Construction of high-density genetic linkage map and QTL analysis using an interspecific F1 population in pistachio
Antepfıstığı türlerarası F1 populasyonunda yüksek yoğunlukta genetik haritanın eldesi ve QTL analizleri
- Tez No: 625494
- Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 138
Özet
Antepfıstığı (Pistacia vera L.), insan sağlığına faydalı ve ticari olarak sanayide önemli yeri olan, yenilebilir kabuklu meyvelerden biridir. Türkiye'de dahil olmak üzere dünyanın en önemli ağaç türlerinden biridir. Antepfıstığında ıslah programlarının uzun zaman alması, daha fazla emek istemesi, yüksek maliyet ve büyük arazi alanlarını işgal etmesi antepfıstığnın periyodisite ve uzun gençlik kısırlığı dönemi ile ilgili sorunlardan kaynaklanmaktadır. Islah programlarında bu tür kısıtlamaların üstesinden gelmek için moleküler yaklaşımlar gerekmektedir. Bu nedenle, bu çalışmanın amacı (i) P. vera cv. 'Ohadi' ve P. atlantica cv. 'Pa-18' ('Ohadi x Pa-18') arasında yapılan melezlemeden oluşturulmuş F1 populasyonu kullanılarak ilk SNP tabanlı yüksek yoğunluklu genetik bağlantı haritalarının oluşturulması ve (ii) antepfıstığında yaprak, sürgün ve çiçek salkımı özellikleri üzerine QTL analizlerinin yapılması amaçlanmıştır. Dişi 'Ohadi' çeşidinde toplam 1.407 SNP haritalanırken, erkek 'Pa-18' haritası toplam 2.518 SNP'ten oluşmuştur. 'Ohadi' haritasının toplam uzunluğu 1.122,2 cM ve ortalama uzunluğu 74,8 cM iken, 'Pa-18' haritasının toplam uzunluğu 1.307,2 cM ve ortalama uzunluğu 87,1 cM'dir. 'Ohadi' ve 'Pa-18' bağlantı haritalarında markör yoğunluğu sırasıyla cM başına 1,2 ve 1,9 markör bulunmuştur. 'Ohadi' haritasında bağlantı grubu başına ortalama 93,8 markör haritalanırken, 'Pa-18' haritasında ise bağlantı grubu başına ortalama 167,9 markör haritalanmıştır. 'Ohadi' haritasındaki üç bağlantı grubunda uç yaprakçık taban şekli, yaprak genişliği, ağaç kuvveti ve çiçek salkımı sapı uzunluğu ile ilgili toplam dört önemli QTL bulunmuştur. Bu araştırmadan elde edilen veriler antepfıstığı için gelecekte QTL analizi, moleküler ıslah ve genetik çalışmalar için çok yararlı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Pistachio (Pistacia vera L.) is one of the commercially most important cultivated fruit tree species around the world including Turkey due to its edible nuts having beneficial properties to human health as well as commercial importance in the industry. Cultivar breeding programs in pistachio take a long time, huge labor, high cost, and large land areas due to the alternate bearing and long juvenile period of pistachio. To mitigate such constraints in the breeding programs, the molecular approach is necessary to apply. Therefore, this study aimed (i) to construct the first SNP-based high-density genetic linkage maps using an interspecific F1 population derived from a cross between P. vera cv. 'Ohadi' and P. atlantica cv. 'Pa-18' ('Ohadi x Pa-18'), (ii) to perform QTL analysis in leaf, shoot and inflorescence traits in pistachio. To obtain the SNP markers, DArT-SeqTM genotyping-by-sequencing method was used. A total of 1,407 SNPs was mapped in the 'Ohadi' female, whereas the 'Pa-18' male map consisted of a total of 2,518 SNPs markers. The total length of the 'Ohadi' map was 1,122.2 cM with an average length of 74.8 cM, while the 'Pa-18' map was 1,307.2 cM in length with an average length of 87.1 cM. The marker density was 1.2 and 1.9 markers per cM in 'Ohadi' and 'Pa-18' linkage maps, respectively. 'Ohadi' map had an average of 93.8 markers per linkage group, while the 'Pa-18' map had an average of 167.9 markers per linkage group. A total of four significant QTLs that are related to terminal leaflet base, leaf width, tree vigor, and inflorescence rachis length were detected in three linkage groups in the 'Ohadi' genetic linkage map. The data generated in this study will be very useful and framework for further QTL analysis, molecular breeding, and genetic studies in the future for pistachio.
Benzer Tezler
- Construction of high-density genetic linkage maps and QTL analysis in almond
Bademde yüksek yoğunlukta genetik haritanın oluşturulması ve QTL analizi
AIBIBULA PAIZILA
Doktora
İngilizce
2020
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Cevizin SSR, SNP ve DArT markörleri ile yoğun genetik bağlantı haritasının oluşturulması
Construction of high density genetic linkage map of walnut by SSR, SNP AND DArT markers
SINA KEFAYATI
Doktora
Türkçe
2018
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
PROF. DR. MEHMET SÜTYEMEZ
- Farklı DNA markörleri kullanarak amasya elmasının doymuş genetik haritasının oluşturulması
Construction of high density genetic linkage map of amasya apple using different DNA markers
MURAT GÜNEY
Doktora
Türkçe
2016
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Zeytinde (Olea europaea L.) yeni nesil DNA dizileme teknolojisi ile geliştirilen SNP moleküler işaretleyicilerine dayalı genetik haritanın oluşturulması
Development of SNP markers using next generation DNA sequencing technologies and construction of a SNP based genetic map in olive
KÜBRA YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoteknolojiUludağ ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET İPEK
- Mikrosatellit markörleri ile Amasya elmasının genetik bağlantı gruplarının oluşturulması
Construction of genetic linkage groups of Amasya apple by microsatellite markers
ELMİRA ZİYA MOTALEBİ POUR