Val-Met dipeptidinin moleküler mekanik ve kuantum kimyasal yöntemlerle konformasyon analizi
Conformation analysis of Val-Met dipeptide with molecular mechanical and quantum chemical methods
- Tez No: 561445
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞEN ÖZEL, DOÇ. DR. SEFA ÇELİK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
Bu çalışmada protein sindirimi ya da protein katabolizmasının atık ürünü olan Valine- Metiyonin dipeptidi hem deneysel hem de teorik olarak incelenmiştir. Valin ve Metiyonin aminoasitlerinin literatürdeki geometrik parametrelerinden yararlanılarak dört farklı Val-Met konformasyonu oluşturulmuştur. Bu dört farklı konformasyonun optimize geometrileri ve toplam enerjileri DFT/B3LYP fonskiyonu kullanılarak 6-31G(d,p), 6-31++G(d,p) ve 6-311++G(d,p) baz setleri ile hesaplanmıştır. Elde edilen en kararlı iki konformasyonun titreşim dalga sayıları 6-311++G(d,p) baz seti kullanılarak hesaplanmıştır. Potansiyel enerjinin titreşim kiplerine dağılımı (PED), MOLVİB programı kullanılarak elde edilmiş ve her bir titreşim dalgasayısına karşılık gelen titreşim modları belirlenmiştir. Ek olarak, Chem3d programı kullanılarak Alingers'MM2 kuvvet alanı uygulanarak Moleküler Dinamik Simülasyon ile 113 konformasyon elde edilmiştir. Moleküler Dinamik Simülasyon ile belirlenen bu konformasyonlara ait enerji değerleri ab-initio hesaplamalarından Yoğunluk Fonksiyon Teorisi (DFT) yöntemi, B3LYP fonksiyonu 6-311++G(d,p) baz setinde hesaplanmış ve olası iki konformer belirlenmiştir. Çalışmanın deneysel kısmında, Jasco 300E FT-IR spektrometre (2cm-1 çözünürlükte) ve NRS 3100 Dispersif Mikro Raman spektrometre kullanılarak moleküllerin spektrumları çekilmiştir. Elde edilen hesaplama sonuçları ve deneysel sonuçlar karşılaştırmalı olarak tablolar halinde verilmiştir.
Özet (Çeviri)
In this study Valine-Methionine dipeptide, which is a breakdown product of protein digestion or protein catabolism, has been investigated both theoretically and experimentally. Four different Val-Met conformations were formed by using the geometric parameters of Valin and Methionine amino acids taken from the literature. Optimized geometries and total energies of these four different conformations were calculated with the 6-31G (d, p), 6-31 ++ G (d, p) and 6-311 ++ G (d, p) basis sets using the DFT / B3LYP method. The vibration wave numbers of the two most stable conformation obtained were calculated by using the 6-311 ++ G (d, p). basis set. The potential energy distribution (PED for the molecules were obtained using the MOLVIB program and the modes corresponding to each vibrational wavenumber were determined. In addition, Using the Chem3d program, the Alingers'MM2 force field was applied and 113 conformations were obtained by Molecular Dynamic Simulation. The energy values of these conformations determined by Molecular Dynamic Simulation are calculated using the ab-initio calculations with the Density Function Theory (DFT) method using B3LYP method with the basis set of 6-311 ++ G (d, p). Two possible conformers are determined. In the experimental part of the study, spectra of molecules were recorded using Jasco 300E FT-IR spectrometer (at 2 cm-1 resolution) and NRS 3100 Dispersive Micro Raman spectrometer. The obtained calculation results and experimental results are given in tabular form in comparison with each other.
Benzer Tezler
- Yoğun spor yapan kişilerde aleksitimi ve COMT Vall108/158 met gen polimorfizminin araştırılması
Analysis of intensive physical activity, alexithtmia COMT Vall108/158 met gene polymorphism
AYLİN ZEKİOĞLU
Doktora
Türkçe
2011
GenetikCelal Bayar ÜniversitesiBeden Eğitimi ve Spor Öğretmenliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SIRRI ÇAM
YRD. DOÇ. DR. NEVZAT MUTLUTÜRK
- Premenstruel sendromlu kadınlarda COMT geninde valin/metionin polimorfizmi incelenmesi
COMT gene in women premenstrual syndrome polymorphism analysis of valin/methionine
ESMA DEVECİ ÖZTÜRK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Kadın Hastalıkları ve DoğumHarran ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAKAN CAMUZCUOĞLU
YRD. DOÇ. DR. MEHMET VURAL
- Erkek şizofreni hastalarında katekol-o-metiltransferaz (Comt) val158met gen polimorfizmi ile premorbid kannabis kullanımı arasındaki ilişki
The relationship between catechol-o-methyltransferase gene val158met polymorphism and premorbid cannabis use in male patients with schizophrenia
AYŞEGÜL ERMİŞ
- Dikkat eksikliği ve hiperaktivite bozukluğu olan çocuklarda katekol-o-metiltransferaz gen polimorfizminin araştırılması
Investigation of catechol-o-methylthransferase polymorphism in children with attention deficit and hyperactivity disorder
TUĞBA GÜRSOY
Yüksek Lisans
Türkçe
2010
Tıbbi BiyolojiTrakya ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. FUNDA SİBEL PALA
- Madde kullanım bozukluğu olan hastalarda epigenetik farklılıkların araştırılması ve klinik parametrelerle karşılaştırılması
Investigation of epigenetic differences in patients with substance use disorders and comparison with clinical parameters
YASEMİN OYACI
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Genetikİstanbul ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SACİDE PEHLİVAN