Modelling of the binding of TRPV1 receptor to capsaicin, capsazepine and related agonists and antagonists
TRPV1 reseptörünün kapsaisin, capsazepin ve ilgili agonistler ve antagonistlere bağlanmasının modellenmesi
- Tez No: 603742
- Danışmanlar: YRD. DOÇ. DR. FATMA AHU AKIN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2019
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 61
Özet
Kapsaisin, acı biberde bulunan doğal bir bileşik ve dorsal kök gangliyonlarında bulunan Vanilloid reseptör protein olan TRPV1'in bir agonistidir. TRPV1 acı ve ısı algılanmasından sorumlu proteindir. Kapsazepin, sentetik bir bileşik ve TRPV1'in ilk bilinen antagonistidir. Kapsazepin, kapsaisinin TRPV1'e bağlanmasını engelleyerek protein aktivasyonunu ve ortaya çıkan ağrı hissini önler. Bu çalışmada, kapsaisin ve kapsazepinin farklı şekilsel yapıları, hangi yapıların en düşük bağlanma enerjisini verdiğini bulmak ve benzer konformasyonlardaki analog moleküllerin sonuçlarını gözlemlemek için Autodock4 kullanılarak rigid docking ile TRPV1 proteininin aktif bölgesine yerleştirilir. Kapsaisin ve kapsazepinin rigid docking konformasyonları yapılır ve sonuçların tutarlılığı analog molekül bağlaması ile karşılaştırılarak kontrol edilir. Bu amaçla, çalışma için analog molekül olarak resinferatoksin, gingerol, nonivamide, nordihydrocapsaicin ve 6-şogaol agonistleri ve sb-366791 antagonisti seçilmiştir. Gingerol, şogaol, dihydrocapsaicin, nonivamide ve sb-366791 yerleştirme sonuçlarına göre benzer bağlanma enerjilerine sahiptir. Nordihydrocapsaicin ve resiniferatoksin, kapsaisin benzeri konformasyonlarda daha iyi bağlanma enerjileri vermiştir. Genel olarak, tüm analog moleküllerin protein ile daha fazla hidrojen bağı yaptığı gözlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Capsaicin is a natural compound found in hot pepper and is an agonist of the receptor protein TRPV1 (Transient Receptor Potential Vanilloid) in dorsal root ganglia. TRPV1 is responsible for pain and heat perception. Capsazepine is a synthetic compound and is the first known antagonist of TRPV1; it interferes with the binding of capsaicin to TRPV1 in order to prevent protein activation and the resulting pain sensation. In this study, multiple conformations of capsaicin and capsazepine are docked to the active site of TRPV1 protein with rigid docking by Autodock4 to find which conformations give the lowest binding energy. We also observe analog molecule results in similar conformation conditions. The consistency of the results is checked by comparison with analog molecule binding. Agonists like resiniferatoxin, gingerol, nonivamide, nordihydrocapsaicin, and 6-shogaol and antagonist; sb-366791 is chosen as the analog molecules. The docking results of gingerol, shogaol, dihydrocapsaicin, nonivamide, and sb-366791 had similar binding energies. Nordihydrocapsaicin and resiniferatoxin gave better binding energies in their capsaicin-like conformations. In general, all analog molecules are observed to make more hydrogen bonds with the protein.
Benzer Tezler
- Sodyum kanallarında iyon taşınımının ve toksin bağlanmasının moleküler modellemesi
Molecular modelling of ion transport and toxin binding in sodium channels
ESRA KÖRPE
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyofizikTOBB Ekonomi ve Teknoloji ÜniversitesiMikro ve Nanoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. TURGUT BAŞTUĞ
- Experimental system design and modelling of EGFR extracellular domain and its mutant binding to antibody interacting partner
EGFR ve mutant EGFR'nin N-terminal membran dış bölgesinin antikor etkileşim ortağına bağlanmasının modellenmesi ve deneysel sistem tasarımı
FEYZANUR ERDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyomühendislikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiTıp Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZGE CAN
DR. B. KORAY BALCIOĞLU
- Bisfenol türevlerinin asetilkolinesteraz enzimi üzerindeki inhibisyon etkisinin in vitro ve in silico modellenmesi
In vitro and in silico modelling of inhibitory effects ofbisphenol derivatives on acetylcholinesterase enzyme
WALEED MOHAMMED KHORSHEED KHORSHEED
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
GenetikVan Yüzüncü Yıl ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ CAN YILMAZ
- Identification of novel inhibitors targeting putative dantrolene binding site for ryanodine receptor 2
Ryanodine reseptörü için dantrolene bağlanma bölgesi hedef alınarak yeni inhibitör tanımlama
CEMİL CAN SAYLAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEFER BADAY
- SCARA5 reseptörünün SRCR bölgesinin hesaplamalı yapısal modellenmesi ve bilgisayar temelli ilaç tasarım yöntemi kullanılarak geliştirilecek reseptör bloker'ının MCF-7 insan meme kanser hücre hattındaki sitotoksik etkilerinin in vitro araştırılması
Computational structural modelling of the SRCR region of the SCARA5 receptor and in vitro investigation of the cytotoxic effects of a receptor blocker developed by using computer-based drug design method in MFC7 human breast cancer cell line
ORHAN KOÇAK