Geri Dön

Dedection of aminoglycoside 3'-phosphotransferases by using Dna and antibodd probes

Aminoglikozit 3'-fosfotransferazların DNA ve antikor propları ile tanısı

  1. Tez No: 38555
  2. Yazar: ARMAĞAN KOÇER SAĞIROĞLU
  3. Danışmanlar: DOÇ.DR. SEMRA KOCABIYIK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: DNA probu, antikor probu, Aminoglikozit 3'- fosfotransferaz, Aminoglikozit dirençliliği, Southern Blot, Western Blot, DNA probe, antibody probe, Aminoglycoside 3'- Phosphotransferase, Aminoglycoside Resistance, Southern Blot and Western Blot. Science
  7. Yıl: 1995
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 74

Özet

öz ÂMİNOGLİKOZİT 3'-FOSFOTRANSFERAZLARIN DNA VE ANTİKOR PROPLARI İLE TANISI Sağıroğlu Koçer, Armağan Yüksek Lisans Tezi, Biyoloji Anabilim Dalı Tez Yöneticisi: Doç.Dr. Semra Kocabıyık Ocak, 1995, 74 sayfa Gram-negatif basillerde 3'-aminoglikozit fosfotransferaz aktivitesini kodlayan genleri teşhis etmek için üç tane DNA probu geliştirildi. Problar, APH(3') II geninin üç farklı restriksiyon fregmentleri olarak hazırlandılar. Bu parçalar, radyoaktif olmayan digoxigenin ile işaretlenmiş 'deoxyuridine-triphosphate'ların bağlanmasıyla işaretlendiler. Problar hedeflenen nükleik asitlerle birleştikten sonra, immunoassay ile, enzim bağlanmış antikorlar kullanılarak tanındılar. Her üç prob da sadece, APH(3') II geni içeren ve genetik olarak tanımlanmış olan kontrol suşların DNAsı ile hibridize olurken, farklı APH(3') geni içeren suşlarla hibridize olmadılar. Hacettepe Üniversitesi hastalarından elde edilen kanamisine dirençli bazı Enterobacteriaceae ve Pseudomonas suşlan bu proplar kullanılarak Southern Blot tekniği, ile incelendiler ve bunlardan birisinin APH(3') II geni içerdiği gösterildi. Kullanılan her probun APH(3') II genine oldukça spesifik olduğu ve, kompleks aminoglikozit dirençlilik profiline sahip olan klinik VIsuşlarda APH(3') II enziminin teşhisinde, enzimatik testlerden daha duyarlı oldukları ispatlandı. Öte yandan, kontrol ve klinik suşlardan elde edilen hücre lizatları, Western Blot tekniği ile incelendiler. Bu deneylerde, Fc- biotinlenmiş tavşan poliklonal anti-APH(3') n antikoru kullanıldı. Fakat DNA probu ile kıyaslandığında antikor probunun daha az spesifik olduğu gürüldü, çünkü farklı APH(3') aktivitesi gösteren kontrol suşları aynı immunoblot sinyalleri verdiler. Ayrıca APH(3') II proteinine karşılık gelen bu sinyallere, APH(3') II DNA probuyla teşhis edilemeyen klinik suşlarda da rastlandı. Sonuç olarak, bu çalışmada geliştirilen APH(3') II genine özel DNA problarının, genetik ve enzimatik metodlarla tanımlanmış olan bakteri suşlarının son derece duyarlı, spesifik, ve doğru olarak teşhis ettikleri gösterildi. Antikor prob (daha az spesifik olmasına rağmen) ile birlikte DNA prob, APH(3') dirençlilik determinantı içerdiği düşünülen klinik suşlarm teşhisinde, enzimatik metodlara alternatif oluşturmaktadırlar.

