Identification of long non-coding RNAs in Monilinia fructicola species
Monilinia fructicola patojeninde uzun kodlamayan RNA'ların tanımlanması
- Tez No: 933040
- Danışmanlar: PROF. DR. HİLAL ÖZKILINÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2024
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 40
Özet
Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar olarak kısaltılır), uzunluğu 200 nt'den yüksek olan RNA transkriptleridir. Transkripsiyonla etkileşimleri, cis ve trans veya antisens odaklı hedef genlerin transkripsiyonuna cis müdahalesinden, nükleozom yeniden konumlandırmasına, histon modifikasyonlarına veya kromatin yeniden modelleme faktörlerinin görevlendirilmesine, proteinler, DNA veya diğer RNA'larla trans etkileşimlerine kadar farklılık gösterir Bu tezde Monilinia fructicola'nın lncRNA profilleri ilk kez tanımlanmıştır. Seçilen izolatlar bu türün yüksek ve düşük virülanslı fenotipini temsil etmektedir; çeşitli biyoinformatik yöntemler kullanılarak lncRNA'lar transkriptom verilerinden tanımlanır ve lokasyonları genom üzerinde bulunur. Bu çalışmanın sonuçları düşük virülent (LV) izolatının yüksek virülent (HV) izolatından daha fazla lncRNA kodladığını göstermektedir. LV izolatında bulunan lncRNA'ların çoğu, çevresel baskılara karşı dirençte ve hücresel homeostaziste rol oynadığı gözlemlenmiştir. HV izolatı için tanımlanan LncRNA'ların, konakçı bileşiklerin metabolizmasında ve patogenezinde rol oynadığı bulunmuştur. Bu tez çalışması, M. fructicola patojenindeki uzun kodlamayan RNA'lara ve bu lncRNA'ların olası biyolojik işlevlerine dair büyük bir fikir vermektedir; bu, yeni hastalık yönetimi stratejileri geliştirmek için bir basamak taşı olarak kullanılabilir.
Özet (Çeviri)
Long non-coding RNAs (abbreviated as lncRNAs) are RNA transcripts that have length higher than 200 nt. They interact with the transcription differs from cis interference with the transcription of adjacent or overlapping sense or antisense-oriented target genes, to nucleosome repositioning, histone modifications, or the recruitment of chromatin remodeling factors, to trans interactions with proteins, DNA, or other RNAs, in some cases acting as a scaffold for the attachment of multiple factors. In this thesis, lncRNA profiles of Monilinia fructicola identified for the first time. Selected isolates represent high and low virulent phenotype of this specie, by using several bioinformatics methods, lncRNAs are found in transcriptome data and mapped to the genome. Results of this study indicate that low-virulent (LV) isolate encodes more lncRNAs than high virulent (HV) isolate. Most of the lncRNAs that LV isolate encoded to play part in the resistance to environmental pressures and cellular homeostasis. LncRNAs identified for the HV isolate found to play part in pathogenesis and metabolism of the host compounds. Identification and understanding the lncRNA functions in the pathogen can contribute to recognition of pathogens and the disease management strategies. This thesis study gives a huge insight into long non-coding RNAs and possible biological functions of these lncRNAs in the M. fructicola pathogen, which can be used as a step stone for developing new disease management strategies.
Benzer Tezler
- Identification of long non-coding RNAs overcoming tamoxifen resistance in estrogen receptor alpha positive breast cancer
Östrojen reseptörü alfa pozitif meme kanserinde tamoksifen direncini kıran uzun kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi
HİLAL BAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. ÖZGÜR ŞAHİN
- Kolon poliplerinde ve kolon adenokanserlerinde uzun kodlamayan RNA'ların ekspresyon düzeylerinin karşılaştırılması
Comparison of expression levels of long non-coding RNAs in colon polyps and colon adenocarcinomas
SAMET EBİNÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikSağlık Bilimleri ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESRA GÜZEL TANOĞLU
- Identification of long non-coding RNAs that regulates apoptosis in human
İnsanda apoptozu düzenleyen uzun kodlanmayan RNA'ların belirlenmesi
ULVİ AHMADOV
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL
- Identification of long non-coding RNAs that have potential to be novel diagnostic, prognostic biomarkers or therapeutic targets in mantle cell lymphoma through whole-transcriptome sequencing
Mantle hücreli lenfomalarda özgün tanı, prognoz belirteci veya tedavi hedefi olma potansiyeline sahip uzun kodlamayan RNA'ların tüm transkriptom dizi analizi yoluyla belirlenmesi
DENİZ KURŞUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CAN KÜÇÜK
- Investigation of long non-coding RNA and chromatin interactions in HeLa cells
HeLa hücrelerinde uzun kodlanmayan RNA ve kromatin etkileşimlerinin araştırılması
MELİS ATBİNEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BÜNYAMİN AKGÜL