Geri Dön

Transcriptome analysis of Thermoplasma volcanium GSS11 under extreme stress

Thermoplasma volcanium GSS11'ın ekstrem stres altında transcriptom analizi

  1. Tez No: 383077
  2. Yazar: SEMA ZABCI
  3. Danışmanlar: PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2015
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 187

Özet

Bu çalışmada, arkeabakterilerde stres karşıtı mekanizmaları anlamak için, Thermoplasma volcanium'da ağır stres koşulları altında ( ısı stresi 68 ºC, oksidatif stres ve pH5.0' te pH stresi) genom boyuntunda transkriptom analizi, tüm genom gen ekspresyon mikrodizinleri kullanılarak yürütülmüştür. Üç stresöre tepki olarak değişen gen anlatım profile, protein sentezi, gen yazılımı, hücre hareketi ve enerji metabolizması gibi önemli hücresel süreçlerde yer alan genlerin anlatımının azalmasına bağlı olarak hücre gelişiminin yavaşladığını göstermiştir. Buna ek olarak ısı şoku, ısı şoku proteinlerini (örneğin, GroEL, GrpE, DnaK, and DnaJ) kodlayan genlerin transkripsiyon düzeylerinin artmasına neden olmuştur. En fazla sayıda ekspresyonu artan gen sayısı pH stresi sırasında kaydedilmiştir. T.volcanium'un pH stres tepkisi, ürünleri hücre içi pH homeostazını sürdürmek için cok önemli olan birçok taşıyıcı geninin indüklenmesi ile tanımlanmıştır. Oksidatif stres genellikle gen anlatımının azalmasını tetiklemiştir. Oksidoredüktazlar, Fe-S oksidoreduktazlar, aldo/keto redüctazlar ve dehidrogenazların yüksek miktarda üretimi H2O2 'in neden olduğu oksidatif strese tepki olarak, hücre içi redoks potansiyellerini devam ettirmek ve serbest radikallerin detoksifikasyonu için önemli olabilir. Diğer taraftan, üç stres sinyaline tepki olarak, bazı transkripsiyon düzenleyicileri ile karbonhidrat metabolizması ve transportun aktivasyonu da saptanmıştır. Mikrodizin verilerinin qRT-PCR ile doğrulama çalışması, her iki teknikle elde edilen sonuçların uyuştuğunu göstermiştir

Özet (Çeviri)

In this study, to provide new insight into anti-stress mechanisms in archaea, we have carried out genome wide transcriptome analysis of Thermoplasma volcanium under severe stress conditions (i.e., heat- shock at 68 ºC, sub-lethal and lethal oxidative stress and pH stress at pH 5.0) using whole genome gene expression microarray. The change in the gene expression profile in response to three stressors indicated retardation of cell growth accompanied by down regulation of genes involved in essential cellular processes such as translation, transcription, cell motility, and energy metabolism. In addition, heat- shock resulted in the increased transcription level of genes encoding heat shock proteins (e.g., GroEL, GrpE, DnaK, and DnaJ). The highest number of up-regulated genes was recorded upon pH stress. pH stress response in T.volcanium was characterized by activation of several transporter gene products, which are crucial for maintaining intracellular pH homeostasis. Oxidative stress triggered mostly down regulation of gene expression. Up regulation of oxidoreductases, Fe-S oxidoreductases, aldo/keto reductases, and dehydrogenases as a response to oxidative stress provoked by H2O2 can be important for maintaining intracellular redox potential and detoxification of free radicals. On the other hand, activation of the carbohydrate metabolism and transport, as well as some transcriptional regulators was detected in response to three stress signals. The verification of the microarray data with qRT-PCR showed good agreement between results of the two techniques.

Benzer Tezler

  1. Expression profiling of Thermoplasma volcanium GSS1 under stress conditions with specific emphasis on proteasome associated regulatory VAT genes

    Thermoplasma volcanium GSS1'in stres koşulları altında proteazoma ilişkin düzenleyici VAT genleri ağırlıklı olmak üzere gen anlatım profilinin belirlenmesi

    TÜLAY YILMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMRA KOCABIYIK

  2. Hacıhaliloğlu kayısı (Prunus armeniaca) çeşidinde transkriptom analizi

    Transcriptome analysis of apricot (Prunus armeniaca) varriety 'Hacıhaliloğlu'

    ONUR CANBULAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatErciyes Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KAHRAMAN GÜRCAN

  3. Glioblastoma multiformeli hastalarda transkriptom analizi

    Transcriptome analysis of glioblastoma multiforma patients

    DİDEM SEVEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞE NUR BUYRU

  4. Ricania simulans'ta kitin sentaz 1 geninin transkriptom analizi

    Transcriptome analysis of chitin synthase 1 gene in Ricania simulans

    SERPİL TURHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    GenetikAtatürk Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SEMRA ÇİÇEK

  5. Akciğer kanser kök hücrelerinin transkriptom analizi

    Transcriptome analysis of lung cancer stem cells

    BURCU ŞEN BAĞCI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    GenetikErciyes Üniversitesi

    Kök Hücre Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ SEÇİL YILMAZ