Geri Dön

Ekstraintestinal enfeksiyonlardan izole edilen Escherichia coli (ExPEC) suşlarında cytotoxic necrotizing factor (CNF-1, CNF-2, CNF-3) ve cytolethal distending toxin (CDT-1, CDT-2, CDT-3, CDT4) dağılımı ve filogenetik ilişkilerinin PFGE ile tespiti

The distribution of cytotoxic necrotizing factors (CNF-1, CNF-2, CNF-3) and cytolethal distending toxins (CDT-1, CDT-2, CDT-3, CDT4) in Escherichia coli strains isolated from extraitestinal infections and determination of their philogenetic relationship by PFGE

PDF İndir

  1. Tez No: 461142
  2. Yazar: CANSU ÖNLEN GÜNERİ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. FATİH KÖKSAL
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2017
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Çukurova Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 97

Özet

Escherichia coli'de (E.coli) ekstraintestinal enfeksiyon tanı markırları hala belirsizliği korumaktadır. Ekstraintestinal patojenik E.coli'yi (ExPEC) diğer E.coli suşlarından farklı kılan virülans faktörleri konak hücreye adezyon, invazyon ve hücre ölümünden sorumlu olan iki önemli faktör/toksin: Cytotoxic Necrotizing Factor (CNF) ve Cytolethal Distending Toxin'dir. Bu çalışmada, intestinal sistem dışındaki enfeksiyon odaklarından izole edilen 645 E. coli suşunda CNF-CDT genotip prevelansları araştırıldı. Bu prevalans, örneklerin klinik kökenleri, filogrupları ve filogenetik ilişkileri ile analiz edildi. Analiz edilen 645 E. coli suşunda ExPEC için tanımlanan virülans genlerinden (CNF1-3/CDT1-4) en az birini taşıyan 156 suş bulundu. Sırasıyla; ExPEC suşlarının 81, 20 ve 18'i cnf1, cnf2, cnf3; 20, 4, 4 ve 4'ü cdt1, cdt2, cdt3, cdt4 içermekteydi. İkili kombinler ise cnf1-cnf3(n=6), cnf1-cdt1(n=6), cdt1-cdt4(n=6) olarak tespit edildi. Bu 156 suşun PFGE ile 106 büyük küme içerisinde dağıldıkları bulundu. Virülan ExPEC suşlarının öncelikli olarak filogrup B2 (%60,8) ve D (%30,7) ile ilişkili olduğu bulundu. CNF gen ailesinin özellikle üriner sistemde E. coli kolonizasyonunu arttırdığı ve E. coli gen havuzundaki bu genler ile, insan idrar yolu gibi yeni ortamlarda hayatta kalma yeteneği kazandığı kanaatine varıldı. E. coli'de CNF geninin yaygın difüzyonu, kommensal suşlardan ExPEC'i ayırmaya yardımcı olabileceği ve bu genlerin, non-kommensal E. coli için spesifik bir marker olabileceği düşünüldü. Evrim açısından farklı E. coli suşlarının delesyon, rekombinasyon mutasyonları sonucunda farklı virülans genlerini kazanarak ExPEC özelliği kazandığı ve bu suşların neden olduğu enfeksiyonların, hastane kaynaklı olmaktan çok toplum kökenli olduğu sonucuna varıldı.

Özet (Çeviri)

Determinants of extraintestinal infection in Escherichia coli remain unclear. Virulence factors making Extraintestinal pathogenic E.coli (ExPEC) different from other E.coli strains are the host cell adhesion, invasion, and two important factors/toxin, Cytotoxic Necrotizing Factor (CNF) and Cytolethal Distending Toxin (CDT) that are responsible for cell death. In the present study, CNF-CDT genotypes prevalences were investigated in 645 E. coli strains isolated from patients. This prevalences was analyzed with clinical origins, phylogroups and putative phylogenetic relationships. At least one virulence gene identified for ExPEC was found in 156 (20.7%) of 645 E. coli strains. Respectivly; 81, 20, 18 of ExPEC strains contained cnf1, cnf2, cnf3. Genes cdt1, cdt2, cdt3, cdt4 were detected 20, 4, 4, 4. At last two factors were detected cnf1-cnf3(n=6), cnf1-cdt1(n=6), cdt1-cdt3 (n=4). These 156 strains were found to be distributed in 106 large clusters by PFGE. Virulent ExPEC primarily related to groups B2 (60,8%) and D (30,7%). The CNF gene family is believed to enhance colonization of E. coli especially in the urinary system and these genes of the E. coli gene pool are gained in the ability to survive in new environment, such as the human urinary tract. The widespread diffusion of the CNF gene in E. coli help to distinguish ExPEC from commensal strains and these genes may be use spesific marker for noncommensal E. coli. Different strains of E. coli in terms of evolution have led to conclusion that have acquired ExPEC properties by acquiring different virulence genes resulting in deletion, recombination mutations and It is thought that infections caused by these strains was more likely community-acquired rather than hospital-acquired.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    453502

    Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üreten ve üretmeyen ekstra intestinal patojenik escherichia coli suşlarında moleküler karakterizasyonu, fimh genotiplemesi ve filogenetik gruplaması

    Molecular characterization, fimh genotyping and phylogenetic grouping of extend spectrum beta lactamase (ESBL) producing and non producing extra intestinal pathogenic escherichia coli (expec)

    AEVAR ASHRAF KHORSHED KHORSHED

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMİNE ARSLAN

  2. Tez No

    648390

    Kan ve idrar örneklerinden izole edilen escherichia coli izolatlarında virülans genlerinin araştırılması

    Investigation of virulence genes in escherichia coli isolated from blood and urine samples isolates

    LAMAN HASANLI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    MikrobiyolojiSelçuk Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HATİCE TÜRK DAĞI

  3. Tez No

    803991

    Kinolon dirençli ve duyarlı klinik escherichia coli suşları arasındaki virülans gen oranlarının kıyaslanması

    Comparison of virulance gene ratios between quinolone-resistant and susceptible clinical escherichia coli strains

    MUSTAFA ÖZCAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiRecep Tayyip Erdoğan Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. OSMAN BİROL ÖZGÜMÜŞ

  4. Tez No

    445382

    Ekstraintestinel enfeksiyonlardan izole edilen ve virulans faktörleri tanımlanan E.coli suşlarının filogenetik ilişkilerinin tespitinde rapd yönteminin önemi

    Significance of rapd method for the detection of filogenetic relation between virulance factors identified E.coli strains isolated from extraintestinal infections

    BAŞAK BEDİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıÇukurova Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATİH KÖKSAL

  5. Tez No

    858632

    Determination of some virulence genes and antibiotic resistance profiles of Klebsiella pneumoniae strains of cats and dogs origin

    Kedi ve köpek kökenli Klebsiella pneumonıae suşlarının virülens genlerinin ve antibiyotik direnç profilinin belirlenmesi

    ANWAR OMER ELFAROUG ELHASSAN AHMED ANWAR OMER ELFAROUG ELHASSAN AHMED

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2024

    MikrobiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Mikrobiyoloji (Veterinerlik) Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ARZU FINDIK

Geri Dön