Xanthomonas vesicatoria'nın ISSR markırları kullanılarak genetik tiplendirmesi
Genetic typing of Xanthomonas vesicatoria by using ISSR markers
- Tez No: 379630
- Danışmanlar: PROF. DR. AFİFE İZBIRAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2014
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 74
Özet
Xanthomonas vesicatoria domates (Solanum lycopersicum) ve biber (Capsicum spp.) bitkilerinin önemli bir patojenidir. Son yıllarda Xanthomonas vesicatoria'dan kaynaklanan bakteriyel leke hastalığı Türkiye'nin Doğu Akdeniz Bölgesi'nde görülen en önemli hastalıklardan biridir. Bu hastalık daha çok sıcak ve nemli bölgelerde verim kaybına neden olmaktadır. Bu hastalıkların kaynağının saptanması ve uygun tedavi yönteminin belirlenmesi amacıyla bitki patojeni bakterilerin genetik tiplendirilmesine ihtiyaç vardır. Bakteri genomlarını karakterize etme ve tanımlamada kullanılan çeşitli markır sistemler geliştirilmiştir. Bu sistemlerden birisi olan ISSR-PZR, bakteri türlerinde genetik tiplendirmede kullanılan etkin bir tekniktir. Bu çalışmada, ABD ve Türkiye'de domates ve biberlerden izole edilmiş olan 29 adet Xanthomonas vesicatoria örneği öncelikle rhs geni içindeki 517 bç'lik fragmenti varlığı açısından, XCVF ve XCVR primerleri kulllanılarak tanımlanmıştır. Ayrıca 5 farklı ISSR primeri ile de 29 adet izolatın genetik tiplendirmesi amaçlanmıştır. ISSR primerlerinden elde edilen toplam 57adet PZR ürünü %100 polimorfik bulunmuştur. Bütün veriler Aritmetik Ortalamayı Kullanan Ağırlıksız Çift Grup Metodu ile (UPGMA) değerlendirilerek, dendogram çizilmiştir.
Özet (Çeviri)
Xanthomonas vesicatoria is a major pathogen of tomato (Solanum lycopersicum) and pepper (Capsicum spp.). Bacterial spot caused by Xanthomonas vesicatoria is one of the most important diseases in the Eastern Mediterranean Region of Turkey in recent years. The disease causes considerable crop looses in areas of warmer and humid climate. It is necessary to genetic typing of the plant pathogenic bacteria for detecting the source of the pathogens and defining appropriate management of disease. There are various marker systems to analyse and define the bacteria genomes. ISSR-PCR is one of the efficiently used technique for genetic typing among bacterial species. In this study, first 29 samples of Xanthomonas vesicatoria isolates from tomato and pepper in Turkey and U.S.A have identified in the presence of 517 bp fragment of rhs gene by using XCVF and XCVR primers. In addition, genetic typing of the 29 isolates aimed by using five different ISSR primers. Of the total 57 amplification products, %100 were found to be polymorphic. All the data were employed to construct dendograms using an unweighted pair-group method with arithmetical averages(UPGMA).
Benzer Tezler
- Türkiye'de ekimi yapılan bazı domates tohumları ile taşınan bakteriyel patojenlerin belirlenmesi ve en yaygın patojenin karakterizasyonu
Determination of seed-borne bacterial pathogens and characterization of the most common pathogen from some tomato seeds cultivated in Turkey
AYŞEGÜL GEDÜK
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatSelçuk ÜniversitesiBitki Koruma Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KUBİLAY KURTULUŞ BAŞTAŞ
- Biberde bakteriyel leke etmeni Xanthomonas axonopodis pv. vesicatorianın tanılanması ve bitki büyüme düzenleyici rizobakteriler ile biyolojik mücadele olanakları
Identification of Xanthomanas axonopodis pv. vesicatoria, causal agent of bacterial spot disease of pepper, and studies on biological control of the disease by plant growth promoting rhizobacteria
MUSTAFA MİRİK
- Diyarbakır ilinin Merkez Kayapınar, Ergani ve Bismil ilçelerinde domates üretim alanlarındaki bakteriyel hastalıkların morfolojik ve biyokimyasal özelliklerine bağlı tanıları ve yaygınlık oranlarının belirlenmesi
Determination of diagnosis and prevalence rates depending on morphological and biochemical characteristics of bacterial diseases in Central Kayapinar, Ergani and Bismil districts of Diyarbakir province in tomato production areas
SERKAN BAYMAN
- Pulsed-field jel elektoforez yöntemi ile domates ve biberde yaprak lekesi etmeni (xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria)'nın genom büyüklüğünün saptanması ve fiziksel haritasının oluşturulması
Genome size and physical map of a causal agent of tomato and pepper leaf spot disease (xanthomonas axonopodis pv., vesicatoria) by pulsed-field electrophoresis
ESİN BASIM
- Domates bakteriyel kanser etmeni Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis ve domates bakteriyel yaprak lekesi etmeni Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria' nın LNA probe'a dayalı real time PCR ile tanısı ve saptanması
LNA probe based real-time PCR for detection and identification of tomato bacterial canker (Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis) and tomato bacterial leaf spot (Xanthomonas axonopodis pv. vesicatoria)
DENİZ ÇAPLIK