MCET metoduyla tirozin kinazın inhibitörleri olan flavonoid türevleri üzerinde 4D QSAR inceleme
4D-QSAR study of tyrosine kinase inhibitory activity of flavonoid derivatives using MCET method
- Tez No: 329473
- Danışmanlar: PROF. DR. YAHYA GÜZEL
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Erciyes Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 120
Özet
Bu çalışmada Moleküler Konformer Elektron Topolojik (MCET) metodu kullanılarak Protein Kinaz inhibitörü olan 50 flavonoid türevinden oluşan seri için Dört Boyutlu Kantitatif Yapı İlişkisi 4D-QSAR analiz edilmiştir. Flavonoid bileşiklerine ait -logIC50 aktivite değerlerinin yüksek oranda topoloji, boyut ve elektrostatik özelliklerine bağlı olduğu bulunmuştur. Sübstitüentlerin pozitif ve negatif yüklü grupları, 3 boyutlu biyo-yapının aktivitesini arttırıp, azalttığı eğitim seti içindeki 39 bileşik için tahmin edilmiştir. 11 bileşikten oluşan test set ise modelin doğruluğunu kanıtlamak için kullanılmıştır. 4D-QSAR modeli için formokofor ve fonksiyonel grup, topolojik tanımlayıcı olarak kullanılmış olup eğitim ve test seti için aktivite hesaplamaları istatistiksel olarak tatmin edici düzeyde (sırasıyla, R2= 0.72 ve Q2= 0.69) olduğu görülmüştür. Dock 6.0 ve Autodock Vina programı kullanılarak ligand dockingi yapılmıştır. Protein Data Bank`tan alınan PTK`nın insan ailesine bağlı olan 1lkl.pdb kodlu p56lck proteinine dock işlemi uygulanmıştır.
Özet (Çeviri)
A four dimensional quantitative structure activity relationship analysis was applied to a series of 50 flavonoid inhibitors of protein tyrosine kinase by the Molecular Comparative Electron Topological (MCET) Method in this study. It was found that the -log (IC50) values of the compounds were highly dependent on the topology, size and electrostatic character of the substituents at seven positions of the flavonoid scaffold. Depending on the negative or positive charge of the groups correctly embedded in these substituents, three-dimensional bio-structure to increase or decrease -log (IC50) values in the training set of 39 compounds was predicted. The test set of 11 compounds was used to evaluate the predictivity of the model. To generate 4D-QSAR model, the defined functional groups and pharmacophore used as topological descriptors in the calculation of activity were of sufficient statistical quality for training and test set, respectively (R2= 0.72 and Q2= 0.69). Ligand docking approach by using Dock 6.0 and Autodock Vina. These compounds include many flavonoid analogs, They were docked onto human families of p56lck PTKs retrieved from the Protein Data Bank, 1lkl.pdb.
Benzer Tezler
- MCET metoduyla fenildiazolhidrazid türevlerinin 4D-QSAR incelenmesi
4D QSAR studying with mcet method on phenylthiazole hydrazide derivatives
SEFA AKSAKAL
- MCET metoduyla N-benzil piperidin türevleri tarafından AChE'ın inhibisyonunun 4D QSAR incelenmesi
N-benzyl piperidyne derivatives by the method of MCET 4D QSAR study the inhibition of the AChE
GÖKÇE ALTIPARMAK
- Benzodiazepin GABAA reseptöründe flavonoid bağlanmalarının MCET metoduyla 4D-QSAR incelenmesi
4D-QSAR study of flavonoid binding at the benzodiazepine GABAA receptor site using MCET method
BURÇİN TÜRKMENOĞLU
- Östrojen bağımlı meme kanserine karşı güçlü aromataz inhibitörleri olarak flavonoidlerin MCET metoduyla 4D-QSAR incelenmesi
4D-QSAR investigation with flavonoid MCET method as powerful aromataz inhibites against estrogen-dependent breast cancer
DİLEK ŞEYMA KIZILCAN
- Melanogenez inhibitörü olarak N-benzil benzamitlerin MCET/CoMCET metoduyla 4D-QSAR incelenmesi
4D-QSAR investigation of n-benzyl benzamides as a melanogenesis inhibitor by MCET/CoMCET method
TUĞBA ALP TOKAT
