Geri Dön

Val-Met dipeptidinin moleküler mekanik ve kuantum kimyasal yöntemlerle konformasyon analizi

Conformation analysis of Val-Met dipeptide with molecular mechanical and quantum chemical methods

PDF İndir

  1. Tez No: 561445
  2. Yazar: VOLKAN DURAK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. AYŞEN ÖZEL, DOÇ. DR. SEFA ÇELİK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Fizik ve Fizik Mühendisliği, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Fizik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Atom ve Molekül Fiziği Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu çalışmada protein sindirimi ya da protein katabolizmasının atık ürünü olan Valine- Metiyonin dipeptidi hem deneysel hem de teorik olarak incelenmiştir. Valin ve Metiyonin aminoasitlerinin literatürdeki geometrik parametrelerinden yararlanılarak dört farklı Val-Met konformasyonu oluşturulmuştur. Bu dört farklı konformasyonun optimize geometrileri ve toplam enerjileri DFT/B3LYP fonskiyonu kullanılarak 6-31G(d,p), 6-31++G(d,p) ve 6-311++G(d,p) baz setleri ile hesaplanmıştır. Elde edilen en kararlı iki konformasyonun titreşim dalga sayıları 6-311++G(d,p) baz seti kullanılarak hesaplanmıştır. Potansiyel enerjinin titreşim kiplerine dağılımı (PED), MOLVİB programı kullanılarak elde edilmiş ve her bir titreşim dalgasayısına karşılık gelen titreşim modları belirlenmiştir. Ek olarak, Chem3d programı kullanılarak Alingers'MM2 kuvvet alanı uygulanarak Moleküler Dinamik Simülasyon ile 113 konformasyon elde edilmiştir. Moleküler Dinamik Simülasyon ile belirlenen bu konformasyonlara ait enerji değerleri ab-initio hesaplamalarından Yoğunluk Fonksiyon Teorisi (DFT) yöntemi, B3LYP fonksiyonu 6-311++G(d,p) baz setinde hesaplanmış ve olası iki konformer belirlenmiştir. Çalışmanın deneysel kısmında, Jasco 300E FT-IR spektrometre (2cm-1 çözünürlükte) ve NRS 3100 Dispersif Mikro Raman spektrometre kullanılarak moleküllerin spektrumları çekilmiştir. Elde edilen hesaplama sonuçları ve deneysel sonuçlar karşılaştırmalı olarak tablolar halinde verilmiştir.

Özet (Çeviri)

In this study Valine-Methionine dipeptide, which is a breakdown product of protein digestion or protein catabolism, has been investigated both theoretically and experimentally. Four different Val-Met conformations were formed by using the geometric parameters of Valin and Methionine amino acids taken from the literature. Optimized geometries and total energies of these four different conformations were calculated with the 6-31G (d, p), 6-31 ++ G (d, p) and 6-311 ++ G (d, p) basis sets using the DFT / B3LYP method. The vibration wave numbers of the two most stable conformation obtained were calculated by using the 6-311 ++ G (d, p). basis set. The potential energy distribution (PED for the molecules were obtained using the MOLVIB program and the modes corresponding to each vibrational wavenumber were determined. In addition, Using the Chem3d program, the Alingers'MM2 force field was applied and 113 conformations were obtained by Molecular Dynamic Simulation. The energy values of these conformations determined by Molecular Dynamic Simulation are calculated using the ab-initio calculations with the Density Function Theory (DFT) method using B3LYP method with the basis set of 6-311 ++ G (d, p). Two possible conformers are determined. In the experimental part of the study, spectra of molecules were recorded using Jasco 300E FT-IR spectrometer (at 2 cm-1 resolution) and NRS 3100 Dispersive Micro Raman spectrometer. The obtained calculation results and experimental results are given in tabular form in comparison with each other.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    507048

    Otizmli çocuklarda katekol-o-metiltransferaz (COMT) geni Val(108/158)Met polimorfizminin retrospektif olarak incelenmesi

    Başlık çevirisi yok

    SEZGİN KAPICI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    GenetikÜsküdar Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHSİN KONUK

  2. Tez No

    271701

    Şizofreni hastalarındaki obsesif kompulsif belirtiler ve katekol-o-metiltransferaz geni val (158) met polimorfizmi birlikteliği

    Combination of obsessive compulsive symptoms in schizophrenic patients and catechol-o-methyltransferase gene val (158) met polymorphism

    HÜLYA YANBAY

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2010

    PsikiyatriSağlık Bakanlığı

    Psikiyatri Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. AYŞE SOLMAZ TÜRKCAN

  3. Tez No

    387949

    Yoğun spor yapan kişilerde aleksitimi ve COMT Vall108/158 met gen polimorfizminin araştırılması

    Analysis of intensive physical activity, alexithtmia COMT Vall108/158 met gene polymorphism

    AYLİN ZEKİOĞLU

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    GenetikCelal Bayar Üniversitesi

    Beden Eğitimi ve Spor Öğretmenliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SIRRI ÇAM

    YRD. DOÇ. DR. NEVZAT MUTLUTÜRK

  4. Tez No

    536583

    Yüzücü ve kayakçılarda katekol_o_metiltransferaz (COMT)RS4680 polimorfizminin incelenmesi

    Investigation of catechol_o_methyl transferase (COMT) RS4680 polymorphism in swimmers and skiers

    HACER BÜŞRA BAHAT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    GenetikÜsküdar Üniversitesi

    Nörobilim Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. KORKUT ULUCAN

  5. Tez No

    80037

    FMF'li Türk hastalarda mutasyon analizi

    Mutation analysis in Turkish FMF patients

    MÜGE MISIRLIOĞLU

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAnkara Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NEJAT AKAR

Geri Dön