Nitroolefin functionalized BODIPY dyes for protein labeling
Protein etiketlemek amaçlı nitroolefin fonksiyonlandırılmış BODIPY boyaları
- Tez No: 336871
- Danışmanlar: PROF. DR. ENGİN UMUT AKKAYA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: BODIPY, protein etiketleme, nitroolefin, tiyol, sistein, Bovin Serum Albumin(BSA), dializ, BODIPY, protein labeling, nitroolefin, thiol, cysteine, Bovine Serum Albumine (BSA), dialysis
- Yıl: 2013
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Malzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Protein etiketleme, protein dinamiklerini gözlemleme, hücrelerin birbirleriyle etkileşimleri, proteinlerin yaşam döngülerinin mekanizmaları ve benzeri konular açısından oldukça önem taşımaktadır. Proteinler, yapay veya doğal moleküllerle, 3 boyutlu yapı analizleri, kovalent modifikasyonlar, protein-protein etkileşimlerini belirleme, devir sayısı tayini gibi amaçlarla etiketlenirler. Buna ek olarak, tiyol gruplarının algılanması ve sinyalizasyonu da son zamanlarda popülerlik kazanmıştır. Boyaların üzerindeki nitroolefin grupları, tiyol gruplarıyla hızlı ve seçici reaksiyon veren iyi Micheal akseptörleridir. Bu bilgiye dayanarak, bu çalışmada, değişik pozisyonlarında nitroolefin bulunan BODIPY türevleri elde etmeyi hedefledik. BODIPY boyalarının nitroolefin fonksiyonlandırılmasında, nitroolefin gruplarının proteinlerin üzerindeki sistein gibi tiyol içeren gruplarla konjugasyon yapmasını amaçladık. Üç farklı nitroolefin fonksiyonlandırılmış BODIPY boyaları başarıyla dizayn edildi, sentezlendi ve karakterize edildi. BODIPY üzerine trietilen glikol ünitelerinin eklenmesi de bu moleküllerin suda çözünülürlüğünü artırdı. Boyaların proteinle biyokonjugasyon yaptığını kanıtlamak için, hem L-sistein hem de Bovin Serum Albumin (BSA) ile boyaların reaksiyonu sonrası absorbans ve ışıma değişimleri kaydedildi ve spektral karakteristiklerde geniş değişimler elde edildi. Sonuçlar, BODIPY boyalarının nitroolefin fonksiyonlandırılmasının, biyolojik tiyollerin algılanması ve dolayısıyla üzerinde tiyol grupları bulunduran proteinlerin etiketlenmesi açısından gelecek vaad eden bir yol olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Protein labeling has significant importance in terms of visualizing dynamics of proteins, cell-cell interactions, mechanisms of life cycles of proteins, etc. Proteins are labeled by either synthetic or natural molecules with purposes such as analysis of 3D structures, determination of turnover number, covalent modifications and tracking protein-protein interactions. In addition to this, sensing and signalling thiol groups have gained popularity recently. Nitroolefin groups on dyes are good Micheal acceptors which undergo fast and selective reaction with thiol moieties. With this knowledge, in this study, we aimed to obtain derivatives of BODIPY dyes having nitroolefin substituents on its different positions. Nitroolefin functionalization of BODIPY dyes was targeted to result in conjugation of nitroolefins with thiol groups such as those belonging to cysteine residues on proteins. Three different nitroolefin functionalized BODIPY dyes have been designed, synthesized and characterized successfully. Incorporating triethylene glycol (TEG) units onto BODIPYs increased water-solubility of the molecules. To prove bioconjugation of the dyes with proteins, absorbance and emission changes were recorded after reaction with both L-cysteine and Bovine Serum Albumin(BSA) and large spectral changes were obtained. The result suggests that nitroolefin functionalization of BODIPY dyes is a promising way to sense biological thiols and hence labeling proteins having thiol groups.
Benzer Tezler
- Sensing and sensitizer activation by biological thiols and 1,2-dioxetanes based chemiluminescence probes
Biyolojik tiyollerin tanısı ile fotosensitizör aktivasyonu ve 1,2-dioksetan temelli kemilüminesan problar
İLKE ŞİMŞEK TURAN
Doktora
İngilizce
2014
Kimyaİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. ENGİN UMUT AKKAYA
- Penisiline dirençli escherichia coli, klebsiella pneumoniae ve pseudomonas aeruginosa kökenlerinde beta-laktamaz aktivitesinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
TİJEN ÖZACAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1990
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiEge ÜniversitesiKlinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
- Çiğ süt, pastörize süt ve beyaz peynirde üreyen bakterilerde beta-laktamaz araştırması
Başlık çevirisi yok
SEZA ARSLAN
- Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae ve pseudomanas aeruginosa suşlarında beta-laktamaz aktivitesi ve çeşitli beta-laktam antibiyotiklerin bu suçlara etkisinin araştırılması
Beta-lactamase activity in ekcherichia coli, klebsiella pneumoniae, pseudomanas aeruginosa strains and the effect of various beta-lactam antibiotics on these strains
YILDIZ ERBAŞ (ATAR)
- Esherichia coli ve klebsiella pneumoniae suşlarında TEM ve SHV türü B(beta)-laktamaz direncinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
ŞABAN ESEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1997
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiKlinik Mikrobiyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN LEBLEBİCİOĞLU