Drosophila melanogaster'de PGRP-LF geninin otoinflamasyon bakımından etkileştiği diğer genlerin genom çaplı ilişkilendirme modeliyle saptanması
Determining the other genes interacting with the autoinflammation related pPGRP-LF gene of Drosophila melanogaster via genome wide association study
- Tez No: 547218
- Danışmanlar: PROF. DR. ERGİ DENİZ ÖZSOY
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Otoinflamatuar hastalıklar tekrarlayan inflamatuar ataklarla karakterize edilen klinik durumların bir grubunu ifade etmektedir. Patogenetik bir bakış açısıyla spesifik bağışıklığın dahil olmadığı ve sadece doğal bağışıklığa ait düzenleyici mekanizmalardaki bozukluklarla tanımlanabilirler. Bağışıklık sisteminin kronik kontrolsüz aktivasyonu sebebiyle ortaya çıkarlar. Yaşlanma ve bağışıklık sistemi arasında, şimdiye kadar kesin bir şekilde aydınlatılmamış bir biyolojik ilişki vardır. Bağışıklık sistemindeki bozukluklarla ortaya çıkan belirtilerle, yaşlanma süreciyle birlikte gözlenen belirtiler oldukça benzerdir. Yaşlanma, bağışıklık fonksiyonunun bozulmasına katkıda bulunur ve organizmayı enfeksiyonlara yatkın hale getirir. Özellikle Drosophila bağışıklık sistemi, yaşlanmaya eşlik eden dejeneratif süreçlerden büyük ölçüde etkilenmektedir. Bağışıklık sistemi regülasyonunda meydana gelen bozuklukların yaşlanma sürecini hızlandırdığı düşünülmekle birlikte, mekanizmalar tam olarak bilinmediği için artan mortaliteyle ilişkili genler de bilinmemektedir. Bu mekanizmayı anlamak için, PGRP-LF geninin başka hangi genlerle etkileştiğini saptamak gerekir. Tez kapsamında Drosophila melanogaster'de bağışıklık sistemiyle ilgili yolaklarda görev alan PGRP-LF geni mutantının genom çaplı ilişkilendirme analizleri (GWAS) için kullanılmasıyla, bağışıklık sisteminin genetik altyapısını ve yaşlanma ile olan ilişkisini aydınlatmak hedeflenmiştir. Bu amaç doğrultusunda deneylerde Drosophila Genetik Referans Paneli (DGRP) soyları kullanılmıştır. CRISPR/CAS9 yöntemiyle oluşturulmuş PGRP-LF mutant soyu ve aynı genetik arka plana sahip kontrol soyu, DGRP soyları ile çaprazlanmıştır. Elde edilen F1 dölleri, tüm bireyler ölene kadar yaşlandırılmıştır. Yaşlanma deneyleri sonucunda elde edilen ömür uzunlukları verileriyle çok-yönlü varyans analizi (ANOVA) gerçekleştirilmiştir. Analiz sonucunda PGRP-LF geninin susturulmuş mutant formunun, DGRP soyu boyunca istatistiksel açıdan ömür uzunluğunun önemli değişim gösterdiği saptanmıştır. ANOVA sonucunda anlamlı çıkan GENOTİPXSOY ve GENOTİPXSOYXEŞEY etkileşimleri çerçevesinde GWA analizleri gerçekleştirilmiştir. Elde edilen GWAS sonuçlarında her iki eşey bazında da (dişi,erkek) p değeri 10-5 ve daha küçük (p
Özet (Çeviri)
Autoinflammatory diseases are a group of clinical conditions characterized by recurrent inflammatory attacks. From a pathogenetic point of view, specific immunity is not involved and can only be identified by disorders in the innate immune regulatory mechanisms. They occur due to chronic uncontrolled activation of the immune system. There is a biological relationship between aging and the immune system that has not yet been fully elucidated. However, as noted above, the symptoms observed with disorders in the immune system are quite similar to those observed with the aging process. Aging contributes to the deterioration of immune function and makes the organism susceptible to infections. In particular, the Drosophila immune system is greatly influenced by degenerative processes associated with aging. Although disorders occurring in the regulation of the immune system are thought to accelerate the aging process, the mechanisms associated with increased mortality are not known since the mechanisms are not fully unterstood. To understand this mechanism, it is necessary to determine which genes the gene interacts with. The aim of this thesis is to elucidate the genetic infrastructure of the immune system and its relationship with aging by using the PGRP-LF gene mutant in the Drosophila melanogaster for pathways related to the genome-wide association (GWAS). For this purpose, Drosophila Genetic Reference Panel (DGRP) lines were used in the experiments. The control line with the PGRP-LF mutant line and the same genetic background was crossed with DGRP lins. The obtained F1 offspring was aged until all individuals died. Multivariate analysis of variance (ANOVA) was performed with the data obtained from the aging experiments. As a result of the analysis, it was determined that the silenced mutant form of the PGRP-LF gene showed a statistically significant change throughout the DGRP lines. GWA analyzes were performed within the framework of the Genotype X Line and Genotype X Line X Sex interactions that were significant after ANOVA. In the GWAS results, both sexes (female, male) were focused on genetic variants with p values of 10-5 and less (p
Benzer Tezler
- Drosophila melanogaster'de larval ve ergin dönem besin kısıtlamasının ömür uzunluğu üzerine etkisinin araştırılması
The effect of dietary restriction at larval and adult stage on life span in Drosophila melanogaster
PINAR GÜLER
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERGİ DENİZ ÖZSOY
- Drosophila melanogaster'de lokomotor aktiviteyle açlık direnci arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of relationship between locomotor activity and starvation resistance in drosophila melanogaster
CANSU AYDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGİ DENİZ ÖZSOY
- Drosophila melanogaster'de parkin geni ile etkileşen ve lokomotor davranışı etkileyen genlerin genomik ilişkilendirme modeliyle saptanması
Determination of the genes underlying locomotor behavior and interacting with the parkin gene by using a genom wide association model of Drosophila melanogaster
DAMLA AYGÜN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGİ DENİZ ÖZSOY
- Drosophila melanogaster'de coğrafi ve mevsimsel diyapoz değişimi ve insülin-benzeri reseptör (InR) polimorfizmi ile ilişkisinin araştırılması
Investigation of geographical and seasonal diapause and relation to insulin-like receptor (InR) polymorphism in Drosophila melanogaster
BENGİSU SEZEN SUBAŞI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BANU ŞEBNEM ÖNDER
- Drosophila melanogaster'de gelişim biyolojisi üzerine bazı antidepresanların etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of some antidepressants on development in Drosophila melanogaster
ALPER ORHAN