Uterin servikal kanser örneklerinde pyrosequencıng yöntemi ile human papillomavirus (HPV) genotiplerinin belirlenmesi
Detection of human papillomavirus (HPV) genotypes by pyrosequencing method in uterine cervical cancer samples
- Tez No: 369797
- Danışmanlar: DOÇ. DR. YASEMİN BULUT
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Human papilloma virus, HPV, uterin servikal kanser, genotip, pyrosequencing, Neoplazmlar, Papillomavirüsler, Serviks uteri, Uterin servikal neoplazmlar, Human papilloma virus, HPV, uterine cervical cancer, genotype, pyrosequencing, Neoplasms, Papillomaviridae, Cervix uteri, Uterine cervical neoplasms
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Fırat Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Temel Tıp Bilimleri Bölümü
- Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Servikal kanser kadınlarda göğüs kanserinden sonra görülen ikinci en yaygın kanser türüdür. Human papillomavirus (HPV) servikal kanserin primer etiyolojik ajanı olarak kabul edilmektedir. HPV tipleri epidemiyolojik ilişkilerine ve HPV genotiplerine göre kategorize edilir. Genom dizi analizine göre şimdiye kadar 100'den fazla HPV genotipi identifiye edilmiştir. HPV genotiplerinin tespiti için kullanılan moleküler testler aşılama stratejisinin oluşturulmasında ve epidemiyolojik amaçla oldukça önemlidir. Pyrosequencing yöntemi HPV genotiplerinin belirlenmesinde kullanılan yeni bir yöntemdir. Bu tezde pyrosequencing yöntemi ile uterin servikal kanseri tanısı olan hastaların HPV genotiplerinin belirlenmesi amaçlandı. Bu çalışmada Fırat Üniversitesi, Tıp Fakültesi Patoloji A.D. Laboratuvarından temin edilen 38 parafin bloktaki servikal kanser örneği kullanıldı. Örneklerin HPV pozitifliği real time-PCR yöntemi ile belirlendi. Daha sonra, HPV pozitif olarak tespit edilen örneklerden HPV genotipleri pyrosequencing yöntemi kullanılarak belirlendi. Real time-PCR sonucunda, 38 adet örneğin 35'inde (%92) HPV DNA pozitif saptandı. HPV DNA pozitif örneklerin 26'sında HPV 16 (%68.42), 2'sinde HPV 18 (%5.26) tespit edildi. Bir örnekte HPV 16 ve HPV 18'in süper enfeksiyonu (%2.63), 5 örnekte HPV 16 ve HPV 16 Africian subtip süper enfeksiyonu (%13.15) ve bir örnekte ise HPV 16 ile HPV 33 süper enfeksiyonu (%2.63) bulundu. Bu sonuçlara göre HPV 16 ve HPV 18 enfeksiyonlarının servikal kanserin en önemli etkeni olduğu gösterildi. Pyrosequencing yöntemi ile HPV genotiplerinin belirlenmesi diğer klasik DNA dizi analizi yöntemlerine göre kolay ve ucuzdur. Bu nedenle, rutin laboratuvarda HPV genotiplendirme için pyrosequencing yöntemini önermekteyiz.
Özet (Çeviri)
Cervical cancer is the second most common type of cancer in women after breast cancer. Human papillomavirus (HPV) is considered as the primary etiologic agent of cervical cancer. HPV types is categorized according to the epidemiological relationships and genotypes of HPVs. According to analysis of genome sequences of HPVs, HPV genotypes more than 100 have been identified. The molecular tests using for detection of HPV genotypes are very important for the detection of vaccine strategy and epidemiological purpose. The pyrosequencing method is one of the new method using for HPV genotypes. In this thesis, detection of HPV genotypes were aimed by pyrosequencing method in patients with uterine cervical cancer. For this study, 38 paraffin-embedded cervical cancer samples obtained from Department of Pathology, Faculty of Medicine, Firat University were used. The presence HPV DNA in samples were determined by real time-PCR. Then, HPV genotypes were determined from HPV DNA positive samples using pyrosequencing method. According to the results of real time-PCR, 35 (92%) of 38 samples were found as positive for HPV DNA. In the result of pyrosequencing method, of 35 HPV DNA positive samples HPV 16 in 26 (68.42%), HPV 18 in 2 (5.26%) were detected. In one sample, HPV 16 and HPV 18 super-infection (2.63%). In other one sample, HPV 16 and HPV 33 super-infection (2.63%) were detected. HPV 16 ve Africian subtip süper enfeksiyonu (%13.15) were detected fron in 5 samples. According to these results, HPV 16 and HPV 18 were shown to be the most important genotypes. Identification of HPV genotypes with pyrosequencing is cheaper and easier as compared to other methods such as classic nucleotite sequensing method. Thus, we suggest to use pyrosequencing method for genotyping in routine laboratories.
Benzer Tezler
- Servikal kanserli kadınlarda HPV enfeksiyonları ve diğer risk faktörlerinin tespiti
Detection of HPV infections and other risk factors in women with cervical cancer
HURİYE POLAT
- HPV pozitif bireylerde miR-519d, HPV16-miR-H1 ve DVL-1 ifadelerinin RT-PCR ile araştırılması
Investigation of miR-519d, HPV16-miR-H1 and DVL-1 expressions in HPV positive individuals by RT-PCR
ASLIHAN ESRA BİLDİRİCİ
Doktora
Türkçe
2021
Tıbbi BiyolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİLGÜN ÇEKİN
- Servikal lezyonlu ve servikal lezyonu olmayan kadınlardan alınan smear örneklerinde PCR yöntemi ile HPV sıklığının araştırılması ve genotiplendirilmesi
Investigation of frequency and genotyping of HPV in smear samples obtained from symptomatic and asymptomatic women by PCR
EYÜP SAPAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Moleküler TıpMustafa Kemal ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NİZAMİ DURAN
- Servikal doku örneklerinde polimeraz zincir reaksiyonu ve in situ hibridizasyon yöntemleri ile insan papillomavirüsünün belirlenmesi
Başlık çevirisi yok
A. İLTER GÜNEY
- MiRNA – 370, 125B ve 23 a'' nın yüksek dereceli servikal intraepitelyal neoplazi ve skuamöz hücreli kanser olgularında ifade düzeylerinin belirlenmesi
MiRNA – 370, 125B ve 23 a nin yüksek dereceli servikal i̇ntraepitelyal neoplazi ve skuamöz hücreli kanser olgularinda i̇fade düzeylerinin belirlenmesi
MAHMUT BAYKAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
Kadın Hastalıkları ve DoğumGaziantep ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NESLİHAN BAYRAMOĞLU TEPE