Ekstraintestinel enfeksiyonlardan izole edilen ve virulans faktörleri tanımlanan E.coli suşlarının filogenetik ilişkilerinin tespitinde rapd yönteminin önemi
Significance of rapd method for the detection of filogenetic relation between virulance factors identified E.coli strains isolated from extraintestinal infections
- Tez No: 445382
- Danışmanlar: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon Hastalıkları, Clinical Microbiology and Infectious Diseases
- Anahtar Kelimeler: ExPEC, CDT, CNF, PFGE ve RAPD
- Yıl: 2016
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 75
Özet
İntestinal ekosistemin kommensal üyesi olmakla birlikte her türlü çevre şartına karşı yüksek rekombinasyon-mutasyon yeteneği ile büyük bir uyum gösteren E. coli suşları, yüksek GC oranına sahip olmakla birlikte ilginç şekilde genomik plastisite özelliğine sahiptir. Diğer taraftan bu özelliklerinin yanı sıra klasik besiyerlerinde hızlı üreme yeteneğini koruyan E. coli, prokaryotlardaki spontan DNA transfer olaylarının açıklanması için iyi bir modeldir. Genomda kodlanan yapısal genlerin yanı sıra, patojenite adaları (PI), plazmidler, bakteriyofajlar ve transpozonlar gibi mobil genetik elemanlarda kodlanan, esasen mikroorganizmaların içinde bulundukları mikro çevre şartlarına uyum sağlamasında rol oynayan ancak bazen mikroorganizmaya farklı virülans özellikler de kazandıran proteinlerin kodlandığı, genlerin transferi ile kendilerinde olmayan yeni virülans özellikler de kazanabilirler. İntestinal kaynaklı ExPEC suşlarının özel genotiplerin mutasyonu sonucumu oluştuğu yoksa rastgele mutasyonlarınmı ExPEC suşlarını oluşturduklarının bilinmesi bu suşların toplumdaki hareketlerinin izlenmesi ve enfeksiyon kontrol protokollerinin oluşturulabilmesine imkan sağlayacaktır. Bu amaçla yapılacak epidemiyolojik sürveyans da klinik ile ilişkisine dayalı patotipleme, fizyolojik özellikler, (MLEE) veya antibiyotik duyarlılık kalıplarının tespiti gibi düşük ayırım gücüne sahip fenotipik yöntemlerin yerine veya yanında genomdaki spesifik dizileri tanıyan nükleik asit amplifikasyon bazlı ve/veya restriksiyon enzimlerinin de kullanıldığı, filotipleme, PCR, PCR-RFLP, PFGE ve (MLST) gibi sekanslama yöntemlerine ihtiyaç bulunmaktadır. Bu çalışmada extra intestinal sistemden izole edilen ve bazı virülans genleri gösterilmiş ExPEC izolatlarının muhtemel klonal ilişkilerini tespit amacı ile, üç farklı kısa oligonükleotid dizisinin kullanıldığı RAPD ve XbaI-PFGE yöntemlerinin ayırım güçlerini tespiti amaçladık. Çalışmada farklı klinik örneklerden izole edilen 155 ExPEC suşu kullanılmıştır.
Özet (Çeviri)
The importance of RAPD method in the investigation of filogenetic relation of E.coli strains isolated from Extraintestinal infections and virulence factors of which are determined. E. coli strains which are the commensal members of intestinal ecosystem and which are adapted to any environmental condition due to its great recombination mutation ability have not only high potential of GC but also an interesting genomic plasticity feature. In addition to these features, E. coli which can rapidly grow in classic medium is a good model accounting for DNA transfer cases. In fact, they may gain new virulence features which do no exist in them with the gene transfer in which proteins playing a role in the adaption of microorganism to any micro environment, yet providing microorganism with different virulence are coded. Whether intestinal ExPEC strains are developed as a result of special genotype mutation or random mutation developed ExPEC strains is of great importance for the tracking the signs of these strains in the society and for the infections control protocols. Thus instead of together of with fenotypic methods which have a low level of differenciation such as clinical patotypes, physiological features multilocus enzyme electrophoresis phylotypic, such methods as PCR, PCR-RFLP, PFGE and Multilocus Sequence Typing (MLST) sequencing which are based on nucleic acid amplification and can determine specific sequence and/or in which restriction enzymes are used are needed. In this study; We aimed at investigating the determination power of RAPD and XbaI-PFGE in which three different short oligonucleotide sequences were used in order to determine the possible clonal relation ExPEC isoates some virulence genes of which were shown in the the strains isolated from extra intestinal system. In the study, 155 ExPEC strains isolated from various clinical samples were used. Key words ExPEC, CDT, CNF, PFGE and RAPD
Benzer Tezler
- Ekstraintestinal enfeksiyonlardan izole edilen Escherichia coli (ExPEC) suşlarında cytotoxic necrotizing factor (CNF-1, CNF-2, CNF-3) ve cytolethal distending toxin (CDT-1, CDT-2, CDT-3, CDT4) dağılımı ve filogenetik ilişkilerinin PFGE ile tespiti
The distribution of cytotoxic necrotizing factors (CNF-1, CNF-2, CNF-3) and cytolethal distending toxins (CDT-1, CDT-2, CDT-3, CDT4) in Escherichia coli strains isolated from extraitestinal infections and determination of their philogenetic relationship by PFGE
CANSU ÖNLEN GÜNERİ
Doktora
Türkçe
2017
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATİH KÖKSAL
- Kan ve idrar örneklerinden izole edilen escherichia coli izolatlarında virülans genlerinin araştırılması
Investigation of virulence genes in escherichia coli isolated from blood and urine samples isolates
LAMAN HASANLI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
MikrobiyolojiSelçuk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE TÜRK DAĞI
- Determination of some virulence genes and antibiotic resistance profiles of Klebsiella pneumoniae strains of cats and dogs origin
Kedi ve köpek kökenli Klebsiella pneumonıae suşlarının virülens genlerinin ve antibiyotik direnç profilinin belirlenmesi
ANWAR OMER ELFAROUG ELHASSAN AHMED ANWAR OMER ELFAROUG ELHASSAN AHMED
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
MikrobiyolojiOndokuz Mayıs ÜniversitesiMikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU FINDIK
- Kinolon dirençli ve duyarlı klinik escherichia coli suşları arasındaki virülans gen oranlarının kıyaslanması
Comparison of virulance gene ratios between quinolone-resistant and susceptible clinical escherichia coli strains
MUSTAFA ÖZCAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. OSMAN BİROL ÖZGÜMÜŞ
- Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten ve üretmeyen ekstra intestinal patojenik escherichia coli suşlarında moleküler karakterizasyonu, fimh genotiplemesi ve filogenetik gruplaması
Molecular characterization, fimh genotyping and phylogenetic grouping of extend spectrum beta lactamase (ESBL) producing and non producing extra intestinal pathogenic escherichia coli (expec)
AEVAR ASHRAF KHORSHED KHORSHED