Süleymaniye (Irak) topraklarından streptomyces bakterılerının izolasyonu, teşhisi ve molecüler karakterisazyonu
Selective isolation, identification and molecular characterization of streptomyces species from soil of Sulaimani province, north of Iraq
- Tez No: 453687
- Danışmanlar: PROF. DR. EKREM ATALAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Streptomyces, 16S rDNA, Süleymaniye, Streptomyces, 16S rDNA, Sulaimani
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Bingöl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 137
Özet
Bu çalışmada, Irak'ın Süleymaniye vilayetinin Pshdar ve Ranye bölgesinde toplanan 32 toprak numunesinden actinomycetes cinsleri ve Streptomyces cinsine ait bakteriler izole etmek amaçlandı. Başlangıçta toprak numunelerinin fizikokimyasal parametreleri ölçüldü ve ondan sonra Streptomyces suşlarını izole etmek için içerisine cycloheximide ve nystatine içeren nişasta-kazein agar ve yine içerisine cycloheximide, nystatine ve novobiocin antibiyotikleri eklenmiş raffinoz-histidin agar içeren petri kutularına ekim yapıldı. Toprak numunelerinde izole edilen toplam 164 Streptomyces suşu oatmeal agar besiyerinde havasal ve substrat miselyum spor renkleri, diffüziye pigment rengi ve ayrıca pepton-yeast agar besi ortamında melanın pigment üretimi dikate alınarak gruplandırdı. Renk gruplarını temsilen seçilen 20 test suşu 40 diagnostik teste tabi tutuldu ve sonuçlar numerik analizi yapıldı ve test suşları 10 gruba ayrıldı. Renk grupları ile numerik analiz gruplarının içerdiği suşlar genelde uygunluk gösterdi. Bilgisayara dayalı renk gruplandırma analizleri hem ekolojik hemde biyolojik ürün araştırmalarında ön çalışma olarak önemlidir. Test suşlarının filogenetik analizleri için 20'inin 16S rDNA genleri DNA ekstraksiyonundan sonra evrensel primerler kullanılarak 16S rDNA genleri çoğaltıldı ve 18'inin nükleotid zinciri belirlendi. Bu 18 suşun 16S rDNA genleri filogenetik analizi yapıldı ve 11'i Streptomyces türü olaral teşhis edilirken 3'ü Amycolatopsis umgeniensis UM16 ve Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322. türü olarak teşhis edildi. 3'ü ise Nocardia ignorata DSM 44496 ve Nocardia rhamnosiphila NRRL B-24637 ve 1'i Lentzea flaviverrucosa AS4.0578 türü olarak teşhis edildi. 11 Streptomyces türlerinden 4'ü S. Anulatus, 4'ü S. fulvissimus, 2'si S. lateritius LMG 19372 ve 1'i S. atrovirens türü olarak teşhis edildi. 16S rDNA genlerinin analiz sonucu oluşan dendogramdaki gruplar ile renk gruplandırması arasında korelasyon görüldü. Yine filogenetik analiz sonucu oluşan dendogramdan seçilen 4 suşun tüm hücre şeker analizi ve diaminopimelik asit (DAP) gibi kemotaksonomik sonuçları numerik analiz ve filogenetik analiz sonuçları uygunluk gösterdi ve önceki sonuçları destekledi. Bu veriler K02008 (13K) and K20134 (4K) suşunun Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322xiii %99,15 oranında benzerlik gösterdiğinden yeni tür olarak kabul edimesi gerekir. Fakat DNA-DNA hibdridisazyon çalışması en yakın tip suşla yapılması gerekir. Yine kemotaksonomik çalışmalar için filogenetik analiz sonucu 4 test suşu seçildi, şeker analizi ve diaminopimelik asit (DAP) analizi yapıldı. Sonuçlar numerik ve filogenetik analiz sonuçlari ile uyum gösterdi ve önceki çalışmalar ile desteklendi. Verilerimiz K02008 (13K) ve K20134 (4K) Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322. türüne % 99.15 benzerliğinden dolayı yeni tür olabilir. Yine K18126 (6K) ve K21147 (16K) suşlarıda Lentzea flaviverrucosa AS40578 ile %99.15 benzerliğinden dolayı yeni tür olması muhtemeldir. Bunun ile birlikte bütün izole edilen türlerin yeni tür olduğunu ispatlamak için en yakın tip suşu ile DNA-DNA hibridizasyon çalışması yapılması gerekir.
