Evolutionary relationships among astragalus species native to Turkey
Türkiye?de doğal olarak bulunan astragalus türleri arasındaki evrimsel ilişkiler
- Tez No: 313718
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEKİ KAYA
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2012
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 179
Özet
Türkiye'de doğal olarak yayılış gösteren Astragalus cinsine ait üç seksiyonun (Incani DC., Hypoglottidei DC. ve Dissitiflori DC.) kendi içlerinde ve aralarında var olan evrimsel ilişki kloroplast ve nükleer genomda bulunan birkaç bölgedeki nükleotit dizi varyasyonlarıyla açığa kavuşturulmuştur. Bu çalışmada, kloroplast DNA'sında bulunan trnL intron (trnL5'-L3'), trnL3'-F(GAA) (trnL-F intergenic spacer), trnV intron, matK (matüraz kinaz) bölgeleri ve nükleer DNA'da bulunan ITS (internal transcribed spacer) bölgesinin DNA dizileri, üç Astragalus seksiyonunda bulunan Elli altı türün filogenetik ilişkilerini anlamak ve farklılaşma zamanını belirlemek için kullanılmıştır. Kopyaları ile birlikte Elli altı Astragalus türü ve dış grup olarak kullanılan Cicer cinsine ait bir tür, polimeraz zincir reaksiyonu ve DNA sekanslama metodu kullanılarak analiz edilmiştir. Ayrıca On bir tane tayin edilememiş örnek, her birinin seksiyonlarını anlamak ve isimlendirmesini yapmak için çalışmada kullanılmıştır. Çalışma sonunda tanımlanmamış A35 ve A52 örneklerinin A. dasycarpus, A65 ve A66 örneklerinin A. ovatus ve son olarak A2 örneğinin A. nitens veya A. aucheri olarak isimlendirilmesine karar verilmiştir. Tanımlanmamış A3, A16, A20, A108, A109 ve A110 örneklerinin seksiyonu Incani olarak saptanmıştır. Fakat kesin isimlendirilmeleri birden fazla türle olan yakın filogenetik ilişkilerinden dolayı yapılamamıştır. En yüksek varyasyon ITS1, 5.8S ve ITS2 alt bölgelerini kapsayan ITS nrDNA bölgesinin DNA dizisi kullanıldığında görülürken, en az varyasyon trnL-F cpDNA bölgesinin DNA dizisi analiz edildiğinde saptanmıştır. Analizi yapılan tüm bölgelerde genetik uzaklık Incani ve Dissitiflori seksiyonları arasında en fazlayken, Hypoglottidei ve Dissitiflori seksiyonları arasında en azdır. Türkiye'de ve dünyanın diğer bölgelerinde dağılım gösteren Astragalus türlerinin filogenetik ilişkisini anlamak için yabancı örneklerin bu çalışmada kullanılan bölgelerinin DNA dizileri NCBI veri tabanından toplanmış ve çalışmada kullanılan Türkiye örneklerinin DNA dizileriyle beraber değerlendirilmiştir. İran örnekleri filogenetik ağaçta ya dağılım göstermiş yada bizim örneklerimize dışarıdan bağlanmıştır, Kuzey ve Güney Amerika'dan alınan örnekler (Yeni Dünya Astragalus veya Neo-Astragalus) Eski Dünya Astragalus örneklerinin oluşturduğu (Türkiye örnekleri) ana grupta alt grup olarak bir araya gelmişlerdir. Bu sonucu kullanarak Yeni Dünya Astragalus grubunun monofiletik olduğunu ve Eski Dünya Astragalus grubundan ayrıldığını söyleyebiliriz. trnL intron ve matK cpDNA bölgelerindeki nükleotit değişimleri analiz edildiğinde Astragalus cinsinin evrimsel farklılaşma zamanı yaklaşık 12.5 - 14.5 milyon yıl (Ma), Yeni Dünya Astragalus grubunun evrimsel farklılaşma zamanı ise 5.0 ? 4.0 Ma olarak tahmin edilmiştir. Astragalus ve Yeni Dünya Astragalus grubunun farklılaşma zamanın tahmin edilmesine ek olarak, kullanılan üç Astragalus seksiyonlarının farklılaşma zamanı da trnL, trnV intron ve matK cpDNA bölgeleri kullanılarak hesaplanmış ve sonuçlar Hypoglottidei ve Dissitiflori seksiyonlarının ayrışma zamanının Incani seksiyonunun ayrışma zamanından 5.0-7.0 milyon yıl sonra olduğunu göstermiştir
Özet (Çeviri)
Evolutionary relationships within and among three Astragalus sections (Incani DC., Hypoglottidei DC., and Dissitiflori DC.) that were native to Turkey were inferred from variations of nucleotide sequences of both chloroplast and nuclear genome regions. In the current study, Fifty-six species included in the three Astragalus sections were utilized to figure out phylogenetic relationships and estimate evolutionary divergence time based on DNA sequence of trnL intron (trnL5?-L3?) , trnL3?