Investigation of novel PKC targets in the regulation of autophagy
Otofaji düzenlenmesinde yeni PKC hedeflerinin araştırılması
- Tez No: 608239
- Danışmanlar: DOÇ. DR. ÖZLEM KUTLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Sabancı Üniversitesi
- Enstitü: Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mühendislik Bilimleri Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
Protein Kinaz C (PKC) izozimleri, hücre içi sinyal yollarının aktivasyonunda ve/veya inaktivasyonununda önemli olan serin/treonin kinazlardır ve bu nedenle hücresel metabolizmayı düzenler. Otofaji bazal koşullar altında çalışan ve besin kıtlığı, oksidatif stres veya anormal protein birikimi dahil olmak üzere hücresel stres altında aktive olan bir öğütme mekanizmasıdır. Oluşumu sitoplazma içinde çift veya çok membranlı veziküller ile başlar. Bu veziküller kargoyu içine alır ve onu lizozoma taşır. Otofajik vezikülün lizozom ile birleşmesinden sonra, kargo öğütülür ve bileşenleri geri dönüştürülür. PKC izozimleri tarafından düzenlenen sinyal yolları ayrıca otofaji mekanizmasında da rol oynar. Buna rağmen, otofaji ve PKC izoenzimleri arasındaki ilişki hala belirsizdir. Bu çalışmanın amacı, otofaji mekanizması sırasında PKC izozimlerinin hedeflediği yeni proteinleri bulmaktır. Bu amaçla, GFP-LC3 proteinini stabil olarak eksprese eden fare embriyonik fibroblast (MEF) transgenik hücrelerinde (MEF GFP-LC3) lentiviral shRNA kütüphanesi gen susturmak için kullanılmıştır. PKC izozimlerinin aktifleşmesi ile, otofajik sistem GFP-LC3 nokta sayısı, LC3 değişim analizi ve p62 birikimi ile incelenmiştir. Daha sonra pozitif klonlar seçildi ve genomik DNA'ları hedef gen dizilimi için izole edildi. Genler Sanger dizi analizi ile tanımlandı ve bunların PKC izozimleri ile ilişkileri RT-q-PCR yöntemi kullanılarak analiz edildi. Sonuç olarak, hedef genin otofaji düzenlemesindeki rolü, yaygın olarak kullanılan otofaji teknikleri ile belirlendi.
Özet (Çeviri)
Protein Kinase C (PKC) isozymes are serine/threonine kinases that are important for activation and/or inactivation of intracellular signaling pathways and therefore regulate cellular metabolism. Autophagy is a degradation mechanism functioning under basal conditions and activating under cellular stress including nutrient limitation, oxidative stress or abnormal protein accumulation. It is initiated by formation of double or multi-membrane vesicles in the cytoplasm. These vesicles engulf the cargo and carry it to the lysosome. After the fusion of autophagic vesicle with lysosomes, the cargo is degraded, and its constituents are recycled. The signaling pathways regulated by PKC isozymes are also involved in autophagy mechanism. However, the interaction between autophagy and PKC isozymes is still unclear. The aim of the study is to find novel proteins targeted by PKC isozymes during autophagy mechanism. For this aim, lentiviral shRNA library system was used for silencing of the genes in GFP-LC3 stably expressing mouse embryonic fibroblast (MEF) transgenic cells (MEF GFP-LC3). Upon activation of PKC isozymes, autophagic machinery was examined by GFP-LC3 puncta count, LC3 shift assay and p62 accumulation. Then the positive clones were selected, and their genomic DNA was isolated for target gene sequencing. The genes were identified with Sanger sequence analysis and their relationship with PKC isozymes were analyzed by using RT-q-PCR. Consequently, the role of target gene in the regulation of autophagy was determined by commonly used autophagy techniques.
Benzer Tezler
- Siklofosfamid ile sistit oluşturulan sıçanların detrusor düz kasında kasılma yanıtlarının mekanizmasının incelenmesi
Investigation of contraction mechanisms in detrusor smooth muscle of rats having cyclophosphamide-induced cystitis
MERVE DENİZALTI
Doktora
Türkçe
2015
Eczacılık ve FarmakolojiHacettepe ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEZAHAT TUĞBA KANDİLCİ
PROF. DR. İNCİ ERDEMLİ
- Investigation of novel geometrical design concepts for damping treatments
Enerji sönümleme tasarımları için özgün geometrik tasarım konseptlerinin incelenmesi
BERTUĞHAN ÇAVUŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Makine MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖKHAN OSMAN ÖZGEN
- Investigation of novel recessive causative genes and gene/allele frequency for CMT disease in Turkey
Çekinik CMT hastalığı için yeni genlerin araştırılması ve Türkiye'de CMT yapıcı gen/alel sıklığı incelemesi
AYŞE CANDAYAN
Doktora
İngilizce
2021
GenetikBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRA BATTALOĞLU
- Investigation of novel rnai and nanoparticle approaches for their anti-proliferative and drug-sensitizing effects in breast cancer
Meme kanserinde özgün rnai ve nanopartikül yaklaşımlarının anti proliferatif ve ilaç-hassasiyetine yönelik etkilerinin incelenmesi
ERMIRA JAHJA
Doktora
İngilizce
2017
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ÖZLEN KONU KARAKAYALI
- Karbonik anhidraz inhibitörleri olarak dioksoakridinin azotlu türevlerinin incelenmesi
Investigation of novel dioxoacridine nitrogenous derivates as new carbonic anhydrase inhibitors
DAMLA DEMİR