Nonalkolik steatohepatitis (nash) hastalığında rol oynayan genlerin araştırılması

The investigation of the genes involved in non-alcoholic steatohepatitis (nash)

Tez No: 464759
Yazar: EYLÜL ECE İŞLEK
Danışmanlar: PROF. DR. ALİ SAZCI
Tez Türü: Yüksek Lisans
Konular: Genetik, Genetics
Anahtar Kelimeler: Non-alkolik yağlı karaciğer hastalığı, Non-alkolik steatohepatitis, PNPLA3, LCN-2, Polimorfizm, Bağlantı, Non-alcoholic fatty liver disease, Non-alcoholic steatohepatitis, PNPLA3, LCN-2, Polymorphism, Association
Yıl: 2014
Dil: Türkçe
Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
Bilim Dalı: Genetik Bilim Dalı
Sayfa Sayısı: 84

Özet

Non-alkolik yağlı karaciğer hastalığının (NAYKH, NAFLD) en şiddetli ve progresif formu olan Non-alkolik steatohepatitis (NASH); dünya genelinde %1-3 arasında seyretmektedir. NASH'te normal steatozun (yağlanma) yanı sıra; inflamasyon, fibrozis, Mallory-Denk cisimcikleri ve hepatosellüler balonlaşma gözlemlenerek siroz ya da hepatosellüler karsinoma (HSK) progresyon görülebilir. Bilinen pek çok patojenik mekanizmaların yanı sıra çevresel, epigenetik ve genetik faktörler de NASH'ın oluşum mekanizmaları arasında rol oynamaktadır. Bu çalışmada genetik faktörlerin rolünün araştırılması hedeflenmiş olup; biri 'doğrulayıcı' diğeri ise 'aday' formda olmak üzere iki gen seçilmiştir. Doğrulayıcı gen olan PNPLA3 genin rs738407, rs738409, rs2896019 polimorfizmlerinin NASH'ın etiyolojisi ile ilgili olup olmadıkları araştırılmıştır. PNPLA3 gen rs738407, rs738409, rs2896019 polimorfizmlerinin NASH ile ilişki gösterdiği tespit edilmiştir (χ2=13.193, P=0.001; χ2=18.225, P=0.000; χ2=6.144, P=0.046 sırasıyla). Cinsiyete göre yapılan analizlerde de bu ilgili polimorfizmlerle NASH arasında ilişki saptanmıştır. Bu polimorfizmlerden rs738409 varyantı bir nonsynonymous (I148M) değişiklik olup; 'loss of function' etkisi yaratmaktadır. Diğer polimorfizmler rs738407 ve rs2896019 intronlarda bulunarak, gen ekspresyon regülasyonu üzerinde etkili olabilecekleri düşünülmektedir. Diğer çalışılan gen 'aday' nitelikte olan LCN-2 (Lipocalin-2) genidir. Bu genin çalışılma nedeni; hepatosellüler koruyucu ve anti-inflamatuar etkiye sahip olmasından kaynaklanmaktadır. LCN-2 geninin SNP veritabanında belirtilmiş on beş adet nonsynonymous SNP'si bulunmaktadır. Bunların arasından PCR-RFLP'ye uygun olan beş tanesi çalışılmıştır (rs139418967, rs147787222, rs140285982, rs147792047 ve rs141366243). Bunların içerisinde yalnız LCN-2 gen rs139418967, rs147787222 polimorfizmleri 'SNP' özelliğinde olup; rs139418967 anlamlı, rs147787222 ise anlamsız sonuç vermiştir. Diğer SNP'lerin bizim populasyonumuzda 'SNP' özelliğini kazanmadıkları anlaşılmıştır. Sonuç olarak, PNPLA3 gen rs738407, rs738409, rs2896019 polimorfizmlerinin NASH ile ilişkisi bizim populasyonumuz açısından ilk defa ve bu polimorfizmlerin populasyona bağlı olmaksızın NASH ile ilgileri gösterilmiştir. Ayrıca, LCN-2 geninde çalışılan beş polimorfizmlerinin yalnız iki tanesinin bizim populasyonumuzda 'SNP' özelliği taşıdığı tespit edilmiştir. Bu polimorfizmler (rs139418967, rs147787222) dünyada ilk defa bizim tarafımızdan çalışılarak bilim literatürüne kazandırılmıştır. Bu çalışmada çalışılan tüm SNP'ler için PCR-RFLP yöntemi ilk defa bizim tarafımızdan geliştirilmiştir. Bu çalışmada çalışılan her iki genin NASH ile olan ilişkisi gösterilmiştir.