-F(GAA) (trnL-F intergenic spacer), trnV intron, matK (maturase kinase) cpDNA (chloroplast) and ITS (internal transcribed spacer) nDNA (nuclear) regions. Fifty-six Astragalus species with their replicas and one Cicer species as outgroup were analyzed by polymerase chain reaction amplification and DNA sequencing methods. Eleven unknown samples were also used in the current study to understand their section and species name. The results of the study indicated that unknown A35 and A52 samples could be named as A. dasycarpus, while unknown A65 and A66 samples as A. ovatus and lastly unknown A2 sample as A. nitens or A. aucheri. Section of unknown A3, A16, A20, A108, A109 and A110 samples were determined as Incani, but the exact species identification of these samples were not possible because of their close phylogenetic associations with more than one species. Highest genetic diversity was observed when the DNA sequences of ITS nrDNA (nuclear ribosomal) region comprising three subregions as ITS1, 5.8S and ITS2 was used, while the lowest one was calculated when DNA sequence of trnL-F cpDNA region was analyzed. The genetic divergence between Incani and Dissitiflori sections was highest whereas between Hypoglottidei and Dissitiflori was lowest based on all used regions. To figure out phylogenetic relationships among Astragalus species distributed in Turkey and in other regions of the World, DNA sequences of studied regions of foreign samples were collected from the NCBI database and were evaluated with DNA sequence of Turkish species used in the curent study. The Iranian samples either scattered in the phylogenetic tree or attached to our samples externally. South and North American samples (New World Astragalus or Neo Astragalus group) were nested within a different subcluster, which was located in the main cluster produced by samples of Old World Astragalus group (Turkish samples). With these results, we can say that New World Astragalus group is monophyletic and diverged from Old World Astragalus group. Evolutionary divergence time for Astragalus genus was estimated as about 12.5 - 14.5 million years (Ma), and that of New World Astragalus group as 5.0 - 4.0 Ma when rates of nucleotide substitutions of trnL intron and matK cpDNA regions were analyzed. In addition to evolutionary divergence time estimation for Astragalus and New World Astragalus group, divergence times among used three sections of the genus were also calculated by using DNA sequences of trnL, trnV intron and matK cpDNA regions and results indicated that Hypoglottidei and Dissitiflori sections diverged about 5.0-7.0 million years later than Incani section.
Benzer Tezler
- Molecular phylogenetic relationships of six Astragalus L. sections (Halicacabus, Megalocystis, Macrophyllium, Hymenostegis, Hymenocoleous, Poterion) native to Turkey based on cpDNA and nDNA regions
Türkiye'de doğal yayılış gösteren Astragalus L. cinsine ait altı seksiyonun (Halicacabus, Megalocystis, Macrophyllium, Hymenostegis, Hymenocoleous, Poterion) arasındaki kloroplast ve nükleer DNA bölgelerine dayalı moleküler filogenetik analizleri
MEVLÜDE ALEV ATEŞ
- Türkiye'de yetişen bazı fiğ (Vicia L.) türlerinin moleküler filogenetik analizi ve dünya'daki türleri ile karşılaştırılması
Molecular phylogenetic analysis of some vetch (Vicia L.) species growing in Turkiye and comparison with the species in the world
ZEYNEP ÖZDOKUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
ZiraatKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MEVLÜDE ALEV ATEŞ
- Molecular phylogenetic analyses of Juniperus L. species in turkey and their relations with other junipers based on cpdna
Kloroplast genomuna göre Türkiye'deki Junıperus L. türlerinin molekuler filogenetik analizi ve diğer ardıç türleri ile ilişkisi
AYSUN DEMET GÜVENDİREN
- Kulp (Diyarbakır) ilçesi ve çevresinde doğal yayılış gösteren bazı geofit taksonların moleküler filogenisinin araştırılması
Investigation of molecular phylogeny of some geophyte taxa naturally grown in kulp (Diyarbakir) county and vicinity
İLYAS DENİZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BotanikBingöl ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALPASLAN KOÇAK
- Yerel durum buğdayı çeşitlerinde (Triticum durum Desf. ) RAPD PCR tekniği ile genetik çeşitlilik analizi
Analysis of genetic diversity in landraces of macoroni wheat (Triticum durum Desf. ) by RAPD PCR technique
MEHMET KARCICIO
