Geri Dön

Gibbula rarilineata (sınıf: gastropoda) aktin geninin cDNA klonlaması ve filogenetik analizi

CDNA cloning and phylogenetic analysis of Gibbula rarilineata (class: gastropoda) actin gene

PDF İndir

  1. Tez No: 578717
  2. Yazar: ŞEYMA EREN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. CİHAN DEMİRCİ TANSEL
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Zooloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 63

Özet

Aktin, tüm ökaryotik hücrelerde en fazla miktarda bulunan proteinlerden biridir ve tek hücrelilerden insana kadar pek çok canlı grubunda yüksek korunmuşluk gösterir. Aktin, hücre iskeletinde ve kas kasılmasındaki geniş dağılımlı başlıca rolleri gereği en çok çalışılmış proteinlerden biridir. Bunun yanında, aktinlerin, kökeninin çok eski olduğu düşünüldüğünden, aktinin farklı taksonomik sınıflarda değişken sayıdaki izoformlarının sınıflandırılmasının ökaryotik hücrelerin evrimi hakkında öngörü sağlayacağı düşünülmektedir. Omurgalı aktinleri iyi çalışılmıştır ve iki sınıflandırması mevcuttur. Ancak omurgasız aktinleriyle ilgili çalışmalar kısıtlıdır. Yetersiz genetik veri sebebiyle, omurgasız aktinlerine özel bir sınıflandırma mevcut değildir. Çalışmamızda Gibbula rarilineata aktinini klonlayarak mevcut protein veri bankasının içeriğine katkıda bulunmayı amaçladık. Çalışmamızda G. rarilineata örnekleri Marmara Denizi'nden toplandı. Örneklerin ayak dokusundan total RNA izolasyonu yapıldı ve izolatlar cDNA sentezi için kullanıldı. G. rarilineata aktini, tasarlanan gen spesifik primerlerin PZR'de kullanımıyla çoğaltıldı. Elde edilen PZR ürünleri klonlandı ve G. rarilineata aktin nükleotid dizisi bölgesel olarak dizilendi. Nükleotid dizileri, amino asit dizilerine translasyonu yapıldı ve insan aktin izoformları ile GenBank'ten elde edilen diğer gastropod aktin amino asit dizileriyle hizalandı. Filogenetik analiz, G. rarilineata aktininin sınıfladırılması için kullanıldı.

Özet (Çeviri)

Actin is one of the most abundant proteins found in eukaryotes and highly conserved in many taxa from prokaryotes to human. Actin is, also, one of the most studied proteins due to its primary roles in cytoskeleton, and muscle contraction. In addition, because of its so called ancient origins, classification of variable number of actin isoforms in different taxa is considered to have potential of being informative about evolution of eukaryotic cells. Although vertebrate actins are well studied and there are two accepted classifications for vertebrate actins, the studies about invertebrate actins are very limited. Because of the lack of genetic data, there is not a specific classification for invertebrate actins. In our study, we aimed to extend the existing protein database of invertebrates by cloning Gibbula rarilineata actin gene. In our study, G. rarilineata specimen were collected from Marmara Sea. Total RNA was isolated from foot tissue of specimen and total RNA isolates were used for cDNA synthesis. PCR amplification of G. rarilineata was performed by using of designed gene specific primers. Obtained PCR products were cloned and sequenced. Partial nucleotide sequences were translated to amino acid sequences and aligned with human actin isoforms and other amino acid sequences of gastropoda collected from GenBank. Phylogenetic analysis was used for classification of G. rarilineata actin.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    431981

    Prens adaları (Marmara denizi) littoralinin Prosobranchia (Gastropoda:Mollusca) faunası ve bazı ekolojik özelliklerinin belirlenmesi

    Determination of Prosobranchia (Gastropoda:Mollusca) fauna and their some ecological features in littoral of the Prince islands (Marmara sea)

    SENEM ÇAĞLAR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    Biyolojiİstanbul Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERHAT ALBAYRAK

  2. Tez No

    77469

    Türkiye'nin Ege Denizi Kıyılarında archaeogastropoda (Mollusca-gautropoda)'nın dağılımı ve biyoekolojisi

    Distribution and bioecology of archaeogastropoda (Mollusca-dastropoda) in the Turkish Aegean coast

    BİLAL ÖZTÜRK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1998

    Su ÜrünleriEge Üniversitesi

    Su Ürünleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEKİ ERGEN

  3. Tez No

    682881

    Türkiye'nin Ege Denizi kıyılarında Posidonia oceanica (L.) Delile, 1813 çayırlarının Crustacea faunası ve biyoekolojik özellikleri

    Bio-ecological features of Crustacean fauna in Posidonia oceanica (L.) Delile, 1813 meadows on the Aegean coast of Turkey

    ÖZGE ÖZGEN ÇOBAN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Deniz BilimleriDokuz Eylül Üniversitesi

    Canlı Deniz Kaynakları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ŞERMİN AÇIK ÇINAR

    DOÇ. DR. AHMET KEREM BAKIR

  4. Tez No

    150696

    Çanakkale Boğazı'nda bentik organizmalar ile kirliliğin karasal kaynaklarının tespiti

    Determining the status of the benthic communities in the zones under the risk of the pollution threat along Dardanelles

    YELİZ ERYURT

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    Su ÜrünleriÇanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi

    Su Ürünleri Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. MUSTAFA ALPASLAN

    PROF.DR. SEZGİNER TUNÇER

  5. Tez No

    506332

    Fethiye Körfezi'nin bazı kıyısal alanlarının (Akdeniz) Gastropoda (Mollusca) faunası

    Gastropoda (Mollusca) fauna in some coastal region (Akdeniz) of Fethiye Gulf

    PINAR EKMEKÇİ İSCELİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Su ÜrünleriSüleyman Demirel Üniversitesi

    Su Ürünleri Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. YUNUS ÖMER BOYACI

Geri Dön