Özet (Çeviri)

Non-Alcoholic Steatohepatitis (NASH) whose prevalence varies between 1-3% worldwide is the severe and progressive form of Non-Alcoholic Fatty Liver Disease (NAFLD). There are some distinct differences like inflammation, fibrosis, Mallory-Denk bodies and hepatocellular ballooning between NASH and simple steatosis. NASH can further progress to cirrhosis and/or hepatocellular carcinoma (HSC). Besides the well-known pathogenic mechanisms, environmental, epigenetic and genetic factors also influence the pathogenesis of NASH. The purpose of this study is to find out what role the genetic factors may play in the in NASH pathogenesis. For that purpose, two genes were selected to study. First, PNPLA3 (Patatin-like phospholipase domain-containing protein 3) gene was designated as a confirmatory and then, PNPLA3 gene rs738407, rs738409 and rs2896019 polymorphisms were examined whether they were associated with NASH. The PNPLA3 gene rs738407, rs738409 and rs2896019 polymorphisms showed differential associations with NASH (χ2=13.193, P=0.001; χ2=18.225, P=0.000; χ2=6.144, P=0.046, respectively) in overall NASH patients, controls and genders. The PNPLA3 gene rs738409 polymorphism, I148M, is a nonsynonymous substitution which leads to 'loss of function'. Conversely, PNPLA3 gene rs738407 and rs2896019 polymorphisms are located in the intron and may control the regulation of PNPLA3 gene expression. Second, LCN-2 (Lipocalin-2) gene, which seems to be a candidate gene in this study, has a hepatocellular protective and anti-inflammatory properties. It can be said that there are fifteen nonsynonymous SNPs of LCN-2 gene according to the SNP database and only five of them (rs139418967, rs147787222, rs140285982, rs147792047 and rs141366243) were selected to study by the PCR-RFLP methods developed in this study. Among the LCN-2 selected gene variants, only the rs139418967 and rs147787222 polymorphisms showed 'SNP' feature while others did not. In conclusion, we report for the first time differential association of PNPLA3 and LCN-2 selected gene variants with risk for NASH in overall subjects as well as genders on the genotype and allelic levels in the Turkish population. The LCN-2 gene rs139418967 and rs147787222 variants were studied for the first in Turkish population and worldwide. So was the PCR-RFLP methodology. The data obtained using three SNPs for the PNPLA3 gene were accepted for publication in Genetic Testing and Molecular Biomarkers.

Benzer Tezler

Tez No
308138
Nonalkolik steatohepatitli hastalarda karaciğerde endokannabinoid reseptör CB1 ve CB2 ekspresyonu ve metabolik sendromla ilişkisi
Patients with nonalcoholic steatohepatitis hepatic endocannabinoid CB1 and CB2 receptor expression and relationship with metobolic syndrome
AYÇA EROĞLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Gastroenteroloji Uludağ Üniversitesi
İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENVER DOLAR
Tez No
427259
Nonalkolik yağlı karaciğer hastalığında serum ürik asit düzeyleri ile yağlanma şiddeti, metabolik risk faktörleri ve fruktoz tüketimi arasındaki ilişkinin incelenmesi
The relationship between serum uric acid, the degree of fatty li̇ver disease, metabolic risk factors and the consumption of beverages with fructose in non alcoholic fatty liver disease
SEDA PIHTILI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2016
Gastroenteroloji Fırat Üniversitesi
İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM HALİL BAHÇECİOĞLU
Tez No
419776
Nonalkolik yağlı karaciğer hastalığında hemojuvelin ve hepsidinin önemi
The importance of hemojuvelin and hepcidin in nonalcoholic fatty liver disease
SALİH BOĞA
Tıpta Yan Dal Uzmanlık
Türkçe
2014
Gastroenteroloji Sağlık Bakanlığı
Gastroenteroloji Bilim Dalı
DOÇ. DR. CANAN ALATAŞ ALKIM
Tez No
451280
Nonalkolik yağlı karaciğer hastalarında serum sitokin düzeyleri
Serum cytokine levels in non-alcoholic fatty liver patients
HAKAN TÜRKÖN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2010
Biyokimya Sağlık Bakanlığı
Biyokimya ve Klinik Biyokimya Ana Bilim Dalı
DR. IŞIL ÇOKER
Tez No
698535
Makine öğrenmesi yöntemleri ile Karaciğer NASH hastalığının Belirlenmesi
Determination of Liver NASH disease by machine learning methods
FATEMEH GHADIRI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol İstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa
Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OĞUZHAN ÖZTAŞ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ABBAS ALI HUSSEINI

Geri Dön