Düzenleyici DNA otiflerinin tahmini
Prediction Of DNA regulatory motifs
- Tez No: 245046
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA SERT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Başkent Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
- Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 92
Özet
Gen ifadelerini düzenleyen mekanizmaların anlaşılması, moleküler biyolojideki önemli araştırma konularından birisidir. Bu konudaki önemli problemlerden birisi, transkripsiyon (yazım) faktörleri için Deoksiribonükleik Asit'te (DNA) bulunan bağlanma konumları gibi düzenleyici elemanları (motifleri) tanıma işlemidir. Son yıllarda bu amaç doğrultusunda birçok araç tasarlanmıştır. Önerilen bu araçlara rağmen DNA motiflerinin tahmini hala anlaşılmayan bir konu olarak kalmaya devam etmektedir. Bu çalışmada, Olasılıksal Sonek Ağacı (OSA) kullanılarak yeni bir motif tahmin yöntemi önerilmiştir. Deneysel sonuçlar başka motif bulma araçları ile karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir. Elde edilen sonuçlar, önerilen yöntemin fare ve insan canlılarına ait motiflerde karşılaştırılan diğer yöntemlerden daha iyi sonuçlar verdiğini göstermiştir.
Özet (Çeviri)
A major study in molecular biology is to understand the mechanisms that regulate the expressions of genes. An important challenge in this study is to identify regulatory elements (motifs), notably the binding sites in deocsiribonucleic acid (DNA) for transcription factors. Over the past few years, numerous tools have become available for this task. Despite the large number of these proposed tools, the prediction of DNA motifs still remains as a complex challenge. In this study, a novel motif prediction method using Probabilistic Suffix Tree (PST) is proposed. Experimental results are evaluated comparatively with other motif prediction tools. Experimental results show that, the proposed method gives a better recognition rate than the compared motif prediction tools for human and mouse genomes.
Benzer Tezler
- Ardışık tekrarlı DNA dizilerinin optimum düzeyde bulunmasına yönelik programlama çalışması
Programming on finding tandem repeat sequences at optimum level
ONUR İNAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
Elektrik ve Elektronik MühendisliğiPamukkale ÜniversitesiElektrik-Elektronik Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MUSTAFA TEMİZ
Y.DOÇ.DR. KADİR YALDIR
- Investigation of NFİB function and regulation of its putative target genes in human neural stem cell and SH-SY5Y neuroblastoma cell lines
İnsan sinir kök hücre ve SH-SY5Y nöroblastom hücre hatlarında NFIB işlevinin ve potansiyel hedef genlerinin regülasyonunun incelenmesi
BETÜL ULUCA
Doktora
İngilizce
2023
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ASLI KUMBASAR
- Pichia pastoris alkol dehidrogenaz (ADH3) promotoru üzerine çalışmalar
Studies on Pichia pastoris alcohol dehydrogenase (ADH3) promoter
FİDAN ERDEN KARAOĞLAN
Doktora
Türkçe
2016
Gıda MühendisliğiAkdeniz ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET İNAN
- Kuraklık ve tuz stresinin fesleğen (Ocimum basilicum L.(Genovese)) bitkisnde sekonder metabolit içeriği ile pal, rasve tat genleri‟nin ifadesi ve rastlantısal gen bölgelerindedna sitozin metilasyonu üzerine bir araştırma
Expression of drought and salt stress in basil (Ocimumbasilicum L. (Genovese)) with secondary metabolite contentand expression of pal, ras and tat genes and dna cytosinmethylation in incident gene regions
AYBÜKE BİRGE
Doktora
Türkçe
2023
BiyoteknolojiIğdır ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUHİTTİN KULAK
DR. ÖĞR. ÜYESİ ADNAN AYDIN
- PANC-1 hücre hattında ibandronat sodyumun antiproliferatif ve apoptotik etkilerinin epigenetik mekanizmalar hedeflenerek incelenmesi
Investigation of the antiproliferative and apoptotic effects of ibandronate sodium on PANC-1 cell line by targeting epigenetic mechanism
ABDULLAH BARS
Doktora
Türkçe
2023
BiyolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE TANSU KOPARAL
PROF. DR. BERRİN TÜYLÜ