Özet (Çeviri)
In this study, a total 32 soil samples collected from Pshdar and Ranya sites which are districts in Sulaimani governorate, Kurdistan Region of Iraq. The samples were subject to isolation of actinomycetes genera and streptomyces bacteria. Initially, physicochemical parameters of soil samples were measured and then selective media raffinose-histidine agar supplemented with cycloheximide and nystatin, and starch-casein agar plates supplemented with same antifungal antibiotics and novobiocin, were used to isolate Streptomyces strains from soil samples. In total, 164 streptomycetes were isolated from the soil samples and were de-replicated manually based on: aerial spore mass, colony reverse and diffusible pigment colours formed on oatmeal agar, and their capacity to produce melanin pigments on peptone yeast extract iron agar. Using numerical analysis method, 40 diagnostic tests were carried out on 20 representative test strains of the colour groups; the samples were assigned into 10 clusters. In general, the clusters of isolates delineated in the dendrogram generated using the distances were found to match those obtained by manual colour-grouping of the isolates. The implications of the computer-assisted colour-grouping method for ecological studies are important. For phylogenetic analysis, 16S rDNA genes of 20 test strains were amplified with 2 universal primers after extraction of genomic DNA and then sequenced; however, only 18 of them were successfully sequenced. These representative 18 test strains were subject to phylogenetic analysis of DNA sequence of 16S rDNA and 11 out of 18 test strains were identified as Streptomyces species while 3 of them identified as Amycolatopsis species; they were Amycolatopsis umgeniensis UM16 and Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322. Two test strains were identified as Nocardia species and they were Nocardia ignorata DSM 44496 and Nocardia rhamnosiphila NRRL B-24637. The other two test strains were identified as Lentzea flaviverrucosa AS4.0578 species. Out of the 11 strptomyces; 4 were S. anulatus, 4 were S. fulvissimus, 2 were S. lateritius, and 1 was S. atrovirens. A reasonable linear correlation was found between the colour-group, and corresponding dendogram that was generated after analysis of base sequence of 16S rDNA genes. Also, chemotaxonomic studies, sugar analysis and diaminopimelic acid (DAP) analysis, on 4 test strains of representatives from phylogenetic dendogram were more or less in agreement with the result of phylogenetic analysis and numerical analysis of test strains, and these are supported by previous studies. The data indicates that the K02008 (13K) and K20134 (4K) which were isolated should be recognized as new species in the genus Amycolatopsis, because they are 99,15% similar to Amycolatopsis xuchangensis CFH S0322(T). Also, K18126 (6K), and K21147 (16K) that were isolated should be recognized as new species in the genus Lentzea, since they are 99,15% similar to Lentzea flaviverrucosa AS4.0578(T). However, all these new isolated species mentioned should be further studies using DNA-DNA hybridization of the strains with nearest type strain.
Benzer Tezler
- Amerika Birleşik Devletlerinin Irak politikası bağlamında Türkiye ile ilişkileri (1990-2006)
U.S.A.?s relations with Turkey in context Iraq Policy of U.S.A.
YASİN USTA
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
Uluslararası İlişkilerTrakya ÜniversitesiUluslararası İlişkiler Bölümü
PROF. DR. SİBEL TURAN
- تخريب الآثار التأريخية والبيئية في شمال العراق بين سنة1921-1991
1921- 1991 yıllarında Kuzey Irakın doğal çevre ve tarihî eserlerinin tahribi
AHMED MOHAMMED MAWLOOD SYAN
Yüksek Lisans
Arapça
2017
Kamu YönetimiYüzüncü Yıl ÜniversitesiTarih Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RAHMİ TEKİN
- Heavy metal pollution in North Iraq soils caused by industry
Kuzey Irak topraklarında endüstriden kaynaklanan ağır metal kirliliği
ARAM NAJAT AHMED
- The Kurdish tribes in the Ottoman-Iranian relations (1876-1914)
Osmanlı-İran ilişkilerinde Kürt aşiretleri (1876-1914)
SAMAN FATAH
- Irak hükûmetlerinin Türkmen politikası ve Musul'dan Türkiye'ye yapılan göçler (1958 - 1993)
The Turcoman policy of Iraq goverments and immigration from Musul to Turkiye (1958 - 1993)
BİLGE YASEMİN ALABAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
TarihErciyes ÜniversitesiAtatürk İlkeleri ve İnkılap Tarihi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. REMZİ KILIÇ
