Transcription factor CUX1-regulated gene expression in the developing cortex
Gelişen kortekste transkripsiyon faktörü CUX1'ın düzenlediği gen ifadeleri
- Tez No: 473051
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Nöroloji, Biology, Neurology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 130
Özet
Sinir sisteminde bulunan hücreler birbirinden çok farklı dendritik morfolojiler, akson bağlantıları, nörotransmiterler ve gen ifade modelleri taşırlar. Bu karmaşık sistemin oluşmasında çeşitli hücreler arası sinyal mekanizmaları, geçici olarak düzenlenen faktörler ve hücre içi bilgiler önemli rol oynar. Üst seviye duyusal, bilişsel ve motor fonksiyonları yöneten serebral korteks, altı fonksiyonel tabakadan oluşur. Belirli yazılım programları serebral sinir hücrelerinin pozisyonlanmasını ve hangi tabaka kimliklerini düzenlerler. Cux1 (Cux-like homeobox 1) geni, dendrit dallanmasını arttırarak ve sinaps gelişimini düzenleyerek korteksin II. ve III. tabakalarındaki nöronların farklılaşmasını ve fizyolojisini düzenleyen bir 'homeodomain' transkripsiyon faktörü kodlar. Bu gen ayrıca korpus kallozum akson siteminin oluşumunu da kontrol eder. CUX1 proteininin kortikal sinir hücrelerine kortikal tabaka kimliği kazandırabilmek için genom üzerindeki hangi genleri hedef aldığı ve onlara bağlandığı ile ilgili kapsamlı bir çalışma bulunmamaktadır. Şimdiye kadar bu transkripsiyon faktörünün hedef genlerini bulmayı amaçlayan çalışmalar nöron harici hücrelerde yapılmış in vitro deneyleri içerir. Bu çalışmada, embriyonik dönemdeki farelerin beyin serebral kortikal düzlem dokusunda CUX1 transkripsiyon faktörünün genom bazında bağlanma profilini ve direk hedef genlerini kromatin imünopresipitasyonunu takiben sekanslama yöntemini kullanarak belirledim. Sonuçlarım CUX1 proteininin glutamaterjik sinaps yolağındaki genlere direk olarak bağlanarak bu yolağın işlevini düzenlediğini gösterir. Ayrıca CUX1'ın korpus kallozum oluşumunu akson yönelimi yolağını düzenleyen bir gizi gene bağlanarak düzenlediğini işaret etmektedir
Özet (Çeviri)
Nervous system contains a large variety of cells with different dendritic morphologies, axonal connections, neurotransmitters and gene expression patterns. Diverse intercellular signaling mechanisms, temporally regulated factors and intrinsic cues play important roles in the generation of this complex system. The cerebral cortex, which instructs higher order sensory, cognitive and motor functions, is organized into six functional layers. Certain transcription programs intrinsically regulate the positioning and layer identity of cortical neurons. Cux1 (Cut-like homeobox 1) gene encodes a homeodomain transcription factor which regulates the differentiation and physiology of layer II-III cortical neurons by inducing dendritic branching, increasing the number and the density of dendritic spines and modulating synaptogenesis. It also regulates the formation of corpus callosum axon tract which facilitates the connection between two hemispheres. There is a lack of comprehensive data on the genome-wide targets of CUX1 through which it maintains layer identity in cortical neurons. Studies aimed to identify these gene targets are currently limited to in vitro experiments on non-neuronal cell lines. In this study, I have identified the genome-wide binding profiles and target genes of CUX1 homeodomain transcription factor by chromatin immunoprecipitation followed by sequencing (ChIP-Seq) experiment in the developing mouse cerebral cortex. My results revealed that CUX1 transcription factor regulates excitatory synapses by direct binding to a set of genes that regulate glutamatergic signaling. CUX1 also targets several genes regulating axon guidance, a portion of which are responsible for formation and regulation of corpus callosum axon tract.
Benzer Tezler
- Transcription factor-mediated gene regulation of chromosome 1q in breast cancer
Meme kanserinde kromozom 1q bölgesinin transkripsiyon faktörü aracılı gen regülasyonu
FERZAN BETÜL BERBER
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖZDE KORKMAZ
- The role of ETS proteins in Drosophila lineage formation
ETS proteinlerinin Drosophila soy oluşumundaki rolü
PINAR MUTLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. IŞIL KURNAZ
- Neurogenic transcription factor control of store-operated calcium entry in cortical neurons
Nörojenik yazılım faktörünün kortikal nöronlardaki depo-işletimli kalsiyum girişi üzerindeki kontrolü
GÖKHAN GÜNER
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. GÜLAYŞE İNCE DUNN
- Soya fasulyesinde (Glycine max (L.) Merrill) dreb transkripsiyon faktörü ve kuraklık stresi
Dreb transcription factor and drought stress in soybean (Glycine max (L.) Merrill)
ESRA EŞİYOK
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Biyoteknolojiİstanbul Kültür ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÇİMEN ATAK
- Investigation of micrornas that interact with the NFIX 3′untranslated region
NFIX 3'utr bölgesi ile etkileşen mikrornaların araştırılması
ECE ÇAĞDAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR