Genetic relatedness estimation using ancient genomic data
Antik genom dizileme verisi ile genetik akrabalık ilişkisinin belirlenmesi
- Tez No: 489481
- Danışmanlar: DOÇ. DR. MEHMET SOMEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2017
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Yakın Doğu'da yer alan Neolitik yerleşim yerlerinin en belirgin özelliklerinden biri ölü gömme gelenekleridir. Hem Levant'ta hem de Anadolu'da, ölülerin evlerin içine gömüldüğü bilinmektedir. Ev içinde bulunan mezarlara birden fazla ölünün gömülmesi şeklinde görülen bu gelenek, Çatalhöyük'te çok yaygındır. Arkeolojik bulgular, aynı evin içine gömülen bireylerin sosyal olarak birbirleri ile ilişkili olabileceklerini göstermektedir. Bu doğrultuda, aynı mezarda bulunan bireyler arasındaki biyolojik akrabalık derecesinin bilinmesi de antropologlar için ilgi çekici sorulardan biridir. Antik DNA'dan elde edilmesi mümkün olan bu bilgi, arkeolojik araştırmalar için de çok önemli olan antik yerleşim yerlerindeki toplulukların sosyal yapıları ile ilgili önemli bilgiler sağlayabilir. Antik DNA ile çalışmanın en önemli zorluğu ise yüksek oranda parçalanmış olması ve çok az miktarda elde edilebiliyor olması sebebiyle sınırlı DNA dizi bilgisi sağlamasıdır. Antik DNA ile üretilen dizileme verilerinde, dizilenen pozisyonlar için her bireyde yalnızca bir alelin bilgisi elde edilebilmektedir. Günümüzde, modern genom dizileme verisi ile biyolojik akrabalık derecesini belirlemeye olanak sağlayan metotlar olmasına rağmen, bu metotların antik DNA verisi ile etkin şekilde kullanılıp kullanılamayacağı henüz test edilmemiştir. Bu çalışmada, modern genomlar için dizayn edilmiş bu yöntemlerden ikisini, KING ve PLINK'i, gerçek ve simüle edilmiş aile ağaçlarında, düşük kapsamda (derinlikte) üretilmiş tüm genom dizileme verisi kullanarak test ettik. Ayrıca, minimum sayıda tekil nukleotid polimorfizmi (TNP) ve antik DNA dizileme derinliğine sahip veri ile doğru akrabalık katsayısı hesaplamak için farklı bir yöntem geliştirdik. Yönteminizin KING ve PLINK'ten daha verimli sonuç verdiğini belirledik. Bulgularımız, antik DNA dizileme verilerinin yeni arkeolojik soruların cevaplanmasındaki kullanımını kolaylaştıracaktır.
Özet (Çeviri)
One distinct feature of the early Neolithic settlements in the Near East was their burial customs. Both in the Levant and in Anatolia, people dug graves inside their houses, and multiple individuals were buried in these intramural graves; a custom that reached its climax in Çatalhöyük. Archaeological evidence suggests that individuals buried in a house were socially related, which has motivated anthropologists to estimate biological relatedness among individuals who share the same grave. Such information, which could be obtained from ancient DNA data, could shed light on the social structure of these ancient communities, and be valuable for archaeological studies. The challenge of working with ancient DNA is that it is highly degraded and usually in minute amounts, which results in limited DNA data availability. Importantly, in ancient DNA datasets usually only one allele can be detected per individual. There exist a number of methods to estimate genetic relatedness designed for modern high coverage genomic data, but their performance on ancient DNA data has not been tested. Here we apply two of these methods, KING and PLINK, on low coverage whole genome data from real family pedigrees, as well as ancient DNA data from simulated pedigrees. We further propose a new approach to calculate relatedness between ancient individuals, which would require minimal coverage and SNP numbers to accurately estimate relatedness. We show that our approach can more efficiently estimate the relatedness coefficients compared to the KING and PLINK software. Our approach is expected to promote the application of ancient DNA to address new archaeological questions.
Benzer Tezler
- Predicting first-degree relationships from ancient samplesusing deep neural networks
Antik örneklerde birinci derece akrabalık tiplerini derin öğrenme ile tahmin etmek
MERVE NUR GÜLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SOMEL
- Assessment of genetic relatedness tools for ancient DNA using pedigree simulations
Soyağacı simülasyonları kullanılarak genetik akrabalık araçlarının antik DNA için değerlendirmesi
ŞEVVAL AKTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SOMEL
- The phylogenetic analysis of Picea orientalis populations from Northeastern Turkey with respect to non-coding trn and matK regions of chloroplast genome
Kloroplast genomundaki kodlanmayan trn ve matK bölgelerinin karşılaştırılması yapılarak Kuzeydoğu Anadolu'daki Picea orientalis populasyonlarının filogenetik analizi
ALİ MURAT GÜLSOY
- Avrupa kırmızı orman karıncası formica pratensis (Hymenoptera: Formicidae)'de genetik akrabalığın RAPD PCR ile belirlenmesi
Determination of genetic relatedness in the european red wood ant formica pratensis (Hymenoptera: Formicidae) using RAPD PCR technics
ONUR EDİZ
- Van Gölü havzası fasulye genotipleri arasındaki akrabalık ilişkilerinin ve antraknoz hastalığına dayanıklılığın fenotipik ve moleküler yöntemlerle belirlenmesi (Colletotrichum lindemuthianum) (Sacc. and Magnus) Lambs. Scrib.)
Determination of genetic relatedness anthracnose diseae (Colletotrichum lindemuthianum) (Sacc. and Magnus) Lambs. Scrib.) resistance with phenotypic and molecular methods among bean genotypes in Lake Van basin
AYTEKİN EKİNCİALP
