Determination of the extracellular hydrolytic enzyme prduction capabilities of Acidithiobacillus bacteria isolated from Awa Sppi river in Sulaymaniyah, Iraq and 16S rDNA analysis
Irak Süleymaniye'deki Awa Sppi nehrinden izole edilen Acidithiobacillus cinse bakterilerin ektraselüler hidrolitik enzim üretme kabiliyetlerinin belirlenmesi ve 16S rRNA analizi
- Tez No: 482599
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. KEREM ÖZDEMİR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Acidithiobacillus, Süleymaniye, 16S rRNA, Acidithiobacillus, Sulaimani, 16S rRNA
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Yüzüncü Yıl Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Bu araştırmanın materyalini; Kuzey Irak'ın Süleymaniye şehrinde bulunan Awasppi nehrinden ve Sangaw'daki Darzilais sülfür kaynaklı mağaradan alınan su ve çamur örnekleri oluşturdu. İzole edilen Acidithiobacillus bakterilerinin bazı hidrolitik ektraselüler enzim aktivitelerinin belirlenmesi ve 16S rRNA gen bölgelerinin sekans analizi temeline dayalı filogenetik pozisyonları belirlenmiştir. Saflaştırılmış Acidithiobacillus bakterilerinin bazı hücre dışı hidrolitik enzim aktiviteleri belirlenmiştir.İzolatların katalaz aktivitesi pozitif iken, lipaz, proteaz, ksilanaz ve amilaz aktivitesi negatif bulundu. Genomik DNA'ları izole edilen 2 izolatın 16S rRNA gen bölgesi PZR amplifikasyonu ile gerçekleştirilmiştir. Türler arasındaki uzaklığı belirlemek için Maximum Likelihood algoritması kullanılarak oluşturulan filogenetik ağaç NCBI'dan elde edilmiş Acidithiobacillus türlerine ait gen dizileri ve çalışmamızda kullandığımız 2 izolat güçlü bir homoloji ile kümelendiği gözlemlenerek genetik pozisyonları ortaya konmuştur. Karşılaştırmalı 16S rRNA gen dizisi analizi sonucunda, G1 izolatının Acidithiobacillus thiooxidans'a % 99 benzerlik gösterdiği ve G2 izolatının Acidithiobacillus ferrooxidans'a % 99 benzerlik gösterdiği belirlendi.
Özet (Çeviri)
The material of this research; Formed water and mud samples from the Awasppi river in Sulaymaniyah, northern Iraq, and from the Darzilais sulfur-based cave in Sangaw. The phylogenetic positions of the isolated Acidithiobacillus bacteria based on the determination of some hydrolytic extracellular enzyme activities and the sequence analysis of the 16S rRNA gene regions were determined. Some extracellular hydrolytic enzyme activities of purified Acidithiobacillus bacteria have been determined. While the catalase activity of the isolates was positive, lipase, protease, xylanase and amylase activity were found to be negative. 2 isolates, whose genomic DNA's have been isolated, 16S rRNA gene region has been realized with PCR amplification. To be able to define the distance between species Maximum Likelihood algorithm has been used to form phylogenetic tree. It has been observed that gene strands belong to Acidithiobacillus species which has been acquired from NCBI and 2 isolates that we used in our study clustered with a strong homology and their genetic positions has been revealed. In the result of the comparative 16S rRNA gene sequence analysis, it was identified that G1 isolate showed 99% similarity to Acidithiobacillus thiooxidans and G2 isolate showed 99% similarity to Acidithiobacillus ferrooxidans.
Benzer Tezler
- Van Gölü'nden toplanan su ve sediment numunelerinden izole edilen bakterilerin lakkaz ve mannanaz enzimlerini üretme kabiliyetleri
The production capabilities of laccase and mannanase enzymes of the bacteries isolated from water and sediment samples collected from the Van Lake
NEVROZ ASLAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ERDAL ÖĞÜN
- Determination of extracellular hydrolytic enzyme capabilities of some anoxybacillus isolated from hot spring environments
Kaplıcalardan izole edilen bazı anoksibasillerin ekstrasellüler hidrolitik enzim kapasitelerinin belirlenmesi
WIDAD HASSAN YARWAIS JAF
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiSiirt ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. MEHMET EMRE EREZ
- Determination of extracellular hydrolytic enzyme production capacity and 16s rdna analysis of bacillus genus bacteria isolated from Erçek Lake
Erçek Gölü'nden izole edilen bacillus cinsi bakterilerın ektraselüler hidrolitik enzim üretme kabiliyetlerinin belirlenmesi ve 16s rdna analizi
SARDAR HUSSEIN RASOOL
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KEREM ÖZDEMİR
- Determination of extracellular hydrolytic enzyme production capacity and 16S rRNA analysis of streptomyces bacteria isolated from some soil samples collected in Sulaimani–Iraq
Süleymaniye'de toplanan bazı toprak numunelernden izole edilen streptomyces bakterilerinin ekstraselüler hidrolitik enzim kabiliyetlerinin belirlenmesi ve 16S rRNA analizi
BARZAN OTHMAN HASAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KEREM ÖZDEMİR
- Determination of extracellular hydrolytic enzyme production capacity and 16s rdna analyses of streptomyces genus bacteria isolated from root of Phaseolus vulgaris L. ( bean )
Phaseolus vulgaris L. (fasulye) bitki kök toprağından Streptomyces türlerinin bazı ekstraselüler hidrolitik enzim üretme kabiliyetlerinin belirlenmesi ve 16s rDNA analizi
HUSSEIN ALI SADEQ
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
MikrobiyolojiYüzüncü Yıl ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. KEREM ÖZDEMİR