Geri Dön

Molecular docking study for novel phosphodiesterase-IV inhibitors

Yeni phosphodiesterase4 inhibitörleri için moleküler doklama işlemi

PDF İndir

  1. Tez No: 270406
  2. Yazar: GÜLŞAH ÇİFCİ
  3. Danışmanlar: PROF. VİKTORYA AVİYENTE
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu çalışmada, farklı Phosphodiesterase4 inhibitörleri için moleküler doklama işlemi gerçekleştirildi.Moleküler modelleme alanında, bir ligandı bağlanma bölgesine doklama süreci ligandın ve onun alıcısıyla en düşük enerji yoluyla etkileşimini, doğal akışını taklit etmeyi dener. Moleküler doklamadan önce, başlangıçta, Protein veritabanındaki Phosphodiesterase4 enzimi için X-ışını kristal yapıları analiz edildi. Kristal yapılarına göre, dört tane farmakofor, ?LigandScout? yazılımıyla modellendi ve onların biri ?Catalyst? programıyla geliştirildi. Bu farmakofor modeline gore sanal eleme 2 milyon ilaç benzeri bileşik içeren 6 tane veritabanıyla tamamlandı. Sanal elemenin sonunda, 1959 tane uygun bileşik bulundu. Fizikokimyasal filtrelere ve Lipinski kuralına göre, bileşiklerin bir kısmı, ilaç gibi olmayan bileşikler olarak işaretlendi ve onlar elendi. Doklama işlemi, elde kalan aday bileşikler için AutoDock 4.0'la yapıldı. Doklama süreci esnasında, her bileşik için bağlanma enerjileri, ortalama karesel sapma (RMSD) değerleri ve Ki (ayrışma sabiti) elde edildi. Bu verilere göre, bileşiklerin bir kısmı elendi. Çalışmanın sonunda, AutoDock 4.0 tarafından üretilen ligandların en iyi pozuyla onların en iyi şekilde kullanılan biçimi arasındaki bükülme(zorlama) enerjisi PM3 metoduyla Spartan'da hesaplandı.

Özet (Çeviri)

In this study, a molecular docking process for different Phosphodiesterase4 inhibitors is carried out.In the molecular modeling field, the process of docking a ligand to a binding site consists in mimicing the natural course of interaction of the ligand and its receptor via a lowest energy pathway. Before the molecular docking, X-ray crystal structures for Phosphodiesterase-IV enzyme from the Protein Databank are analysed. According to crystal structures, four pharmacophores are designed with the LigandScout software and one of them is improved with the Catalyst program. Virtual screening based on this pharmacophore model is carried out with 6 databases which contain about 2 million drug-like compounds. At the end of virtual screening, 1959 hit compounds are found. According to physicochemical filters and Lipinski rule of five, some of the compounds are marked as non-druglike compounds and they are eliminated. The docking process is performed with AutoDock 4.0 for the remaining candidate compounds. During the docking process, the binding energies, the root mean square deviation (RMSD) values and Ki (dissociation constant) are obtained for each compound. Based on these findings, some of the compounds are filtered. Finally the strain energy between the best pose of the ligands selected by AutoDock 4.0 and their optimized conformation are calculated with PM3 in Spartan.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    474295

    Assessing protein-ligand binding modes, novel drug skeleton candidates for pde4b and conformational rearrangements of ef-tu in gtp hydrolysis with computational tools

    Protein-ligand bağlanma modu tahmini, pde4b enzimi için yeni aday ilaç yapıları ve uzama faktörü tu'nun gtp hidrolizindeki konformasyonel değişikliklerinin hesapsal yöntemlerle tespiti

    GÜLŞAH ÇİFCİ BAĞATIR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    KimyaBoğaziçi Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞARON ÇATAK

    PROF. DR. VİKTORYA AVİYENTE

  2. Tez No

    717729

    Drug repurposing effort for the novel acetylcholinesterase and butyrylcholinesterase targets: A combined in silico and in vitro study

    Yeni asetilkolinesteraz ve butirilkolinesteraz hedefleri için ilaç yeniden konumlandırma çabası: Bir birleşik in siliko ve in vitro çalışma

    HIND AL-JANABI

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyokimyaYıldız Teknik Üniversitesi

    Kimya Eğitimi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. BARBAROS NALBANTOĞLU

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

  3. Tez No

    810958

    Güncel viral enfeksiyonlara karşı antiviral ilaç keşfi için moleküler kenetleme çalışmaları

    Molecular docking studies for novel antiviral drug discovery againts current viral infections

    SEVİM KARAKAŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EMİNE ŞEKÜRE NAZLI ARDA

    PROF. DR. ÖMÜR BAYSAL

  4. Tez No

    758552

    Applications of molecular modelling approaches for the identification of novel SARS-COV-2 RdRp inhibitors

    Yeni SARS-COV-2 RdRp inhibitörlerinin tanımlanması için moleküler modelleme yaklaşımlarının uygulamaları

    NTSOAKI BAITHEDI MOTAPANYANE

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    BiyomühendislikBahçeşehir Üniversitesi

    Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERDAR DURDAĞI

    YRD. DOÇ. DR. BERNA DOĞAN

  5. Tez No

    721380

    Predicting novel small inhibitors of SARS-CoV-2: Targeting SARS-CoV-2 spike protein, human ACE2 protein and SARS-CoV-2 NsP16 via molecular docking

    SARS-CoV-2 için yeni küçük inhibitör moleküllerin tahmini: Moleküler yanaştırma yöntemiyle SARS-CoV-2 spike proteini, insan ACE2 proteini ve SARS-CoV-2 NsP16 hedeflenmesi

    ONUR ÖZER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyomühendislikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    DOÇ. DR. MERT GÜR

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY

Geri Dön