Geri Dön

Türkiye denizlerinde bulunan Scombridae familyasına ait türlerin moleküler filogenetiği

Molecular phylogeny of the species belonging to Scombridae family in Turkish waters

PDF İndir

  1. Tez No: 346207
  2. Yazar: DİLRUBA SEYHAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. CEMAL TURAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Scombridae, Filogenetik, DNA Dizileme Analizi, COI
  7. Yıl: 2013
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Mustafa Kemal Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 100

Özet

Bu çalısmada Türkiye denizlerinde bulunan ve ekonomik değeri oldukça yüksek olan Scombridae familyasına ait dokuz türün (Scomberomorus commerson, Auxis rochei, Euthynnus alletteratus, Katsuwonus pelamis, Sarda sarda, Scomber japonicus, Scomber scombrus, Thunnus alalunga, Thunnus thynnus) birbirleriyle olan genetik farklılıklarının belirlenmesi ve filogenetik ilişkilerinin şeklinin belirlenmesi amaçlanmıştır. Moleküler filogenetik analizde mitokondriyal COI bölgesinin nükleotid dizileme analizi yapılmış ve DNA dizilerinin farklılığından elde edilen genetik farklılığın tespitinde Kimura 2 parameter modeli kullanılmıştır. Dizi analizi sonucunda elde edilen nükleotid kompozisyonunda G-C bazlarının oranlarına bakıldığında değerlerin % 49,4-45,9 arasında değişkenlik gösterdiği saptanmış ve ortalama G-C oranı % 47,5 olarak belirlenmiştir. A-T bazlarının oranı ise % 54,1 ile % 50,6 arasında değişkenlik göstermiş iken ortalama A-T oranı % 52,6 olarak bulunmuştur. Bunun yanı sıra T bazının oranı % 28,4 ile % 29,8 oranında değişirken ortalama T oranı % 27 olarak, A bazının oranı % 23 ile % 24,4 arasında değişirken ortalama 23,6 olarak saptanmıştır. C bazının oranı % 28,1 ile % 30 oranında değişirken ortalama %28,7 olarak ve son olarak G oranları % 17,7 ile % 19,4 arasında değişirken ortalama 18,8 olarak saptanmıştır. 634 bç olarak incelenen COI bölgesinin 457 bçlik kısmı evrimsel süreçten etkilenmemiş bölgelerden oluşurken, 177 bç?lik bölge ise türler arasında çeşitli sebeplerden ötürü değişen bölge olarak tespit edilmiştir. 175 bçlik bölge ise türler arasında belirteç görevi görmüştür. Türler arası ortalama genetik çeşitlilik 0,117 olarak hesaplanırken, tür içi ortalama genetik çeşitlilik ise 0,002 olarak gözlenmiştir. COI bölgesinin türler arasındaki genetik değişim oranlarına bakıldığında K. pelamis ve E. alletteratus türlerinde bir değişim gözlenmezken en büyük değişim oranının S. commerson türünde olduğu gözlenmiştir. Türler arasındaki ortalama genetik uzaklık değerlerine bakıldığında en düşük genetik uzaklık T. alalunga ve T. thynnus türleri arasında (0,005) bulunurken S. japonicus ile İndopasifik kökenli S. commerson türleri arasındaki genetik uzaklık 0,201 ile en yüksek olarak hesaplanmıştır. Türler arasındaki moleküler filogenetik ilişkiyi tespit etmek amacıyla Neighbour Joining (NJ), Minimum Evolution (ME) ve Max. Parsimony (MP) Metodları kullanılarak filogenetik ağaçlar oluşturulmuştur. Elde edilen ağaçlar incelendiğinde, ağaçların 2 ana dala ayrıldığı, bu dallardan ilkini Scombrini soy hattı oluştururken diğer dalların Thunnini, Sardini ve Scomberomorini soy hatlarından oluştuğu gözlenmiştir.

