Investigation of the effects of nicotine and levamisole on SW620 colon adenocarcinoma cells using a customized R-routine for automated microarray analysis
Nikotin ve levamisolün SW620 kolon adenokarsinom hücreleri üzerindeki etkilerinin araştırılması ve otomatik mikrodizi analizi için özel R program rutini geliştirilmesi ve uygulanması
- Tez No: 275083
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEN KONU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Sigaranın bağımlılık yapıcı madde olarak bileşeni nikotin, hücre çoğalımına neden olmak suretiyle kanserojen etki gösterir. Levamisol bir antihelmintik olarak kullanımdaysa da kolon kanserinde bağışıklığı arttırmak amaçlı kemoterapi ajanı olarak ve steroid hassasiyeti olan nefrotik sendromlu hastalarda denenmiş ve kullanılmıştır. Bu çalışmada 1uM ve 7 gün boyunca uygulanan nikotin ve levamisolün SW620 kolon kanseri hücre hattı üzerindeki etkilerini mikrodizi analizi ile gerçekleştirilmiştir. Verilerin analizi için açık kodlu R-BioConductor projesi paketlerinin yoğun olarak kullanıldığı özel bir R program tasarlanıp uygulanmıştır. Program rutini üç ana modülden oluşmaktadır: QualCont modülü, mikrodizilerin ve verilerin kalite kontrol analizleri için grafik destekli sonuçlar üretir ve veri normalizasyonunu gerçekleştirir; DEGidentifier modülü, gruplar arasındaki ifade farkı gösteren genlerin tespitini yapar ve bu konudaki sonuçları Venn şeması ve gen ifade haritası ile birlikte sunar ve son olarak FuncAnn modülü dört ana fonksiyondan oluşmaktadır ve Gen Ontolojisi, yolak analizi bakımlarından verilerin işlevsel analiz ve açıklamalarını yapar, grafikler ve gen ağ sonuçları ile destekler.Bu çalışma nikotin ve levamisolün SW620 hücreleri üzerinde hem gen ifade farklılaşması hem de işlevsel yolaklar bakımından oldukça benzer yanıtlar oluşturduğunu göstermektedir. Bulgularımız, nikotin ve levamisolün steroid biyosentezi, kolesterol biyosentezi ve aminoasit yıkımı metabolizmalarında oldukça güçlü bir etkiye sahip oldukları yönünde olmuştur. Mikrodizi bulguları gerçek zamanlı RT-PCR analizleri ile desteklenmiştir.
Özet (Çeviri)
Nicotine, the addictive component of tobacco, shows proliferative and antiapoptotic activity in cancer cells. Levamisole, an antihelmintic, on the other hand, has been tested as an additive chemotherapeutic agent and in treatment of nephrotic syndrome. Nicotine and levamisole are both agonists of nicotinic acetylcholine receptors; effects of these two agents have not been studied in colon cancer transcriptome. In this study, nicotine and levamisole exposed SW620 colon cancer cells, at a dose of 1 ?M for 7 days, were studied with respect to changes in expression using microarrays. For data analysis, a custom R-routine which makes extensive use of open source R-BioConductor Project and associated packages has been written; and it is composed of three modules: QualCont module performs quality controls supported with several visual representations and normalization of the raw data; DEGidentifier module performs identification of differentially expressed genes (DEGs) supported with Heatmap and Venn Diagram; and finally FuncAnn module, composed of four main functions, performs functional annotation and analysis of the results in terms of Gene Ontology, pathway analysis, supported with graphics and pathway networksAll arrays passed the quality control criteria. In this study, we show that nicotine and levamisole treatments affect the transcriptome similarly in SW620 cells in terms of both the differential expression and functional analysis. Our findings implicate nicotine and levamisole in steroid biosynthesis, cholesterol biosynthesis and aminoacid degradation metabolisms. Confirmatory analyses have been performed by real time RT-PCR for a selected set of genes.
Benzer Tezler
- Tavşan trakeası üzerine levamizolun etkisinin tek başına ve triklorfonla birlikte araştırılması
The İnvestigation of the effect of levasimole on rabbit trachea alone and combined with trichlorfon
EBRU ÜSTÜNER
Doktora
Türkçe
2003
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmakoloji ve Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. EMİNE BAYDAN
- Investigation of the effects of nicotine on the expression profile of SW620 colon adenocarcinoma cells using a functional genomics approach
Nikotinin SW620 kolon adenokarsinom hücrelerinin gen ifade profili üzerine olan etkisinin işlevsel genomik yaklaşımlarla araşırılması
ONUR KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2009
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖZLEN KONU
- Kolorektal distansiyon ile indüklenen deneysel viseral ağrı modelinde nikotinin analjezik etkisinin araştırılması
Investigation of the analgesic effect of nicotine in colorectal distension induced experimental visceral pain model
HAKAN BALCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Eczacılık ve FarmakolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiTıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FATİH İLKAYA
- Nikotin ile oluşturulmuş deneysel akciğer toksisitesi modelinde dekspantenolün antioksidan ve antiinflamatuar etkisinin araştırılması
Investigation of the antioxidant and anti-inflammatory effect of dexpanthenol in an experimental lung toxicity model generated with nicotine
MERAL ASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Biyokimyaİnönü ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ELİF GÜREL
- Fötal dönemde nikotine maruz kalan sıçanlarda oluşan böbrek hasarının engellenmesinde ellagic asitin koruyucu etkilerinin incelenmesi
Investigation of the protective effects of ellagic acid in the prevention of the kidneys damage occurring in rats exposed to nicotine in fetal period
HURREM TURAN AKKOYUN
Doktora
Türkçe
2012
FizyolojiAtatürk ÜniversitesiFizyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ALİ KARADENİZ