Structure based drug design against c-Rel transcription factor
c-rel transkripsiyon faktörüne karşılık yapıya dayandırılmış ilaç dizaynı
- Tez No: 276989
- Danışmanlar: PROF. BURAK ERMAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2011
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 112
Özet
NF-?B sinyal iletim yolağı bağışıklık ve enflamasyon tepkileri, embriyonik gelişim süreçleri, hücresel gelişim ve apoptoz gibi birçok fizyolojik süreçte önemli rol oynar. NF-?B yolağının ve NF-?B aktivitesini kontrol eden diğer yolakların fonksiyonlarının bozulması kanser oluşumunda ve yayılmasında, kardiyovasküler ve bağışıklık sistemi hastalıklarında görülen ortak bir özelliktir. c-Rel, NF-?B transkripsiyon faktörü ailesinin bir üyesidir ve c-Rel proto-onkogeninin hücre kültürlerinin kötücül şekilde transformasyonunu sağlayan tek NF-?B ailesi üyesi olduğu gösterilmiştir. Transkripsiyon faktörün DNA üzerindeki hedef bölgeleri bağlanmasını engelleme amaçlı NF-?B sinyal yolağının bloke edilmesi üzerine çok çeşitli çalışmalar yapılmaktadır. Bu çalışmada bu açıdan ziyade, NF-?B sinyalinin sonlanması üzerine yoğunlaşıyoruz. DNA dan ayırarak NF-?B etkisinin engellemesi üzerine yeni bir yol öneriyoruz. Bu çalışma için c-Rel seçildi, çünkü c-Rel NF-?B ailesi içinde en özelleşmiş üye ve c-Rel etkisinin sonlandırılması aile içerisinde en az istenmeyen yan etkilere yol açacaktır. İlk olarak, insan c-Rel proteinin yapısı homoloji modelleme sunucusu ile tahmin edildi. Gaussian Network Model kullanılarak c-Rel in DNA dan kopmasına yol açacak kritik amino asitler belirlendi. Bu amino asitler ilacın etkileşim yeri olarak kabul edildi ve bu kısım kullanılarak c-Rel e karşı ilaç tarama gerçekleştirildi. En iyi skor veren moleküllerin bağlanma afinitelerini daha da arttırmak için moleküler modifikasyonlar uygulandı. Belirlenen potansiyel ilaç molekülleri c-Rel e karşı özgüllüğü test etmek için daha sonra diğer NF-?B proteinlerine yanaştırıldı.
Özet (Çeviri)
NF-?B signaling cascade plays a major role in many physiological processes such as immune and inflammatory responses, developmental processes, cellular growth, and apoptosis. The dysregulation of NF-?B pathway and other signaling pathways that control its activity is a common feature of many diseases including cancer development and progression, cardiovascular and inflammatory diseases. c-Rel is one of the member of NF-?B transcription factor family. It is shown that c-Rel proto-oncogene is the only NF-?B family member that can malignantly transform cells in culture. There have been various ongoing studies focused on blocking NF-?B signaling by preventing binding of transcription factor to its target sites on DNA. In this study, we rather focus on termination of NF-?B signaling. We propose a novel way of inhibiting NF- ?B action by removing it from DNA. c-Rel is chosen for this study because it is the most specialized member of NF-?B family and termination of c-Rel response will have the least undesired side effects. We first predict the structure of human c-Rel protein with a template based homology modeling server. The critical residues that will induce unbinding of c-Rel from DNA are determined by Gaussian Network Model. These residues are considered as drug interaction site and virtual screening studies is performed against c-Rel. Molecular modifications are applied to best hit compounds to increase the binding affinities. Potential drug molecules are then docked to other NF-?B members to check specificity to c-Rel.
Benzer Tezler
- Design and synthesis of drug molecules against prostate cancer
Prostat kanserine karşı ilaç moleküllerinin dizayn ve sentezi
TUBA ŞAHİN
- Fusobacterıum nucleatum'un enolaz enzimini kodlayan genin klonlanması ve analizi
Cloning and analysis of the gene encoding enolase enzyme from fusobacterium nucleatum
SİNEM YAKARSÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2013
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK TURGUT BALIK
- Isolation and characterization of the gene encoding d-lactate dehydrogenase enzyme from bacteroides fragilis that is known to be localized in colon cancer tissues
Kolon kanseri dokularında yerleştiği bilinen bacteroıdes fragılıs in d-laktat dehidrogenaz enzimini kodlayan genin izolasyonu ve karakterizasyonu
ZEYNEP BÜŞRA BOLAT
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
BiyokimyaYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK TURGUT BALIK
- Development of novel inhibitors targeting DRP1-MID49/51 interaction at mitochondrial fission
Mitokondriyal fizyon mekanizmasındaki DRP1-MID49/51 etkileşimini hedef alan inhibitör geliştirilmesi
BEHNAZ GHADERKALANKESH
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- Sübstitüebenzimidazol türevi platin (II) kompleksi sentez, yapı aydınlatma ve antikanser aktivite çalışmaları
Synthesis, structural elucidation and anticancer activity studies of platinum (II) complex with substituted benzimidazole derivative
ELİF ERGİN