Kantin ve metil türevleri, piridin ve aldehit türevleri, hidroksi nitropiridin ve hidroksimetil nitropridin moleküllerinin hartree-fock (HF) ve yoğunluk fonksiyon teori (DFT) metotlarıyla titreşim analizleri ve moleküler yapıları
Vibrational analysis and molecular structures of xanthine and its methyl derivatives, pyridine and its aldehid derivatives, hydroxy nitropyridine, and hydroxymethyl nitropyridine molecules by hartree-fock (HF) and density function theory (DFT) methods
- Tez No: 237330
- Danışmanlar: DOÇ. DR. FATİH UCUN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Hartree-Fock(HF), Yoğunluk Fonksiyonu Teorisi (B3LYP), Kantin, Piridin, Hidroksi Nitropiridin, Hidroksi Metil Nitropiridin
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Süleyman Demirel Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 78
Özet
Bu çalısmada ab-initio Hartree-Fock ve yoğunluk fonksiyonu teori (B3LYP)metodları kullanılarak kantin ve onun metil türevleri (kafein, teofilin ve teobromin),piridin aldehit türevleri, hidroksi nitropiridin (2-hidroksi-3-nitropiridin ve 3-hidroksi-2-nitropiridin) ve hidroksi metil nitropiridin moleküllerinin optimize yapıparametreleri (bağ uzunlukları ve bağ açıları) ve titresim frekansları hesaplandı. Eldeedilen sonuçlar tablolar halinde listelendi. Mukayese edebilmek için tablolarda ayrıcadeneysel sonuçlara da verildi.Kantin ve metil türev molekülleri için elde edilen titresim frekansları ve optimizeyapı parametrelerinin deneysel sonuçlarla uyum içinde olduğu gözlendi. HFmetodunun verdiği skala edilmis değerlerin, B3LYP metodunun verdiği değerlerdendaha uygun olduğu görüldü. Deneysel ve teorik spektrumlardaki en siddetli piklerinfrekans değerlerinin oranıyla bulunmus skala faktörlerinin kullanılması, deneysonuçları ile daha uyumlu teorik frekanslara götürdüğü sonucuna varıldı.Piridin aldehit türevleri için deneysel ve teorik sonuçların karsılastırılması birbirleriile uyum içinde olduklarını gösterdi. Tüm bilesiklerin cis ve trans konformerlerinintitresim frekans değerleri arasındaki ortalama titresimsel sapmanın, yükselen bağılenerji ile arttığı görüldü. ?ki konformerin moleküler yapısı birbirinden ne kadar farklıise onlar arasında o kadar yüksek bağıl enerji ve böylece o kadar yüksek ortalamatitresimsel sapma verdiği sonucuna varıldı.2-hidroksi-3-nitropiridin ve 3-hidroksi-2-nitropiridin molekülleri için deneysel veteorik spektrumları karsılastırılması, bu moleküllerin temel halde, sırasıyla C-Obağına göre 110o ve 250o O-H bağ açılı iki konformasyonda bulunduğu sonucunavarıldı. Bu iki konformasyonda aynı anda bulunabilme, bu moleküllerin tümüyle katıyerine yarı katı durumda olmasına atfedildi.Çalısmanın son kısmında hidroksimetil nitropiridin moleküllerinin deneysel ve teorikdeğerlerlerden elde edilen korelasyon grafikleri bu moleküllerin temel halde C-Obağına göre 110o O-H bağ açılı konformasyon yerine 250o O-H bağ açılıkonformasyonda olduğunu gösterdi.
Özet (Çeviri)
In this study, the optimized molecular structure parameters (bond lengths and bondangles) and vibrational frequencies of xanthine and its methyl derivatives (caffeine,theophylline and theobromine), pyridine and its aldehyde derivatives, hydroxynitropyridine (2-hydroxy-3-nitropyridine and 3-hydroxy-2-nitropyridine) andhydroxy methyl nitropyridine molecules have been calculated using ab-initioHartree-Fock (HF) and density functional theory (B3LYP) methods. The obtainedresults are listed in the tables. For comparison, in the tables are also given thecorresponding experimental results.The obtained vibrational frequencies and optimised geometric parameters forxanthine and its derivative molecules were seen to be in good agreement with theexperimental data. Also it was seen that the scaled HF method is superior to thescaled B3LYP method. The used scale factors which have been obtained the ratio ofthe frequency values of the strongest peaks in the calculated and experimentalspectra seem to cause the gained vibrations well corresponding to the experimentalones.The comparison of theoretical and experimental results for pyridine and its aldehydederivative molecules has also given a good agreement with each other. The meanvibrational deviations between the vibrational frequency values of the twoconformers of all the molecules have been seen to increase while the relativeenergies increase. So, it was concluded the more different the molecular structure ofthe two conformers is the higher the relative energy is between them, and thus abigger mean vibrational deviation.From the comparison of the experimental and calculated spectra for 2-hydroxy-3-nitropyridine and 3-hydroxy-2-nitropyridine molecules it was concluded that thesemolecules exist in two conformations with the OH bond angles (110o and 250o)respect to the CO bond in the ground state. The presence of exiting in the twoconformers of these molecules in the ground state was attributed to their being ofsemi-solid instead of full solid.In the last part of the study the correlation graphics between experimental andtheoretical results for hydroxymethyl nitropyridine molecules showed that thesemolecules in the ground state exist in the conformation with the OH bond angles250o instead of the one with the OH bond angles 110o respect to the CO bond.Key Words : Hartree-Fock (HF), Density Functional Theory (B3LYP), Xanthine,Pyridine, Hydroxy Nitropyridine, Hydroxy Methyl Nitropyridin
Benzer Tezler
- Nutrisyonel osteomalasili hastalar ve gluten enteropatisine bağlı osteomalasili hastalarda oral kalsiyum yükleme testine üriner cAMP ve üriner kalsiyum yanıtlarının değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
MURAT AKYILDIZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
Endokrinoloji ve Metabolizma Hastalıklarıİstanbul Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Identification of allosteric AKT inhibitors by computational methods
Allosterik AKT inhibitörlerinin hesapsal yöntemler ile belirlenmesi
OYA GÜRSOY YILMAZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KUTLU ÜLGEN
YRD. DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
- Inhibitory effects of some Schiff bases and metal complexes on xanthine oxidase
Bazı Schiff bazlarının ve metal komplekslerin ksantan oksidaz üzerine önleyici etkileri
RONAK MOHAMMED AZEEZ AZEEZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
BiyokimyaÇankırı Karatekin ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. VOLKAN EYÜPOĞLU
- Reaktif oksijen türleri süpürücü antioksidan aktivitenin ölçümünde modifiye CUPRAC yöntemlerinin geliştirilmesi
Development of modified CUPRAC methods for reactive oxygen species scavenging antioxidant activity measurement
MUSTAFA ÖZYÜREK
- Sustainable waste management in universities: The case of İstanbul Technical University
Üniversitelerde sürdürülebilir atık yönetimi: İstanbul Teknik Üniversitesi örneği
EZGİ DODAK AYKUT
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Çevre Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiÇevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN ATİLLA ARIKAN