricts the action of coagulants. As a result of their actions, abnormal blood loss after trauma is prevented as well as excessive clot formation in the vessels. Von Willebrand Factor (VWF) and Factor XI (FXI) are among several proteins maintaining this balance. The deficiency of vWF results in the most common congenital bleedings disorder; Von Willebrand Disease (vWD), though the estimation of prevalence is complicated due to the incomplete penetrance and extreme variability in clinical symptoms of mild Von Willebrand Disease (VWD). Disease manifests itself with mucosal and trauma related bleeding, and caused by the mutations in VWF gene.Mutations in Factor 11 (F11) gene results in Factor XI deficiency (Hemophilia C), symptoms of which are trauma or surgery related bleeding. The deficiency is common among Ashkenazi Jewish, but rare in other populations. Its diagnosis is also complicated due to incomplete penetrance and variable expressivity.The identification of the underlying molecular pathology is important for the management of both diseases. 23 kb long Factor 11 gene comprises 15 exons and molecular genetic analysis is feasible by direct DNA sequencing. Through such analysis, exons and the promoter region of the F11 in two FXI deficiency patients and their relatives revealed one recurrent (c. 1556 G>A) and one novel (c. 151 A>C) mutation. The first mutation is in the catalytic domain and created a premature stop codon, the second is in the ?Apple 1? domain, probably affecting the secretory pathway of the protein.Molecular analysis of the VWF gene is complicated because of the length of the gene which comprises 52 exons and encodes 8,2 kb mRNA. Additionally, the gene, especially the longest exon, Exon 28, is highly polymorphic. Due to these facts, analysis of the gene by direct DNA sequencing is not manageable. Therefore it is important to employ a mutation detection system to quickly, efficiently and inexpensively identify all sequence variations in the VWF gene.High Resolution Melting Analysis (HRMA) is a recently developed mutation screening system that detects nucleotide changes through differences in melting plots of amplicons. A light cycler platform combines PCR amplification with HRMA in a closed tube system and assays 96 samples in approximately 90 minutes. It also allows simultaneous analysis of more than one amplicon in one run so the whole gene analysis can potentially be screened in a few runs with appropriately optimized conditions for a single patient. The sequence alteration detected by HRMA is then identified by DNA sequencing.For the molecular analysis of VWF gene in Turkish VWD patients, 38 amplicons of VWF gene out of 60 were optimized for HRMA. These 38 amplicons were grouped into seven amplification groups that have different thermal conditions. Among these, 24 amplicons were sequenced to confirm proper amplification of targeted regions. Patient screening was initiated in 10 VWD patients and an apparently healthy control for 12 amplicons. Although further investigations are required, the preliminary screening of VWD patients with HRMA is appropriate and promising.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    328988

    Türk toplumundaki faktör XI eksikliğinin klinik fenotipi ve moleküler temeli

    Clinical phenotype and molecular basis of factor xi deficiency in turkish population

    EBRU YILMAZ KESKİN

    Tıpta Yan Dal Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TÜRKİZ GÜRSEL

  2. Tez No

    775130

    Kocaeli, Sakarya ve Balıkesir İllerinde Holştayn ırkı sığırlarda BLAD, FXID ve CVM Hastalıkları genlerinin Genotip ve Allel frekanslarının tespit edilmesi

    Detection of Allele Frequency and Genotype of BLAD, FXID and CVM disease gene in Holstein Cattle in Kocaeli, Sakarya and Balıkesir Provinces

    NEZİHA HACIHASANOĞLU ÇAKMAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Biyokimyaİstanbul Üniversitesi

    Veteriner Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASRET YARDİBİ

  3. Tez No

    862544

    Gaziantep Üniversitesi Şahinbey Araştırma ve uygulama hastanesi pediatrik hematoloji polikliniğine başvuran hemofili tanılı hastaların retrospektif değerlendirilmesi

    Retrospective analysis of patients with hemophilia diagnosed at pediatric hematology-oncology clinic between 2013-2024.Gaziantep University Faculty of Medicine, department of pediatrics, medical speciality thesis,

    AZİZ ALTUN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGaziantep Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SİNAN AKBAYRAM

  4. Tez No

    194194

    Çukurova bölgesindeki prematür menopoz hastalarında inhibin alfa gen mutasyonunun parça uzunluk polimorfizmi ile saptanması

    Mutation analysis of the inhibin alpha gene by restriction fragment lenght polymorphism tecnique in Çukurova region affected by premature menopause

    HÜLYA ARIKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2005

    Tıbbi BiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ALİ MATUR

  5. Tez No

    171799

    Çocukluk çağı serabrovasküler olaylarda etiyoloji, risk faktörleri, sonuçlar

    Başlık çevirisi yok

    GÜLCAN YILDIZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. HAYDAR ALİ TAŞDEMİR

Geri Dön