Molecular investigation of rare B-thalassemia mutations in Türkey: Application of non-isotopic diagnostic approaches and genomic squencing
Türkiye'de seyrek rastlanan B-talasemi mutasyonlarının moleküler düzeyde tanımlanması: Radyoaktivite içermeyen tanı yöntemlerinin ve dizi analizinin uygulanması
- Tez No: 47491
- Danışmanlar: PROF.DR. A. NAZLI BAŞAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 1995
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 124
Özet
VI ÖZET Son altı yılda p-talasemi üzerine yapılan kapsamlı analizler, Türkiye'de bu hastalığın moleküler düzeyde büyük çeşitlilik gösterdiğini ortaya çıkarmıştır. p-Talasemi Türkiye'de önemli bir sağlık sorunu oluşturmaktadır. Dünyadaki sıklığı yüzde üç seviyesinde olan hastalık geninin Türkiye'de görülme sıklığı yüzde ikidir. Türkiye'deki doğum oranının yüksek olması (36: 1000), hasta sayısının artmasında önemli bir etken oluşturmakta, akraba evliliklerinin sıklığı (yüzde 21), hasta çocuk sayısını beklenen miktarın iki katma yükseltmektedir. Klinik açıdan fi-talaseminin en önemli nedenini |3-globin zincirinin sentezi enmesini kısmen ya da tamamen engelleyen nokta mutasyonları oluşturmaktadır. Bu doktora tezi kapsamında toplam 257 ^-talasemi kromozomu çok etkin iki yöntem olan denature edici gradyent gel elektroforezi (DGGE) ve dizi analizi yöntemleri ile çalışılmıştır. Bu tez çerçevesinde incelenen kromozomların yaklaşık yansında mutasyonlar DGGE metodu kullanılarak tayin edilmiştir. Türkiye'de en sıklıkla görülen ilk beş mutasyonun (IVS-I-110, IVS-I-6, IVS-I-1, FSC-8 ve IVS-II-745) toplam görülme sıklığı sadece yüzde 38.9 dur. DGGE metodu ile 19 değişik mutasyon için taranan hastaların ancak yüzde 52. 1 i tanımlanmış olup, tanımlanmamış hastalar toplam kromozom sayısının yüzde 47.9 unu oluşturmaktadır. Bu yüksek bilinmeyen oran; Ş-globin geninin tamamının incelenmemiş olması yanında, deneysel yaklaşımdaki ikilemler ve DNA dizi analizi ile tanımlanması öngörülen nadir ya da yeni mutasyonların varlığı ile açıklanabilir. Tez çerçevesinde, ASO-hibritleştirilmesi, ARMS, restriksiyon enzimi ve heterodupleks analizlerinden oluşan bir dizi radyoaktivite içermeyen yöntem kullanılarak, 22 doğum öncesi tam gerçekleştirilmiştir. Bu sayı bölümümüzde şimdiye kadar uygulanan doğum öncesi tanıların üçte birini oluşturmaktadır. Bu çalışma dahilinde iki hasta, 10 taşıyıcı, altı sağlıklı ve dört“en kötü olasılıkla”taşıyıcı tanısı konmuştur. Bu çalışma kapsamında uygulanan strateji, koryon villus biyopsisi ve taşıyıcı tanımında kullanılan basit yöntemlerin, polimeraz zincirleme reaksiyonuna dayalı DNA teknikleri ile birleştirilmesi durumunda, Türkiye'de görülen p-talasemi mutasyonlarının çeşitliliğinden doğan problemlerin büyük ölçüde aşılabileceğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Extensive molecular analysis of (^-thalassemia over the past six years has revealed the heterogeneity of the disease in Turkey. ^-Thalassemia being a major public health problem in Turkey has an estimated average gene frequency of two per cent compared to the three per cent of the world's population of ^-thalassemia carriers. Many affected births in Turkey are the general consequence of a high birth rate (36: 1000), moreover the incidence of homozygous births is almost doubled due to the local tradition of consanguineous marriages (21 per cent). Clinically, the most important forms of the disease result from point mutations which cause complete absence or reduced synthesis of the |3-globin chain. The present Ph.D thesis reports the analysis of ^-thalassemia defects in a total of 257 ^-thalassemia chromosomes that have been studied using two powerful methods, denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE) and genomic sequencing. In the framework of this study about 50 per cent of the chromosomes have been solved for a ^-thalassemia mutation by making use of the DGGE method. Our results reveal that the five most frequent alleles (IVS-I-110, IVS-I-6, IVS-I-1, FSC-8, IVS-II-745) account for only 38.9 per cent of the disease gene, and all 19 mutations screened by DGGE, add up to about 52.1 per cent. The rest of the unknown chromosomes (47.9 per cent) are either due to not being screened for the complete (5-globin gene, or due to the uncertainty caused by the experimental trials; it is also partly the result of the presence of rare and novel lesions awaiting for their further sequencing analysis. In addition to DGGE, other non-isotopic methods, such as ASO hybridization, ARMS, restriction enzyme and heteroduplex formation analyses have been utilized to analyze 22 prenatal diagnosis cases, accounting for almost one third of the families studied so far in our department The prenatal diagnoses resulted in two affected, 10 heterozygous, six healthy and four“worst-case”carrier fetuses. The strategy applied in this study demonstrates that when easy methods of chorion villus sampling and carrier screening are coupled to PCR-based techniques, the problem created by the heterogeneity of Ş-thalassemia mutations in Turkey is overcome extensively.
Benzer Tezler
- Beta-thalassemia in Turkey: Molecular analysis of the beta-globin gene and the beta-13 mutation on gene expression
Türkiye'de beta-talasemi: Beta-globin geninin moleküler analizi ve beta-13 mutasyonunun gen anlatımı üzerindeki etkisi
ONUR BİLENOĞLU
Doktora
İngilizce
2002
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. NAZLI BAŞAK
- Myroides cinsi izolatların tanımlanması ve moleküler tiplendirmesi
Identification and molecular typing of myroides isolates isolated in OUR laboratory
TUBA ELTİMUR KARATOPRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiÇanakkale Onsekiz Mart ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ALPER AKÇALI
- Zingeronun H2452 mezotelyoma hücre hattı üzerine etkisinin ve bu etkide TRPV1 reseptörünün rolünün incelenmesi
Investigation of the effect of zingeron on cell line of H2452mesothelioma and the role of TRPV1 receptor in this effect
ABDULMECİT GÜL
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Moleküler TıpKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiTarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SABAHATTİN CÖMERTPAY
- The investigation of the role of NF-κB in the proliferation and differentiation of hacat cells containing Cx26 KID syndrome mutations
Cx26 KID sendromu mutasyonları içeren hacat hücrelerinin proliferasyonu ve farklılaşmasında NF-κB'nin rolünün araştırılması
ECE İNAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜLİSTAN MEŞE ÖZÇİVİCİ
- Primer Santral Sinir Sistemi Lenfomalarında (PSSSL) immunoglobulin reseptör varyantlarının hastalık patogenezi ve klinik davranışı ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of the relationship of immunoglobulin receptor variants with disease pathogenesis and clinical behavior in Primary Central Nervous System Lymphomas (PCNSL)
MERVE BESLER
Doktora
Türkçe
2024
Moleküler TıpAnkara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FİLİZ ÇAY ŞENLER