Geri Dön

Amplification and isolation of a fragment of lactate dehydrogenase gene from rhizopus orgzae using RT_PCR

RT-PCR metodu kullanılarak rhizopus orgzae'dan lactat dehidrogenaz geninin bir parçasının amplifikasyonu ve izolasyonu

PDF İndir

  1. Tez No: 68436
  2. Yazar: ERDOĞAN EŞREF HAKKI
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. MAHİNUR S. AKKAYA
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Bilim ve Teknoloji, Biyomühendislik, Science and Technology, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: RT-PCR, primer tasarımı, Idh, L-laktat dehidrogenaz, Rhizopus oryzae, küf, DNA probları. vıı, RT-PCR, primer design, Idh, L-lactate dehydrogenase, Rhizopus oryzae, fungi, DNA probes
  7. Yıl: 1997
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 147

Özet

oz RT-PCR METODU KULLANILARAK Rhizopus oryzae'DKN LAKTAT DEHİDROGENAZ GENİNİN BİR PARÇASININ AMPLİFİKASYONU VE İZOLASYONU Hakkı, Erdoğan E. Yüksek Lisans, Biyoteknoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Yar.Doç.Dr. Mahinur S. Akkaya Ortak Tez Yöneticisi: Yar.Doç.Dr. Ufuk Bakır Eylül 1997, 131 sayfa Bu çalışmada, fılamentli (ipliksi) bir küf olan Rhizopus oryzae'dm laktat dehidrogenaz (LDH) enzimini kodlayan Idh geninin bir bölümünün amplifikasyonu ve klonlanması gerçekleştirilmiştir. R. oryzae organik asit ve enzim üretiminde kullanımı dolayısıyla endüstriyel önemi olan bir organizmadır. R. oryzae' da laktik asit üretiminin arttırılmasına yol açacak laktat dehidrogenaz geninin mekanizmasının ve regülasyonunun anlaşılması için, Idh geninin aktif bölgesinin izole edilip sekansının belirlenmesi gerekmektedir. Genbank ve diğer DNA dizilim bilgi bankalarının taranmasıyla, birbirinden farklı yüzlerce canlı sistemden sekanslara ulaşılmış ve fungus vitürlerinin Idh geni ile ilgili ne amino asit sekansının ne de DNA sekans bilgisinin var olduğu görülmüştür. Çok sayıda canlı organizmanın (40'm üzerinde) karşılaştırılmasıyla laktat dehidrogenaz'da, büyük ölçüde korunmuş bölgelerin varlığı tespit edilmiştir. Bunların en fazla korunmuş kısımları PCR primerleri için hedef bölge seçilmiştir. Rhizopus türlerinden çeşitli genlerin incelenmesi ile, Rhizopus'ta. kodon kullanımı belirlenmiş ve buna bağlı olarak primer sekansları oluşturulmuştur. Böylece, RT-PCR teknolojisi kullanılarak genin bir bölümü çoğaltılmıştır. Agaroz j elinde etidyum bromür ile görüntülenen PCR ürünü, jelden band izole edilip vektöre klonlanmıştır. DNA, Idh gen parçasını içeren rekombinant plasmidlerden izole edilmiştir. Bu DNAların (Idh gen parçasının) nükleotid düzeyinde incelenmesi devam etmektedir. Dejenere primerler kullanılarak genin bir bölümünün direkt PCR amplifikasyonuna alternatif bir yaklaşım olarak, genin bir kısmını izole etmek amacı ile M?'e özel bir prob hazırlanmıştır. DNA sekans bilgilerine dayanarak homolog primerler kullanılmak suretiyle prob hazırlamada L. lactis Idh geni kullanılmıştır. S. cerevisiae C468,den Idh geninin izolasyonuna da çalışılmıştır.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT AMPLIFICATION AND ISOLATION OF A FRAGMENT OF LACTATE DEHYDROGENASE GENE FROM Rhizopm oryzae USING RT-PCR Hakkı, Erdoğan E. M.S., Department of Biotechnology Supervisor: Assist. Prof. Dr. Mahinur S. Akkaya Co-Supervisor: Assist. Prof. Dr. Ufuk Bakır September 1997, 131 pages In this study, the amplification and the cloning of a fragment of Idh gene coding for lactate dehydrogenase (LDH) enzyme from Rhizopm oryzae, a filamentous fungus, was fulfilled. R. oryzae is an organism of an industrial importance due to its use in lactic acid and enzyme production. In order to understand mechanism and regulation of lactate dehydrogenase gene in a way of improving the yield of lactic acid production in R. oryzae, the isolation and determination of the nucleotide sequence of the active site of the Idh gene was required.By searching GenBank and other databases, hundreds of sequences from different living systems have been reached and it is confirmed that, there were neither amino acid sequence nor DNA sequence data on fungal species of any type of Idh. There are number of highly conserved regions in the lactate dehydrogenase of many living organisms that were compared (above 40). The most conserved regions were selected as PCR primer target regions. By analyzing different genes from Rhizopus species, the codon usage in Rhizopus sp. was determined and based on which the primers were designed. Thus, using Reverse Transcriptase-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) technology, a fragment of the gene was amplified. The band, detected by ethidium bromide staining on an agarose gel, was isolated and blunt-end cloned into a vector. DNAs of the recombinant plasmids, possessing the Idh gene fragment, were isolated. They are currently being analyzed in nucleotide sequence level. As an alternative approach to direct PCR amplification of the fragment of the gene using degenerate primers, an LDH specific probe was prepared to fish out a fragment of the gene. The Idh gene of Lactococcus lactis was chosen for preparation of a probe using the homologous primers based on the DNA sequence data. We have also attempted to isolate Idh gene from Saccharomyces cerevisiae C468. IV

