Transcriptional changes in Escherichia coli upon treatment with (-)-roemerine
(-)-roemerin muamelesi altındaki Escherichia coli'de transkripsiyonel değişimler
- Tez No: 432959
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BERNA SARIYAR AKBULUT, PROF. DR. BÜLENT MERTOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2016
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Marmara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 98
Özet
1928'de Fleming tarafından ilk antibiyotik olan Penisilin'in keşfedilmesinden sonra, bakteriyel direnç mekanizmalarındaki hızlı artış sebebiyle yeni etki mekanizmalarına sahip antibakteriyellerin geliştirilmesi önemli bir süreç haline gelmiştir. Bu bağlamda, yeni antibakteriyel ajanların araştırılmasında doğal kaynak olan bitkiler dikkatleri üzerlerine çekmektedir. Bu doğrultuda, mevcut çalışmada, bitki kökenli bir alkaloit olan (-)-roemerin'in Escherichia coli TB1 hücreleri üzerindeki antibakteriyel etkisi transkriptom düzeyinde incelenmiştir. E. coli TB1 hücrelerindeki transkripsiyonel değişimler, 1 saat boyunca 1xMİK (Minimum inhibitör Konsantrasyonu) (100 g/ml) (-)-roemerin'e maruz bırakıldıktan sonra incelenmiştir. Karşılaştırma amacı ile ilaç ile muameleden hemen sonra (0. dakikada) ve muameleden bir saat sonra (60. dakikada) alınan ilaçlı (R0 ve R60) ve kontrol (D0 ve D60) hücre örneklerinden elde edilen toplam RNA kullanılmıştır. İzole edilen RNA örnekleri hem mikroarray için hem de kantitatif gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) ile validasyon için kullanılmıştır. 60 dakikalık ilaç muamelesi sonrasında bakterinin tepkisi transkiptom seviyesinde önemli değişiklikler olduğunu göstermiştir. İlacın etkisinin net olarak görüldüğü D60-R60 grubunda 213 gende (p değeri
Özet (Çeviri)
The development of antibacterials with novel action mechanisms has become a challenging task due to the rapid increase in the bacterial resistance mechanisms since the introduction of the first antibiotic, penicillin, by Fleming in 1928. In this sense, plants have drawn attention as natural sources in the search for new antibacterials. Thus, in the current study, the antibacterial mechanism of the plant derived alkaloid (-)- roemerine against Escherichia coli TB1 cells were investigated on a transcriptomic level. Transcriptional changes in E. coli TB1 cells were investigated upon one hour treatment with 1xMIC (minimum inhibitory concentration) (100 g/ml) (-)-roemerine. Total RNA extracts of cell samples taken just after treatment (0 min) and one hour after treatment (60 min) from drug treated (defined as R0 and R60) and control cells (defined as D0 and D60) were comparatively analyzed. The RNA samples were used for both microarray analysis and quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction validation. The response to treatment after 60 min pointed out significant alterations on the transcriptome level. 213 of the altered genes (p-value
Benzer Tezler
- Synthetic genetic circuits to monitor nanomaterial triggered toxicity
Nanomalzeme kaynaklı toksisitenin gözlemlenmesi için tasarlanan sentetik gen devreleri
BEHİDE SALTEPE
Doktora
İngilizce
2020
Biyomühendislikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMalzeme Bilimi ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ URARTU ÖZGÜR ŞAFAK ŞEKER
- A fuzzy logic approach for regulation in flux balance analysis
Akı denge analizi içerisindeki düzenleme için fuzzy lojik yaklaşımı
ARİS TEPELİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2006
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. AMABLE HORTAÇSU
- Bazik aminoasit türevlerinin transaktivatör transkripsiyon aktivitesi üzerine etkilerinin araştırılması
Study of basic aminoacide derivatives that may effect tat transcription activity
ESRA CAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyokimyaErciyes ÜniversitesiEczacılık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLHAN DEMİRHAN
- Madde bağımlılığında rol oynayan fos ailesi transkripsiyon faktörlerinin dna aptamerleri ile hedeflenmesi
Targeting of fos family transcription factors playing role in drug addiction with dna aptamers
ÖZGE UĞURLU
- Studies on the genome-wide localization of stpa and h-ns in escherichia coli using chip-chip analysis
Chip-chip analizi kullanılarak escherichia coli'de stpa ve h-ns'nin genom düzeyinde lokalizasyonu üzerine çalışmalar
EBRU UYAR
Doktora
İngilizce
2009
BiyolojiNara Institute of Science and TechnologyBiyolojik Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NAOTAKE OGASAWARA