Investigation of the effects of nicotine and levamisole on SW620 colon adenocarcinoma cells using a customized R-routine for automated microarray analysis
Nikotin ve levamisolün SW620 kolon adenokarsinom hücreleri üzerindeki etkilerinin araştırılması ve otomatik mikrodizi analizi için özel R program rutini geliştirilmesi ve uygulanması
- Tez No: 275083
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEN KONU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Moleküler Tıp, Genetics, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Levamizol, Nikotin, Levamisole, Nicotine
- Yıl: 2010
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Sigaranın bağımlılık yapıcı madde olarak bileşeni nikotin, hücre çoğalımına neden olmak suretiyle kanserojen etki gösterir. Levamisol bir antihelmintik olarak kullanımdaysa da kolon kanserinde bağışıklığı arttırmak amaçlı kemoterapi ajanı olarak ve steroid hassasiyeti olan nefrotik sendromlu hastalarda denenmiş ve kullanılmıştır. Bu çalışmada 1uM ve 7 gün boyunca uygulanan nikotin ve levamisolün SW620 kolon kanseri hücre hattı üzerindeki etkilerini mikrodizi analizi ile gerçekleştirilmiştir. Verilerin analizi için açık kodlu R-BioConductor projesi paketlerinin yoğun olarak kullanıldığı özel bir R program tasarlanıp uygulanmıştır. Program rutini üç ana modülden oluşmaktadır: QualCont modülü, mikrodizilerin ve verilerin kalite kontrol analizleri için grafik destekli sonuçlar üretir ve veri normalizasyonunu gerçekleştirir; DEGidentifier modülü, gruplar arasındaki ifade farkı gösteren genlerin tespitini yapar ve bu konudaki sonuçları Venn şeması ve gen ifade haritası ile birlikte sunar ve son olarak FuncAnn modülü dört ana fonksiyondan oluşmaktadır ve Gen Ontolojisi, yolak analizi bakımlarından verilerin işlevsel analiz ve açıklamalarını yapar, grafikler ve gen ağ sonuçları ile destekler.Bu çalışma nikotin ve levamisolün SW620 hücreleri üzerinde hem gen ifade farklılaşması hem de işlevsel yolaklar bakımından oldukça benzer yanıtlar oluşturduğunu göstermektedir. Bulgularımız, nikotin ve levamisolün steroid biyosentezi, kolesterol biyosentezi ve aminoasit yıkımı metabolizmalarında oldukça güçlü bir etkiye sahip oldukları yönünde olmuştur. Mikrodizi bulguları gerçek zamanlı RT-PCR analizleri ile desteklenmiştir.
Özet (Çeviri)
Nicotine, the addictive component of tobacco, shows proliferative and antiapoptotic activity in cancer cells. Levamisole, an antihelmintic, on the other hand, has been tested as an additive chemotherapeutic agent and in treatment of nephrotic syndrome. Nicotine and levamisole are both agonists of nicotinic acetylcholine receptors; effects of these two agents have not been studied in colon cancer transcriptome. In this study, nicotine and levamisole exposed SW620 colon cancer cells, at a dose of 1 ?M for 7 days, were studied with respect to changes in expression using microarrays. For data analysis, a custom R-routine which makes extensive use of open source R-BioConductor Project and associated packages has been written; and it is composed of three modules: QualCont module performs quality controls supported with several visual representations and normalization of the raw data; DEGidentifier module performs identification of differentially expressed genes (DEGs) supported with Heatmap and Venn Diagram; and finally FuncAnn module, composed of four main functions, performs functional annotation and analysis of the results in terms of Gene Ontology, pathway analysis, supported with graphics and pathway networksAll arrays passed the quality control criteria. In this study, we show that nicotine and levamisole treatments affect the transcriptome similarly in SW620 cells in terms of both the differential expression and functional analysis. Our findings implicate nicotine and levamisole in steroid biosynthesis, cholesterol biosynthesis and aminoacid degradation metabolisms. Confirmatory analyses have been performed by real time RT-PCR for a selected set of genes.
Benzer Tezler
- Tavşan trakeası üzerine levamizolun etkisinin tek başına ve triklorfonla birlikte araştırılması
The İnvestigation of the effect of levasimole on rabbit trachea alone and combined with trichlorfon
EBRU ÜSTÜNER
Doktora
Türkçe
2003
Eczacılık ve FarmakolojiAnkara ÜniversitesiFarmakoloji ve Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. EMİNE BAYDAN
- İnsan amniyotik hücre kültürlerinde nikotin ve resveratrolün Sox2 ve Sox4 genlerinin ekspresyon düzeyleri üzerine etkisinin real time PCR yöntemi ile incelenmesi
Investigation the effects of nicotine and resveratrol on Sox2 and Sox4 genes expression levels in human amniotic cell culture by real time PCR
GAMZE CÖMERTPAY
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
Tıbbi BiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSNÜ ÜMİT LÜLEYAP
- İmidacloprid, nikotin ve antagonistlerinin kurbağa (Rana ridibunda, Pallas 1771) periferik sinirleri üzerine elektrofizyolojik etkilerinin araştırılması
The investigation of electrophysiological effects of imidacloprid, nicotine and their antagonists on peripheric nerves of frog (Rana ridibunda, Pallas, 1771)
DİLEK KUMARGAL
- Prenatal ve postnatal nikotin maruziyetinin sıçan beyin dokusunda oksidan/antioksidan denge üzerindeki etkilerinin ı̇ncelenmesi ve E vitamininin koruyucu rolünün araştırılması
Investigation of effects on oxidant / antioxidant balance in rat brain tissue of prenatal and postnatal nicotine exposure and investigation of the protective role of vitamin E
BEYZA GÜZİDE ÖZEROL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Aile Hekimliğiİnönü ÜniversitesiAile Hekimliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ENGİN BURAK SELÇUK
- Sigara bırakma polikliniğine başvuran hastalarda bupropion tedavisinin başarısının ve yan etkilerinin araştırılması
Investigation of the success and side effects of bupropion treatment in patients admitted to the smoking cessation polyclinic
SÖZDAR AYDENİZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Aile HekimliğiSağlık Bilimleri ÜniversitesiAile Hekimliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HİLAL ÖZKAYA