Geri Dön

Investigation of the effects of nicotine and levamisole on SW620 colon adenocarcinoma cells using a customized R-routine for automated microarray analysis

Nikotin ve levamisolün SW620 kolon adenokarsinom hücreleri üzerindeki etkilerinin araştırılması ve otomatik mikrodizi analizi için özel R program rutini geliştirilmesi ve uygulanması

  1. Tez No: 275083
  2. Yazar: MUAMMER ÜÇAL
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEN KONU
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Genetics, Molecular Medicine
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2010
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
  10. Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 109

Özet

Sigaranın bağımlılık yapıcı madde olarak bileşeni nikotin, hücre çoğalımına neden olmak suretiyle kanserojen etki gösterir. Levamisol bir antihelmintik olarak kullanımdaysa da kolon kanserinde bağışıklığı arttırmak amaçlı kemoterapi ajanı olarak ve steroid hassasiyeti olan nefrotik sendromlu hastalarda denenmiş ve kullanılmıştır. Bu çalışmada 1uM ve 7 gün boyunca uygulanan nikotin ve levamisolün SW620 kolon kanseri hücre hattı üzerindeki etkilerini mikrodizi analizi ile gerçekleştirilmiştir. Verilerin analizi için açık kodlu R-BioConductor projesi paketlerinin yoğun olarak kullanıldığı özel bir R program tasarlanıp uygulanmıştır. Program rutini üç ana modülden oluşmaktadır: QualCont modülü, mikrodizilerin ve verilerin kalite kontrol analizleri için grafik destekli sonuçlar üretir ve veri normalizasyonunu gerçekleştirir; DEGidentifier modülü, gruplar arasındaki ifade farkı gösteren genlerin tespitini yapar ve bu konudaki sonuçları Venn şeması ve gen ifade haritası ile birlikte sunar ve son olarak FuncAnn modülü dört ana fonksiyondan oluşmaktadır ve Gen Ontolojisi, yolak analizi bakımlarından verilerin işlevsel analiz ve açıklamalarını yapar, grafikler ve gen ağ sonuçları ile destekler.Bu çalışma nikotin ve levamisolün SW620 hücreleri üzerinde hem gen ifade farklılaşması hem de işlevsel yolaklar bakımından oldukça benzer yanıtlar oluşturduğunu göstermektedir. Bulgularımız, nikotin ve levamisolün steroid biyosentezi, kolesterol biyosentezi ve aminoasit yıkımı metabolizmalarında oldukça güçlü bir etkiye sahip oldukları yönünde olmuştur. Mikrodizi bulguları gerçek zamanlı RT-PCR analizleri ile desteklenmiştir.

Özet (Çeviri)

Nicotine, the addictive component of tobacco, shows proliferative and antiapoptotic activity in cancer cells. Levamisole, an antihelmintic, on the other hand, has been tested as an additive chemotherapeutic agent and in treatment of nephrotic syndrome. Nicotine and levamisole are both agonists of nicotinic acetylcholine receptors; effects of these two agents have not been studied in colon cancer transcriptome. In this study, nicotine and levamisole exposed SW620 colon cancer cells, at a dose of 1 ?M for 7 days, were studied with respect to changes in expression using microarrays. For data analysis, a custom R-routine which makes extensive use of open source R-BioConductor Project and associated packages has been written; and it is composed of three modules: QualCont module performs quality controls supported with several visual representations and normalization of the raw data; DEGidentifier module performs identification of differentially expressed genes (DEGs) supported with Heatmap and Venn Diagram; and finally FuncAnn module, composed of four main functions, performs functional annotation and analysis of the results in terms of Gene Ontology, pathway analysis, supported with graphics and pathway networksAll arrays passed the quality control criteria. In this study, we show that nicotine and levamisole treatments affect the transcriptome similarly in SW620 cells in terms of both the differential expression and functional analysis. Our findings implicate nicotine and levamisole in steroid biosynthesis, cholesterol biosynthesis and aminoacid degradation metabolisms. Confirmatory analyses have been performed by real time RT-PCR for a selected set of genes.

Benzer Tezler

  1. Tavşan trakeası üzerine levamizolun etkisinin tek başına ve triklorfonla birlikte araştırılması

    The İnvestigation of the effect of levasimole on rabbit trachea alone and combined with trichlorfon

    EBRU ÜSTÜNER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2003

    Eczacılık ve FarmakolojiAnkara Üniversitesi

    Farmakoloji ve Toksikoloji Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. EMİNE BAYDAN

  2. Investigation of the effects of nicotine on the expression profile of SW620 colon adenocarcinoma cells using a functional genomics approach

    Nikotinin SW620 kolon adenokarsinom hücrelerinin gen ifade profili üzerine olan etkisinin işlevsel genomik yaklaşımlarla araşırılması

    ONUR KAYA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2009

    Genetikİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. ÖZLEN KONU

  3. Kolorektal distansiyon ile indüklenen deneysel viseral ağrı modelinde nikotinin analjezik etkisinin araştırılması

    Investigation of the analgesic effect of nicotine in colorectal distension induced experimental visceral pain model

    HAKAN BALCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Eczacılık ve FarmakolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Tıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. FATİH İLKAYA

  4. Nikotin ile oluşturulmuş deneysel akciğer toksisitesi modelinde dekspantenolün antioksidan ve antiinflamatuar etkisinin araştırılması

    Investigation of the antioxidant and anti-inflammatory effect of dexpanthenol in an experimental lung toxicity model generated with nicotine

    MERAL ASLAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Biyokimyaİnönü Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ELİF GÜREL

  5. Fötal dönemde nikotine maruz kalan sıçanlarda oluşan böbrek hasarının engellenmesinde ellagic asitin koruyucu etkilerinin incelenmesi

    Investigation of the protective effects of ellagic acid in the prevention of the kidneys damage occurring in rats exposed to nicotine in fetal period

    HURREM TURAN AKKOYUN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    FizyolojiAtatürk Üniversitesi

    Fizyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ KARADENİZ