Geri Dön

Modelling of the binding of TRPV1 receptor to capsaicin, capsazepine and related agonists and antagonists

TRPV1 reseptörünün kapsaisin, capsazepin ve ilgili agonistler ve antagonistlere bağlanmasının modellenmesi

PDF İndir

  1. Tez No: 603742
  2. Yazar: BÜŞRA İNCE
  3. Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. FATMA AHU AKIN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Kimya, Chemistry
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2019
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Kapsaisin, acı biberde bulunan doğal bir bileşik ve dorsal kök gangliyonlarında bulunan Vanilloid reseptör protein olan TRPV1'in bir agonistidir. TRPV1 acı ve ısı algılanmasından sorumlu proteindir. Kapsazepin, sentetik bir bileşik ve TRPV1'in ilk bilinen antagonistidir. Kapsazepin, kapsaisinin TRPV1'e bağlanmasını engelleyerek protein aktivasyonunu ve ortaya çıkan ağrı hissini önler. Bu çalışmada, kapsaisin ve kapsazepinin farklı şekilsel yapıları, hangi yapıların en düşük bağlanma enerjisini verdiğini bulmak ve benzer konformasyonlardaki analog moleküllerin sonuçlarını gözlemlemek için Autodock4 kullanılarak rigid docking ile TRPV1 proteininin aktif bölgesine yerleştirilir. Kapsaisin ve kapsazepinin rigid docking konformasyonları yapılır ve sonuçların tutarlılığı analog molekül bağlaması ile karşılaştırılarak kontrol edilir. Bu amaçla, çalışma için analog molekül olarak resinferatoksin, gingerol, nonivamide, nordihydrocapsaicin ve 6-şogaol agonistleri ve sb-366791 antagonisti seçilmiştir. Gingerol, şogaol, dihydrocapsaicin, nonivamide ve sb-366791 yerleştirme sonuçlarına göre benzer bağlanma enerjilerine sahiptir. Nordihydrocapsaicin ve resiniferatoksin, kapsaisin benzeri konformasyonlarda daha iyi bağlanma enerjileri vermiştir. Genel olarak, tüm analog moleküllerin protein ile daha fazla hidrojen bağı yaptığı gözlenmiştir.

Özet (Çeviri)

Capsaicin is a natural compound found in hot pepper and is an agonist of the receptor protein TRPV1 (Transient Receptor Potential Vanilloid) in dorsal root ganglia. TRPV1 is responsible for pain and heat perception. Capsazepine is a synthetic compound and is the first known antagonist of TRPV1; it interferes with the binding of capsaicin to TRPV1 in order to prevent protein activation and the resulting pain sensation. In this study, multiple conformations of capsaicin and capsazepine are docked to the active site of TRPV1 protein with rigid docking by Autodock4 to find which conformations give the lowest binding energy. We also observe analog molecule results in similar conformation conditions. The consistency of the results is checked by comparison with analog molecule binding. Agonists like resiniferatoxin, gingerol, nonivamide, nordihydrocapsaicin, and 6-shogaol and antagonist; sb-366791 is chosen as the analog molecules. The docking results of gingerol, shogaol, dihydrocapsaicin, nonivamide, and sb-366791 had similar binding energies. Nordihydrocapsaicin and resiniferatoxin gave better binding energies in their capsaicin-like conformations. In general, all analog molecules are observed to make more hydrogen bonds with the protein.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    317003

    Aktin bağlayan proteinlerin etkileşimlerinin homoloji modellemesi yöntemi ile incelenmesi.

    Study of actin binding protein interactions using the homology modelling

    AYHAN ÜNLÜ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2011

    Biyofizikİstanbul Üniversitesi

    Biyofizik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUHAMMET BEKTAŞ

  2. Tez No

    201872

    Modelling and predicting binding affinity of PCP-like compounds using machine learning methods

    Makine öğrenimi yöntemlerini kullanarak PCP benzeri bileşiklerin modellenmesi ve bağlanma eğilimlerinin tahmini

    ÖZLEM ERDAS

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2007

    Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FERDA NUR ALPASLAN

    PROF. DR. ERDEM BÜYÜKBİNGÖL

  3. Tez No

    648099

    Experimental system design and modelling of EGFR extracellular domain and its mutant binding to antibody interacting partner

    EGFR ve mutant EGFR'nin N-terminal membran dış bölgesinin antikor etkileşim ortağına bağlanmasının modellenmesi ve deneysel sistem tasarımı

    FEYZANUR ERDEMİR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyomühendislikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi

    Tıp Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ÖZGE CAN

    DR. B. KORAY BALCIOĞLU

  4. Tez No

    524346

    Structure prediction of eukaryotic elongation factor 2 kinase (eEF-2K) and elucidation of binding mechanisms of its novel compounds with molecular modelling applications

    Moleküler modelleme uygulamaları ile ökaryotik uzama faktör 2 kinaz (EEF-2k) enziminin yapı tahmini ve yeni bileşikleri ile bağlanma mekanizmasının aydınlatılması

    GİZEM TATAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    BiyoteknolojiGaziantep Üniversitesi

    Biyoenformatik ve Bilişimsel Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TUĞBA TAŞKIN TOK

  5. Tez No

    546211

    Integrative network modelling of the dasatinib treatment in glioblastoma stem cells

    Glioblastoma kök hücrelerinde dasatinib tedavisinin bütünleyici ağ modellemesi

    GÖKÇE SENGER

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. NURCAN TUNÇBAĞ

Geri Dön