Özet (Çeviri)

ABSTRACT DETECTION OF AMINOGLYCOSIDE 3'- PHOSPHOTRANSFERASES BY USING DNA AND ANTIBODY PROBES Sağıroğlu Koçer, Armağan M.S. in Biology Supervisor: Assoc.Porf.Dr. Semra Kocabıyık January, 1995, 74 page Three DNA probes were developed to screen for genes encoding aminoglycoside 3'-phosphotransferase activity in gram- negative bacilli. Probes were prepared from cloned APH(3') II gene as three different restriction fragments. These fragments were non- radioactively labeled by incorporation of digoxigenin- labeled deoxyuridine-triphosphate. DIG-labeled DNA probes were detected after hybridizations to target nucleic acids, by enzyme-linked immunoassay using an antibody conjugate. All three probes hybridized only with DNA from control strains harboring genetically defined APH(3') II gene, and did not hybridize with DNA from organisms exhibiting other APH(3') activities. Analysis of a number of kanamycin-resistant Enterobacteriaceae and Pseudomonas spp. isolated from patients at Hacettepe University mHospital by Southern Blot Hybridization, using these probes successfully demonstrated that one of the isolates contained APH(3') II gene. Each probe proved to be highly specific for APH(3') II gene and was more sensitive than enzymologic techniques for detection of APH(3') II enzyme in clinical isolates with complex aminoglycoside resistance phenotypes. Cleared lysates of the control bacteria and the clinical isolates were also analyzed by Western Blotting technique. In these experiments an Fc-biotinylated rabbit polyclonal anti-APH(3') II antibody was used. The antibody probe was less specific as compared to DNA probes, since immunoblot signals of all the control bacteria exhibiting various APH(3') activities were very similar. Moreover, identical signals at the position corresponding to APH(3') II protein was observed in hospital isolates which could not be detected by APH(3!) II DNA probes. In conclusion, DNA probes for APH(3') II structural genes developed in this study proved remarkably sensitive and specific, correctly identifying the genetically and enzymatically defined bacterial strains. Together with antibody probe technique (although comparatively less specific), DNA probe technique provides an alternative to the enzymatic methods for testing organisms suspected of containing APH(3') resistance determinants. IV

Benzer Tezler

  1. Tez No

    540719

    Süt ve süt ürünlerinde yüksek seviyede aminoglikozid dirençli Enterococcus spp. yaygınlığı ve aminoglikozid-modifiye edici enzim (AME) genlerinin belirlenmesi

    Prevalence of high level aminoglycoside resistant (HLAR) Enterococcus spp. in milk and dairy products and detection of their aminoglycoside-modifying enzyme (AME) genes

    RAHİME ÖZDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    BiyoteknolojiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASİN TUNCER

  2. Tez No

    542344

    Tavuk etinde yüksek seviyede aminoglikozid dirençli Enterococcus spp. yaygınlığı ve aminoglikozid-modifiye edici enzim (AME) genlerinin belirlenmesi

    Prevalence of high level aminoglycoside resistant (HLAR) Enterococcus spp. in chicken meat and detection of their aminoglycoside-modifying enzyme (AME) genes

    MELTEM YALÇIN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Gıda MühendisliğiSüleyman Demirel Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASİN TUNCER

  3. Tez No

    558276

    İnvaziv örneklerden izole edilen klebsiella pneumoniae suşlarının aminoglikozid antibiyotiklere direncinin araştırılması

    A research of aminoglycoside antibiotics resistance on klebsiella pneumoniae strains isolated from invasive samples

    TUĞÇE PULAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    MikrobiyolojiMarmara Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURVER ÜLGER

  4. Tez No

    18612

    Aminoglikozid nefrotoksisitesinin erken tanısında idrar beta 2-mikroglobulin değerlerindeki artışın diagnostik önemi

    The Diagnostic value of increased levels of beta 2-microglobulin in early diagnosis of aminoglycosides-induced nephrotoxicity

    MAHMUT ŞAHİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    1990

    Eczacılık ve FarmakolojiAtatürk Üniversitesi

  5. Tez No

    714875

    Escherichia coli 'nin O25B -ST131 klonunun ve CTX-M-15 benzeri genişlemiş spektrumlu beta laktamazın PCR ile belirlenmesi

    Detection of O25B -ST131 clone of escherichia coli and CTX-M-15-like extended spectrum beta lactamase by PCR

    ÖZLEM GÜLLER

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    MikrobiyolojiÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AKGÜN YAMAN

Geri Dön