Benzer Tezler

  1. Tez No

    225007

    Akut ishallerde campylobacter jejuni ve diğer etyolojik ajanların hızlı tanısında moleküler yöntemlerin değeri

    The value of molecular methods in rapid diagnosis of campylobacter jejuni and the other etiologic agents in acute diarrhea

    ESRA POLAT

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2008

    MikrobiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH KÖKSAL

  2. Tez No

    202156

    Isolation, phenotypic and genotypic characterization of yoghurt starter bacteria

    Yoğurt kültürlerinin izolasyonu, fenotipik ve genotipik karakterizasyonu

    OYLUM ERKUŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    Gıda Mühendisliğiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA

    PROF. DR. HATİCE GÜNEŞ

    PROF. DR. ŞEBNEM HARSA

  3. Tez No

    121022

    Isolation and molecular characterization of lactic acid bacteria from raw milk

    Çiğ sütten laktik asit bakterilerinin izolasyonu ve moleküler karakterizasyonu

    ALİ EMRAH ÇETİN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ.DR. HATİCE GÜNEŞ

    PROF.DR. ŞEBNEM HARSA

    Y.DOÇ.DR. ALİ FAZIL YENİDÜNYA

  4. Tez No

    129349

    Isolation and characterization of an adhesin protein from the surface of a respiratory pathogen Moraxella catarrhalis

    Moraxella catarrhalis bakterisinin yüzeyinden bir adhesin proteininin izole edilmesi ve karakterizasyonu

    TOLGA TURAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2002

    Tıbbi Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KAMRUDDİN AHMED

  5. Tez No

    76075

    PCR based, isolation, cloning on expression of streptokinase gene from a group c streptococcus equisimilis in e.coli

    Bir grup c (Streptocossus equisimilis)'e ait olan streptokinaz genin pcr-aracılığı ile izolasyonu, klonlaması ve e.coli'de ifade edilmesi

    FARZİN ROOHVAND

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    1998

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. UFUK GÜNDÜZ

Geri Dön