Geri Dön

Computational investigation of interactions between pyrene, hydoxypyrene and some selected aminoacids

Pren ve hidroksiprenin bazı seçilmiş aminoasitlerle etkileşimlerinin hesapsal yönetemlerle incelenmesi

  1. Tez No: 371390
  2. Yazar: TÜLAY KAYA
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. NURSEL AÇAR SELÇUKİ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2014
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 116

Özet

Bu tezde donör-akseptör moleküller arasında oluşan yük transfer kompleksleri hesapsal yöntemlerle incelenmiştir. Poliaromatik hidrokarbonlar olan pren ve 1-hidroksipren akseptör olarak seçilirken, aromatik aminoasit olan fenilalanin, tirozin ve triptofan donör olarak kullanılmıştır. Hesaplamalar Gaussian09, GaussView5 ve Spartan08 moleküler modelleme yazılımları ile yapılmıştır. Temel hal geometri optimizasyonları simetri sınırlaması yapılmadan ω-B97XD/6-31G(d,p) seviyesinde DFT methodu ile yapılmıştır. Vakumda ve suda piren ve hidroksipirenin elektronik enerjileri, dipol momentleri, sıfır noktası enerjileri ve bağıl enerjileri hesaplanmıştır ve su için çözünme enerjileri gösterilmiştir. TD-DFT metodu yardımıyla çalışılan bütün sistemlerin UV-Vis karakteristikleri incelenmiştir. Triptofanın, Py ve PyOH ile temel ve uyarılmış halde oluşturduğu kompleksler, Fenilalanin ve Tirozinin Py ve PyOH ile yaptığı komplekslerden daha kararlı olduğu görülmüştür.

Özet (Çeviri)

Charge transfer complexes between donor and acceptor molecules have been investigated by computational methods. Polyaromatic hydrocarbons pyrene and 1-hydroxypyrene are chosen as acceptors whereas aromatic amino acids phenylalanine, tyrosine and tryptophan are chosen as donors. Calculations have been carried out with Gaussian09, GaussView5 and Spartan08 softwares. Gound state geometry optimizations have been carried out at ω-B97XD/6-31G(d,p) level using DFT method without any symmetry constraints. Total electronic energies, dipole moments, zero-point vibrational energy corrections and relative energies are calculated both in gas phase and in water. Solvation energies are also calculated at the same level. UV-Vis characteristics of all studied systems are investigated by TD-DFT method. Ground and excited state Tryptophan complexes with Py and PyOH are calculated to be more stable than the complexes of Phenylalanine and Tyrosine formed with Py and PyOH.

Benzer Tezler

  1. Photophysical and computational investigation of interactions between some polyaromatic hydrocarbons and porphyrins

    Bazı poliaromatik hidrokarbonlar ve porifrinler arasındaki etkileşimlerin fotofiziksel ve hesapsal yöntemlerle incelenmesi

    ZELİHA GAMZE ALP

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    KimyaEge Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NURSEL ACAR SELÇUKİ

  2. Investigation of ground and excited state interactions of selected polyaromatic hydrocarbons with aromatic biomolecules and some pharmaceuticals present in biological systems by photophysical and computational methods

    Seçilmiş poliaromatik hidrokarbonların biyolojik sistemlerde varolan aromatik biyomoleküllerle ve bazı ilaç molekülleriyle temel ve uyarılmış haldeki etkileşimlerinin fotofiziksel ve hesapsal yöntemlerle incelenmesi

    PINAR GÜLOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    KimyaEge Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. NURSEL ACAR SELÇUKİ

  3. SMA tedavisinde kullanılan risdiplam molekülünün kısa nükleik asit dizileriyle etkileşimlerinin hesapsal yöntemlerle incelenmesi

    Computational investigation of the interactions of the risdiplam molecule used in SMA treatment with short nucleic acid sequences

    GÜLDEN AYDIN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    BiyokimyaEge Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURSEL AÇAR SELÇUKİ

  4. Tanin-prolin etkileşimlerinin model sistemler üzerinde hesapsal olarak incelenmesi

    Computational investigation of tannin-proline interactions on model systems

    TİMUÇİN GÜNER

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    BiyokimyaEge Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FİGEN ZİHNİOĞLU

    PROF. DR. CENK SELÇUKİ

  5. Nükleik asitler ve polipeptidlerin alt birimleri (MONO-tetramer) arasındaki etkileşimlerinin moleküler modelleme yoluyla incelenmesi

    Investigation of interactions between subunits of polypeptides and nucleic acids (monomeric-tetrameric) by molecular modelling

    FULYA ÇAĞLAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    BiyografiEge Üniversitesi

    PROF. DR. CENK SELÇUKİ