Özet (Çeviri)

In this study genetic structure and phylogenetic relationship of the nine species (Scomberomorus commerson, Auxis rochei, Euthynnus alletteratus, Katsuwonus pelamis, Sarda sarda, Scomber japonicus, Scomber scombrus, Thunnus alalunga, Thunnus thynnus) which have high economic value and belonging Scombridae family in Turkish waters were investigated. Nucleotide sequence analysis of mitochondrial DNA COI region was used for molecular phylogenetic analysis, and Kimura-2 parameter model was used in the determination of genetic differences. As a result of sequencing the nucleotide compositions obtained were varied between % 49.4 - % 45.9 for the ratio of G-C, and average ratio of G-C was % 47.5 The ratio of A-T showed variability between % 54.1 to % 50.6, while the average A-T ratio was found to be % 52.6. On the other hand while the ratio of T was varied between %28.4 and %29.8 and average ratio of T was found %27, the ratio f A was varied between % 23 and % 24.4 and average ratio of A was found as 23.6. The ratio of C was varied between % 28.1 and % 30 and average ratio of C was found %28.7 and the ratio of G was varied between % 17.7 and % 19.4 and average ratio of A was found as 18.8. COI region was found as 634 base pair and compused 457 base pair as conserved sites and 177 base pair as variable sites. 175 base pair seen as a indicator between species. Mean evolutionary diversity between species is calculated as 0.117 and mean evolutionary diversity within species calculated as 0.002. The evolution divergence of the COI region between species has the higest value for S. commerson and no evolutionary changes were observed for K. pelamis and E. alletteratus. Genetic distance analysis showed that the highest nucleotide differences was observed between Indo- Pasific originated S. commerson and S. japonicus (0.201) and the lowest nucleotide differences was observed between T. alalunga and T. thynnus (0.005). In order to identify molecular phylogenetic relationship between species, phylogenetic trees were formed using Neighbor Joining (NJ), Minimum Evolution (ME) and Max. Parsimony (MP) Methods. To ensure the reliability of the creation of phylogenetic trees, 1000 repeated bootstrap tests were performed. It is observed that the phylogenetic trees have two main branches and while the first main branch is composed of tribus Scombrini, the second one is composed of tribus Thunnini, Sardini and Scomberomorini. Key word: Scombridae, Phylogenetic, DNA Sequencing, COI

Benzer Tezler

  1. Tez No

    363731

    Türkiye denizlerinde yaşayan Scombridae türlerinin DNA barkodlaması

    DNA barcoding of Scombrid fish species from Turkish waters

    CAN ÖNEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    Deniz BilimleriOrdu Üniversitesi

    Balıkçılık Teknolojisi Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YILMAZ ÇİFTCİ

  2. Tez No

    501900

    Türkiye denizlerinde bulunan mazak kırlangıcı Trigloporus lastoviza (Bonnaterre, 1788) populasyonlarının genetik analizi

    Genetic analyses of streaked gurnard Trigloporus lastoviza (Bonnaterre, 1788) populations in Turkish marine waters

    MEHMET NUR GÜNDÜZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Su Ürünleriİskenderun Teknik Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MEVLÜT GÜRLEK

  3. Tez No

    202781

    Türkiye denizlerinde bulunan sübye (Sepia officinalis L. 1758) popülasyonlarının genetik analizi

    Genetic analyse of the common cuttlefish (Sepia officinalis L. 1758) populations on the Turkish seas

    DENİZ YAĞLIOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2007

    Su ÜrünleriMustafa Kemal Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CEMAL TURAN

  4. Tez No

    297755

    DNA barcoding of fifteen shrimp and prawn species (Decapoda:Crustacea) living in Turkish coastal waters with phylogeographic comparisons

    Türkiye denizlerinde bulunan on beş karides (Crustacea:Decapoda) türünün genetik kataloğunun oluşturulması ve filocoğrafik karşılaştırması

    MERVE ASLI UTKAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    GenetikBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. RAŞİT BİLGİN

  5. Tez No

    301080

    Türkiye denizlerinde bulunan Çin şapkası (Patella caerulea Linnaeus, 1758) populasyonlarının incelenmesi

    Genetic analyse of the mediterranean limpet (Patella caeruleaLlinnaeus, 1758) populations on the Turkish seas

    MEHMET GÜNGÖR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Su ÜrünleriMustafa Kemal Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. CEMAL TURAN

Geri Dön