Geri Dön

HIV-1 ters transkriptaz ve integraz enzimleri için ikili inhibitör tasarımı: Docking çalışması

Dual inhibitor design for HIV-1 reverse transcriptase and integrase: A docking study

PDF İndir

  1. Tez No: 573121
  2. Yazar: BERİVAN ŞENYİĞİT
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SELAMİ ERCAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Batman Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 106

Özet

Retrovirüslerin lentivürüs ailesi üyesi olan HIV-1 AIDS hastalığının etken virüsüdür. Virüs dünya çapında yaygın olup insan bağışıklık sistemini baskılayarak vücudu enfeksiyonlara karşı savunmasız bırakır. HIV-1 Ters Transkriptaz (Revers Transcriptase;RT) ve İntegraz (Integrase;IN) virüs yaşam döngüsünün önemli işlevlerini yerine getiren iki enzimdir. AIDS tedavisinde son yıllarda birden fazla hedefi inhibe eden ilaçların tasarımı üzerinde çalışılmaya başlanmıştır. Bu bakımdan, RT ve IN dual inhibitör geliştirilmesi bakımından uygun iki enzimdir. Bu çalışmada tasarlanan 858 ligand filtrelenerek ilaç olma özelliği olan 426 ligand Autodock4 programı ile bir RT kristal yapısı olan 4g1q.pdb ve tam uzunluktaki HIV-1 IN kristal yapısı bulunmadığından katalitik bölge açısından aynı özellikleri taşıyan Prototype Foamy Virus IN kristal yapısı 3oya.pdb aktif bölgelerine yerleştirildi. Yerleştirme sonucunda B099 ligandı -12.63 kcal/mol'lük skor ile RT enzimine ve B249 ligandı -19.83 kcal/mol'lük skor ile IN enzimine en iyi bağlanan ligandlar olarak belirlendi. B051, B053, B099, B103, B107, B205, B206, B211, B213, B223, B231,B241, B242, B249, B250, B251, B253, B254, B308, B324, B352 ve B353 ligandlarının her iki enzim için iyi yerleşme skorları verdiği gözlendi. Sonuç olarak dual inhibitör adayı olan yeni ligandların tasarımı gerçekleştirildi.

Özet (Çeviri)

HIV-1, a member of Retroviruses' Lentivirus family, is the causative agent of AIDS. The virus is common throughout the world and leaves the body vulnerable to infections by suppressing the human immune system. Reverse Transcriptase (RT) and Integrase (IN) are two HIV-1 enzymes which perform important virus life cycle functions. It has been started to design new drug design that inhibit multiple targets for treatment of AIDS in recent years. In respect to this, RT and IN are two enzymes suitable for the development of dual inhibitors. 426 ligands which are filtered by druggability properties from 858 ligands were docked to crystal structure of 4g1q.pdb and since there was no full-lenght structure of HIV-1 IN same ligands were docked to Prototype Foamy Virus (PFV) IN structure 3oya.pdb, which have same properties as HIV-1 IN catalyctic region by Autodock4 program. From the docking results B099 ligand was determined to be the best binding ligand to RT ezyme with a binding score of -12.63 kcal/mol and B249 was the best ligand to IN enzyme with a score of -19.83 kcal/mol. B051, B053, B099, B103, B107, B205, B206, B211, B213, B223, B231,B241, B242, B249, B250, B251, B253, B254, B308, B324, B352 and B353 were found to give good docking scores for both enzymes. As a result, the design of new ligands, which are dual inhibitor candidates, was realized.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    860123

    Anadolu'da HIV-1 enfeksiyonunun moleküler epidemiyolojik analizi ve antiretroviral ilaç direnç profilinin incelenmesi

    Molecular epidemiological analysis and investigation of antiretroviral drug resistance profile of HIV-1 infection in anatolia

    ADEM ÖZDEMİR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    MikrobiyolojiHacettepe Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET PINAR

  2. Tez No

    909464

    Yeni tanı hıv hastalarında subtiplere ve immün belirteçlere göre direnç profili

    Analysis of resistance profiles in relation to subtypes and immune markers in newly diagnosed hiv patients

    ÖZNUR GÜNEŞ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2024

    MikrobiyolojiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET EMİN BULUT

  3. Tez No

    392413

    HIV-1 VIF-APOBEC3G eksen inhibitörünün karakterizasyonu ve DFT yöntemiyle moleküler modellenmesi

    HIV-1 VIF-APOBEC3G axis inhibitor characterization and molecular modeling with dft method

    MERVE ÜRK

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    KimyaNamık Kemal Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. YELDA YALÇIN GÜRKAN

  4. Tez No

    810423

    Predicting HIV1 drug resistance of reverse transcriptase inhibitors using artificial neural networks

    Yapay sinir ağlarını kullanarak ters transkriptaz inhibitörlerinin HIV1 ilaç direncini tahmin etme

    SÜMEYYE YILMAZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    MatematikYıldız Teknik Üniversitesi

    Matematik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MURAT SARI

    DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN TUNÇ

  5. Tez No

    455227

    Gaziantep Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde saptanan hıv-1 izolatlarında sekans analizi yöntemi ile alt grupların saptanması

    The determination of sub-groups of hiv-1 isolates with method of the sequence analysis which is detected in Faculty of Medicine Hospital of Gaziantep University

    İHSAN DEVECİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    MikrobiyolojiGaziantep Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YASEMİN ZER

Geri Dön