Molecular docking study for novel phosphodiesterase-IV inhibitors
Yeni phosphodiesterase4 inhibitörleri için moleküler doklama işlemi
- Tez No: 270406
- Danışmanlar: PROF. VİKTORYA AVİYENTE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 93
Özet
Bu çalışmada, farklı Phosphodiesterase4 inhibitörleri için moleküler doklama işlemi gerçekleştirildi.Moleküler modelleme alanında, bir ligandı bağlanma bölgesine doklama süreci ligandın ve onun alıcısıyla en düşük enerji yoluyla etkileşimini, doğal akışını taklit etmeyi dener. Moleküler doklamadan önce, başlangıçta, Protein veritabanındaki Phosphodiesterase4 enzimi için X-ışını kristal yapıları analiz edildi. Kristal yapılarına göre, dört tane farmakofor, ?LigandScout? yazılımıyla modellendi ve onların biri ?Catalyst? programıyla geliştirildi. Bu farmakofor modeline gore sanal eleme 2 milyon ilaç benzeri bileşik içeren 6 tane veritabanıyla tamamlandı. Sanal elemenin sonunda, 1959 tane uygun bileşik bulundu. Fizikokimyasal filtrelere ve Lipinski kuralına göre, bileşiklerin bir kısmı, ilaç gibi olmayan bileşikler olarak işaretlendi ve onlar elendi. Doklama işlemi, elde kalan aday bileşikler için AutoDock 4.0'la yapıldı. Doklama süreci esnasında, her bileşik için bağlanma enerjileri, ortalama karesel sapma (RMSD) değerleri ve Ki (ayrışma sabiti) elde edildi. Bu verilere göre, bileşiklerin bir kısmı elendi. Çalışmanın sonunda, AutoDock 4.0 tarafından üretilen ligandların en iyi pozuyla onların en iyi şekilde kullanılan biçimi arasındaki bükülme(zorlama) enerjisi PM3 metoduyla Spartan'da hesaplandı.
Özet (Çeviri)
In this study, a molecular docking process for different Phosphodiesterase4 inhibitors is carried out.In the molecular modeling field, the process of docking a ligand to a binding site consists in mimicing the natural course of interaction of the ligand and its receptor via a lowest energy pathway. Before the molecular docking, X-ray crystal structures for Phosphodiesterase-IV enzyme from the Protein Databank are analysed. According to crystal structures, four pharmacophores are designed with the LigandScout software and one of them is improved with the Catalyst program. Virtual screening based on this pharmacophore model is carried out with 6 databases which contain about 2 million drug-like compounds. At the end of virtual screening, 1959 hit compounds are found. According to physicochemical filters and Lipinski rule of five, some of the compounds are marked as non-druglike compounds and they are eliminated. The docking process is performed with AutoDock 4.0 for the remaining candidate compounds. During the docking process, the binding energies, the root mean square deviation (RMSD) values and Ki (dissociation constant) are obtained for each compound. Based on these findings, some of the compounds are filtered. Finally the strain energy between the best pose of the ligands selected by AutoDock 4.0 and their optimized conformation are calculated with PM3 in Spartan.
Benzer Tezler
- Assessing protein-ligand binding modes, novel drug skeleton candidates for pde4b and conformational rearrangements of ef-tu in gtp hydrolysis with computational tools
Protein-ligand bağlanma modu tahmini, pde4b enzimi için yeni aday ilaç yapıları ve uzama faktörü tu'nun gtp hidrolizindeki konformasyonel değişikliklerinin hesapsal yöntemlerle tespiti
GÜLŞAH ÇİFCİ BAĞATIR
Doktora
İngilizce
2017
KimyaBoğaziçi ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞARON ÇATAK
PROF. DR. VİKTORYA AVİYENTE
- Güncel viral enfeksiyonlara karşı antiviral ilaç keşfi için moleküler kenetleme çalışmaları
Molecular docking studies for novel antiviral drug discovery againts current viral infections
SEVİM KARAKAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMİNE ŞEKÜRE NAZLI ARDA
PROF. DR. ÖMÜR BAYSAL
- Bazı yeni sübstitüe imidazo [2,1-b][1,3,4]tiyadiazol türevlerinin sentezi, karakterizasyonu, moleküler doking çalışması ve antimikrobiyal aktivitelerinin araştırılması
Synthesis, characterization, molecular docking study of some novel substituted imidazo[2,1-b][1,3,4]thiadiazole derivatives and investigation of their antimicrobial activities
HATİCE KARACIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Bilim ve TeknolojiKarabük ÜniversitesiPolimer Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. HAKAN TAHTACI
- Penı̇sı̇lı̇n bağlayıcı proteı̇nı̇n (PBP) potansı̇yel ı̇nhı̇bı̇törlerı̇ olarak yenı̇ amı̇t serı̇lerı̇nı̇n sentezı̇, karakterı̇zasyonu, moleküler kenetleme ve adme tahmı̇nı̇
Synthesis, characterization, molecular docking and adme prediction of new amide series as potential inhibitors of penicillin binding protein (PBP)
ABDULNASER JEBUR AHMED ALMUSTAFA
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyokimyaKütahya Dumlupınar ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ KEMAL KAYA
DR. ÖĞR. ÜYESİ AHMED A.J. MAHMOOD
- Glukagon benzeri peptit 1 reseptör agonistleri ve dipeptidil peptidaz 4 inhibitörleri ile antidiyabetik bitkilerin etkileşimlerinin in siliko analiz ile belirlenmesi
Determination of interactions of antidiabetic plants with glucagon-like peptide 1 receptor agonists and dipeptidyl peptidase 4 inhibitors by in silico analysis
AYŞE BANU PAK
Doktora
Türkçe
2024
BiyoistatistikKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoistatistik ve Tıp Bilişimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUSTAFA EMRE ERCİN