Parkinson hastalığına sahip bireylerde serum kökenli olası biyomarkerların LC-MS/MS kullanılarak incelenmesi ve tanımlanması
The investigation and identification of possible serum biomarkers in patients with Parkinson's disease via LC-MS/MS analysis
- Tez No: 389770
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. AHMET TARIK BAYKAL, YRD. DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Serum, LC-MS/MS, Parkinson Hastalığı, Serum, LC-MS/MS, Parkinson' s Disease
- Yıl: 2015
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 65
Özet
Amaç: Parkinson hastalarından alınan kan serumuörneklerinin, hastalığın tanısını kolaylaştıracak proteinlerin tanımlanması amacıyla, LC-MS/MS proteomik yöntemi kullanılarak incelenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: parkin geni mutasyonlarına sahip Parkinson Hastaları ile sağlıklı bireylerden alınan serumlarda bulunan yüksek miktardaki proteinler afinite kolon yardımıyla uzaklaştırıldı. Protein ekstraksiyonu sonrasında elde edilen triptik peptitler, etiketsiz bottom-up ters faz LC-MS/MS proteomik yöntemi ile proteinlerin ekspresyon farklılıkları analizinde kullanıldı. Peptidlerin kantifikasyonu MS ile yapılırken, MS/MS ile fragmentlerine kadar parçalanmasına izin verilerek aminoasit dizileri tanımlandı. Bulgular: İstatiksel olarak ekspresyon farklılıkları anlamlı olan 97 farklı protein tanımlandı ve proteinlerin serum içindeki miktarları ölçüldü.Progenesis yazılımında tanımlanan proteinlerdeki ekspresyon farklılıkları IMPaLA yolak analizi ile değerlendirildi. Sonuç: Serum biyomarker kaynağı olarak kullanılan bir biyolojik sıvıdır. HPLC serumda fazla miktarda bulunan proteinlerin uzaklaştırılması için, LC-MS/MS ise protein ekspresyon değişimlerini göstermek için kullanılacak yöntemlerin başında gelmektedir. Bulduğumuz proteinlerin yalnızca 11 tanesinin daha önce literatürde Parkinson hastalığı ile ilişkisi olduğu saptanmıştır. Geriye kalan 86 proteininPH ile bağlantısı olabilir ve olası biyomarker olarak değerlendirilebilir.
Özet (Çeviri)
Aim: In order to facilitate the diagnosis of the Parkinson's Disease, investigation of the blood serum samples of Parkinson Disease patients by using LC-MS/MS as a proteomic research tool was aimed. Yöntem: High –abundant serum proteins were immunodepleted from serum samples which were obtained from healthy people and Parkinson patients who carry mutations on their parkin gene with affinity colon. The tryptic peptides that were obtained from protein extraction were used in protein expression analysis by using Label-free bottom-up RP LC-MS/MS method. The quantification of the peptides was carried out by MS analysis and the identification of their aminoacid sequences was achieved by MS/MS analysis. Findings: It was observed that statistically meaningfull expression difference in 97 different proteins and amount of them in the serum samples were quantified.Thedifferencesinproteinexpressiondefined inProgenesissoftwarewas evaluated byImpalapathwayanalysis. Results: Serum is a biological fluid that used as a biomarker source. HPLC is a commonly used to remove the high-abundant proteins in the serum while the protein expression difference can be observed by performing LC-MS/MS analysis. The associations of 11 proteins which in the differently expressed 97 proteins that we analyzed with Parkinson Disease. The other 86 ones may also be associated with the disease and they are candidate biomarkers.
Benzer Tezler
- Mental ve nörodejeneratif hastalıklarda amino asit profillerinin değerlendirilmesi
Evaluation of amino acid profiles in mental and neurodegenerative disorders
SEVGİNUR AKDAŞ
Doktora
Türkçe
2024
Beslenme ve DiyetetikAnkara ÜniversitesiDisiplinlerarası Gıda Metabolizma ve Klinik Beslenme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURAY YAZIHAN
- Parkinson hastalığında serum total ve lipide bağlı sialik asit düzeylerinin araştırılması
Determination of serum total and lipid bound sialic acid levels in parkinson's disease
RAHŞAN ADVİYE ŞAHİN ÇİFTÇİ
- Parkinson hastalığında oksidatif stres ve melatonin düzeyleri
In Parkinson's disease oxidative stress and melatonin levels
GÜLCAN HASKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
BiyokimyaKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA İNANÇ TOLUN
- Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study
Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma
DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH
Doktora
İngilizce
2023
BiyokimyaSüleyman Demirel ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU
- Parkinson hastalığına sahip bireylerde servikal stabilizasyon egzersizlerinin ve servikal bölgeye vibrasyon uygulamasının motor semptomlar ve duyu profili üzerindeki etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects of cervical stabilization exercises and vibration application to the cervical region on motor symptoms and sensory profile in individuals with Parkinson's Disease
EMİNE NUR DEMİRCAN
Doktora
Türkçe
2024
Fizyoterapi ve RehabilitasyonHacettepe ÜniversitesiNörolojik Fizyoterapi Ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEZİRE KÖSE