The interactions of metal ions with thymine tautomers: A computational study
Timin ve totomerlerinin metal iyonları ile etkileşimlerinin incelenmesi: hesapsal bir çalışma
- Tez No: 371500
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. FETHİYE AYLİN KONUKLAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biochemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İstanbul Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Bilişim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 78
Özet
Bu çalışmada, çeşitli timin ve totomerlerinin metal iyonları ile etkileşiminin hesaplamalı kimya yöntemleri kullanılarak açıklanması amaçlanmıştır. Metal iyonlarının nükleobazın yanında bulunması, bazdaki elektron dağılımını ve de totomerik dengeyi büyük ölçüde etkilemektedir. Metal iyonları seyrek bulunan totomerlerin varolmasını sağlarken, bu totomerlerin varlığı ise nokta mutasyonu dahil çeşitli biyokimyasal süreçlerin oluşumunu sağlar. Çalışmamızda, DFT metodu B3LYP/6-31++G** seviyesinde kullanılarak Li+, Na+, K+, Be+2, Mg+2, Ca+2, Cu+, Cu+2 ve Fe+2metal iyonları ile timin, timin totomerleri ve metillenmiş timin türevlerinin etkileşimi incelenmiştir. Metal ve timin arasında katyon-heteroatom ve katyon-π bağlanmaları gözlemlenmiştir. Olası timin totomerlerinin N1-metilleştirmesi totomerik dengeyi etkilemezken, iyonların bazlarla olan etkileşim enerjileri büyük olmasından dolayı totomerik denge sıralamasını değiştirmiştir. Elde edilen sonuçlar, literatürdeki deneysel ve teorik çalışmalarla karşılaştırmış ve de doğrulanmıştır.
Özet (Çeviri)
In this study the aim of is to elucidate the interactions of thymine and its tautomers with various metals with the use of computational chemistry tools. The presence of metal ions near bases can strongly affect the electron distribution in the bases and thus also the tautomeric equlibria. The effect of the metal ions can favor the formation of the rare tautomers, which are believed to be involved in various biochemical processes including point mutation. In our work, DFT method was used at B3LYP/6-31++G** level to investigate interactions of Li+, Na+, K+, Be+2, Mg+2, Ca+2, Cu+, Cu+2 and Fe+2 metal ions with tautomers of thymine and its methylated derivatives. Both cation-π and cation- heteroatom binding were found between metal cations and thymine tautomers. N1- methylation of all possible thymine tautomers didn't affect on tautomeric equlibria. Due to the high interaction energies of the cations with bases, the tautomeric equilibria order was changed. The results of the study were compared and validated with the previous experimental and theoretical studies.
Benzer Tezler
- Nükleosit analoğu bazı sitotoksik antineoplastik ilaçların dsDNA ile etkileşim mekanizmaları ve elektrokimyasal analizleri
Interaction mechanisms with dsDNA and electrochemical analysis of some nucleoside analogue cytotoxic antineoplastic drugs
PELİN ŞENEL
- Akış enjeksiyon?kromatografik yöntemlerle immobilize hümik asidin sabit faz özelliklerinin incelenmesi
Investigating the stationary phase characteristics of immobilized humic acid by using flow injection-chromatographic methods
ORHAN GEZİCİ
Doktora
Türkçe
2010
Eczacılık ve FarmakolojiSelçuk ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSEYİN KARA
- 5-kloro-urasil molekülünün montmorillonit tarafından soğurulması ve kil matrisi ile etkileşmesinin kırmızı-altı spektrokopisi ile incelenmesi
IR spectroscopic invesitigation of adsorption of 5-chlorouracil onto montmorillonie and its interaction with the clay matrix
ROZA GÜL MİLLİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
Fizik ve Fizik Mühendisliğiİstanbul Kültür ÜniversitesiFizik Bölümü
PROF. DR. SEVİM AKYÜZ
- Mononükleer metalli ftalosiyanin komplekslerinin elektrokimyasal, eş zamanlı spektroelektrokimyasal ve elektrokatalitik özelliklerinin incelenmesi
Başlık çevirisi yok
LEVENT AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
EnerjiMarmara ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EFE BATURHAN ORMAN
- Nadir toprak element iyonları-fenoksiasetat kompleks değerlerinin potansiyometrik yöntemle incelenmesi
Potentiometric study on the complex equilibria of the rare earth element ions with phenoxyacetate
NEVİN ÖZTEKİN