Geri Dön

Farelerde bir batında doğan yavru sayısının kantitatif özellik lokusu (QTL) belirlenmesinde Bayesian genelleştirilmiş doğrusal model yaklaşımı

A Bayesian generalized linear model approach to quantitative trait loci (QTL) detection of litter size in mice

  1. Tez No: 299723
  2. Yazar: AMİR OROJPOUR MARAGHİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. M. MUHİP ÖZKAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoistatistik, Genetik, İstatistik, Biostatistics, Genetics, Statistics
  6. Anahtar Kelimeler: Litter size, QTL, Bayesian, GLM
  7. Yıl: 2011
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ankara Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 119

Özet

ÖBu çalışmanın amacı, fenotipik dağılım Poisson olarak varsayıldığında, akrabalı hat melezlerinde kantitatif özellik lokusu (QTL) haritalamak için bir model sunmaktır. Bayesian modelleme ve çıkarsama esasına dayanan bu modelde QTL sayısı, bilinmeyen bir rastgele değişken olarak alınmıştır. Bu model Genelleştirilmiş Doğrusal Model (GLM) ve bireysel QTL etkilerin eklenebilir olması varsayımına dayanmaktadır. Değişken boyutlu Bayesian modellerin genel çerçevesine ait olan bu model, tersine çevrilebilir sıçrama Markov zinciri Monte Carlo (RJMCMC) algoritması kullanılarak analiz edilen kromozomda, QTL'lerin konumları ve onların genotipik etkileri tahmininin yanı sıra, söz konusu QTL'lerin sayısının sonsal dağılımının elde edilmesine de imkan sağlamaktadır. Bayesian GLM karışımı içeren bu metot, geriye melezleme dizaynı için geliştirilmiştir. Modelin istatistiksel özellikleri simüle edilen veriler ile test edilmiştir. Bu çalışmada, sayılarak elde edilen özelliklerin çoklu QTL haritalanması için Bayesian istatistiğinin yararlı olduğu gösterilmiştir.Geriye melezlenmiş farelerde bir batında doğan yavru sayısı verileri geliştirilen Bayesian GLM modeli ile analiz edilmiştir. Sonuçlar GLM programı ile karşılaştırıldığında, elde edilen sonuçların en çok olabilirlik temeline dayanan GLM programı sonuçları ile örtüştüğü gözlenmiştir.ANAHTAR KELİMELER : Bir batında doğan yavru sayısı, QTL, Bayesian, GLM

Özet (Çeviri)

The purpose of this study is to present an approach for quantitative trait loci (QTLs) mapping in inbred line crosses from count data (litter size data in mice) when the phenotypic distribution is assumed to be Poisson. It is based on Bayesian modeling and inference, treating the number of QTLs as an unobserved random variable. Our modeling approach is based on Generalized Linear Model (GLM) and the assumption that individual QTL effects are additive. The method belong to the general framework of variable dimensional Bayesian models, applying Reversible Jump Markov Chain Monte Carlo (RJMCMC) algorithms to obtain the posterior distribution of the number of influential QTLs as well as estimating their location in the analyzed chromosome and the corresponding genotipic effects. This method, involving a mixture of Bayesian GLM has been developed for backcross designs. Statistical properties of this method were also examined with simulated data. In this study, we show that Bayesian statistics are particularly useful for mapping multiple QTL for complex count traits.The backcross mice data (litter size) were analyzed via the developed Bayesian GLM method. When obtained results were compared with a GLM program, these results were consistent with the results of the GLM program based on maximum likelihoods.

Benzer Tezler

  1. Kliniğimizde 2000-2016yılları arasında takip ettiğimiz sanfilipposendromlu hastaların tanı, biyokimyasal parametreler, tedavi ve klinikizlemlerinin değerlendirilmesi ve genetik danışma verilmesi

    Genetical counsulting and clinical, biochemical, radiologic findings of sanfilippo syndromepatients who were diagnosed and followed up between 20002016.

    BİLGE NOYAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıMarmara Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HURİYE NURSEL ELÇİOĞLU

  2. Alzheimer hastalığına ait beyin dokusundaki protein değişikliklerinin MALDI-MS görüntüleme tekniği ile belirlenmesi

    Identification of protein alterations in alzheimer's disease brain tissue by MALDI imaging technique

    EMEL AKGÜN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyokimyaAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi

    Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AHMET TARIK BAYKAL

  3. Identification of gene targets of transcription factor NeuroD2

    Transkripsiyon faktörü NeuroD2'nin hedef genlerinin bulunması

    GÜLCAN SEMRA ŞAHİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN

  4. Farklı lokasyonlardan elde edilen Centaurea tchihatceffii tohumlarının üretimi

    Propagation of Centaurea tchihatcheffii seeds collected from different locations

    MERVE SOYUPEK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    Peyzaj MimarlığıSüleyman Demirel Üniversitesi

    Peyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ŞİRİN DÖNMEZ