Promoter elements analysis of katanin p80 gene
Katanin p80 geninin promotor elementlerinin analizi
- Tez No: 251023
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Genetik, Biology, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2009
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 137
Özet
Katanin 60 kDa (p60) ve 80 kDa (p80) büyüklüğünde iki alt üniteden oluşan ve ATP hidrolizleyerek mikrotubulleri parçalayan bir proteindir. KATNA1 geni tarafından kodlanan p60 alt ünitesi enzim aktivitesi ile mikrotubulleri keserken, KATNB1 geni tarafından kodlanan p80 alt ünitesi enzimin hücre içindeki lokalizasyonunda görevlidir. Bu çalışma ile KATNB1 geninin promotorundaki nükleotid dizisinin karakterizasyonu ve promotor bölgesindeki transkripsiyon faktör bağlanma bölgelerinin aydınlatılması amaçlanmıştır. Çalışmada, promotor bölgesinin karakterizasyonu için polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile KATNB1 geninin 1000 baz öncesinden başlanarak delesyon konstraktları hazırlanmış ve uygun primerler ile nested PZR tekniği uygulanarak daha kısa parçalar elde edilmiştir. Bu diziler promotor içermeyen fakat raportör (bildirici) bir gen (lusiferaz) içeren bir plazmit vektöre klonlanmıştır. Promotor bölgenin fonksiyonel analizi için bu konstraktların insan nöroblastoma hücrelerine transferiyle gen ekspresyonu üzerindeki etkilerinin incelenmesinde lusiferaz enziminin katalitik aktivitesinden yararlanılmıştır. 518 bp'lik TATA-sız promotorun yüksek seviyede promotor aktivitesi için yeterli olduğu gösterilmiştir. Promotor bölgenin Elk-1 transkripsiyon faktörü tarafından baskılandığı, PEA3 transkripsiyon faktörünün ise promotor bölge üzerinde etkisinin olmadığı gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
Katanin is a heterodimeric protein that severes microtubules by hydrolyzing ATP. Katanin consists of 60 kDa and 80 kDa polypeptides. 60 kDa subunit coded from KATNA1 gene, has the enzymatic activity to break microtubules, whereas 80 kDa subunit coded from KATNB1 gene, has a role in localization of the protein complex in the cell. In this study, we set out sight on the identification of promoter site and transcription factor binding sites of KATNB1 promoter. For characterization of promoter of KATNB1 gene, polymerase chain reaction (PCR) is used to amplify 1000 bp upstream nucleotides of KATNB1 gene. By using internal primers and nested PCR technique shorter fragments are obtained. These promoter deletion constructs are cloned into a luciferase reporter plasmid vector which lacks eukaryotic promoter and enhancer sequences. We took advantage of the luciferase assay system for functional analysis of the promoter by transfecting neuroblastoma cells with these constructs and the effects of promoter parts on katanin expression is examined. 518 bp TATA-less promoter was found to be sufficient for high levels of activity. Overexpression of Elk-1 transcription factor caused the repression of the promoter whereas overexpresion of PEA3 transcription factor had no effect on promoter activity.
Benzer Tezler
- p60-katanin (katna1) gene promoter regulatıon by ELK1
p60-katanin (KATNA1) gen promotörünün ELK1 ile regülasyonu
DOLUNAY KELLE
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Toplu taşıma (transit) odaklı gelişim yaklaşımı ile tramvay hattı analizi: Bursa T2 hattı örneği
A case study of tramline analysis with transit oriented development approach: Bursa T2 tramline
BETÜL ŞENGÜLER
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Jeodezi ve Fotogrametriİstanbul Teknik ÜniversitesiBilişim Uygulamaları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZAİDE DURAN
- Paraksonaz enzimi kullanılarak transkripsiyonel aktivite belirlenmesinde yararlanılacak bir aday haberci sisteminin oluşturulması
Generating a candidate reporter system using paraoxonase enzyme for determination of transcriptional activity
CEYLAN TOPRAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. HATİCE YILDIRIM
- Analysis of the promoter of the barley gene, blt4.9, which encodes a lipid transfer protein
Bir lipid transfer protein kodlayan arpa geni blt4.9'un promotör analizi,
ŞENAY VURAL KORKUT
Doktora
İngilizce
2000
BiyoteknolojiUniversity of Newcastle upon TyneMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MONICA HUGHES
- Transgenic analysis of the zebrafish OR101-1 gene promoter
Zebrabalığı OR101-1 gen promotörünün transgenik analizi
NURAY SÖĞÜNMEZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. STEFAN H. FUSS