The mitochondrial toxin ethidium bromide also causes genotoxicity in the nucleus
Mitokondriyal toksin etidyum bromür'ün hücre çekirdeği üzerindeki etkisi
- Tez No: 332208
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. CORY DAVID DUNN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
Mitokondri, oksidatif fosforilasyon yoluyla ATP üretilmesi, hücre sinyallerinin iletilmesi ve apoptoz gibi birçok hücresel tepkimede görev alır. Bu organellerin bakteri olan atalarından kalan ve mitokondrinin işlevselliğinde önemli bir yere sahip genomları (mtDNA) vardır. Hasarlı mtDNA hastalıklara yol açabilir ve yaşlanmada önemli bir rolü olabilir. Bu tezde, tomurcuklanan maya Saccharomyces cerevisiae?yi kullanan mtDNA araştırmaları üzerine iki çalışma yer almaktadır. Ana çalışmamız mitokondriyal toksin etidyum bromürün (EtBr) hücredeki etkileri üzerinedir. EtBr, S. cerevisiae?de mtDNA?nın hızlı yıkımına sebep olurken, diğer organizmalarda da mtDNA?nın kaybına sebebiyet vermektedir. Neredeyse 50 yıl boyunca, EtBr?nin sadece mtDNA?yı etkilediği, nükleer DNA?ya zarar vermediği düşünülmüştür. Ancak biz EtBr?nin etkilerinin aslında bir tek bu organelle sınırlı olmadığını gösterdik. Hücre çekirdeğindeki çift zincir DNA kırıklarının tamirini gerçekleştiremeyen mutantların, mtDNA?ya ya da mtDNA?nın kodladığı proteinlere sahip olmadığı halde, EtBr?ye duyarlı olduğunu bulduk. EtBr?nin hücre çekirdeğindeki toksik etkisinin, özgün gen dönüşümü testimizle ölçüldüğü üzere, genomik kararsızlıkta artışa neden olduğunu gösterdik. Bulgularımızın, yaygın olarak kullanılan bu kimyasalla yapılan deneylerin tasarım ve yorumlanmasında önemli bir etkisi olacaktır. Ek çalışmalarda, mitokondrinin bölünmesinde görev alan yeni proteinleri aramaktayız. Mitokondri devamlı bölünmekte ve birleşmekte ve mitokondriyal dinamikleri bozan mutasyonlar mtDNA?nın kalıtımını ve korunmasını etkilemektedir. Mitokondri bölünebildiğinde yaşayamayan bir maya suşu yarattık. Akabinde, fazla ifade edildiğinde muhtemelen mitokondrinin bölünmesinde görev alan proteinin komplekslerinin stokiyometrilerini ya da regülasyonlarını bozarak, bölünmenin engellenmesine yol açacak genleri aradık. Mitokondriyal bölünmenin yeni bileşenlerini aramada geldiğimiz nokta da bu tezde yer almaktadır.
Özet (Çeviri)
Mitochondria take part in many cellular events, such as ATP generation by oxidative phosphorylation, cellular signaling, and apoptosis. These organelles contain a genome (mtDNA), inherited from a bacterial progenitor, which plays a major role in mitochondrial function. Damage to mtDNA can cause disease and may play a causal role in aging. In this thesis, we have engaged in two studies related to the study of mtDNA using the budding yeast Saccharomyces cerevisiae. Our major focus was on the cellular effects of the mitochondrial toxin ethidium bromide (EtBr). EtBr rapidly causes the destruction of mtDNA in S. cerevisiae and also engenders mtDNA loss in other organisms. For nearly fifty years, it has been suggested that EtBr solely affects mtDNA, leaving the nuclear DNA unscathed. However, we have now demonstrated that the effects of EtBr are, in fact, not limited to that organelle. We found that mutants lacking the ability to repair double-stranded DNA breaks in the nucleus are acutely sensitive to EtBr, even when mtDNA products or mtDNA itself are already lacking. We demonstrated that this toxic effect of EtBr in the nucleus causes an increase in nuclear genomic instability as measured by a novel assay of gene conversion. Our findings will have a major impact on the interpretation and design of experiments using this commonly used reagent. In additional studies, we are seeking new proteins involved in mitochondrial division. Mitochondria constantly fuse and divide, and mutations perturbing mitochondrial dynamics affect the segregation and maintenance of mtDNA. We created a yeast strain that is inviable when mitochondria are able to divide. Subsequently, we are seeking genes that when overexpressed would potentially alter the stoichiometry or regulation of complexes involved in mitochondrial division, leading to a block in this process. I will discuss our progress so far in seeking novel mitochondrial division components.
Benzer Tezler
- Geleneksel yöntemlerle hazırlanan sedir katranının antikanser etkisinin incelenmesi
The investigation of anticancer effect of cedar tar prepared by traditional methods
KADİR EĞİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyokimyaHarran ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL KOYUNCU
- Mikotoksinlerin mezenkimal kök hücrelerinin sağkalımı ve bölünmesi üzerindeki etkilerinin transkriptomik düzeyde taranması
Screening of mycotoxin-induced effects on the survival and proliferation of mesenchymal stem cells at transcriptomic level
INJI SHIKHALIYEVA
Doktora
Türkçe
2023
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLRUH ALBAYRAK
DOÇ. DR. CENK KIĞ
- Multiple skleroz kuprizon fare modelinde gen ekspresyonlarındaki değişikliklerin gerçek zamanlı (qRT PCR) yöntemi ile tayin edilmesi
Determination of gene expresssion changes in multiple sclerosis cuprizone mouse model with quantitative real time (qRT) PCR
GÖKHAN TERZİOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesiİleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. EDA TAHİR TURANLI
- Haplophyllum ptilostylum bitkisinin anti kanser özelliğinin incelenmesi
Investigation of anti cancer properties of Haplophyllum ptilostylum plant
MUSTAFA ORHAN TUNÇEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
BiyokimyaHarran ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ İSMAİL KOYUNCU
- Kobayda farklı dokulardaki difteri toksini etkisi - antioksidanların bu etkideki rolü
The effect of diphtheria toxin on different tissues of guinea pig and the role of antioxidants on this effect
SABİHA TOK
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Biyofizikİstanbul ÜniversitesiBiyofizik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RÜSTEM NURTEN