Geri Dön

Targeted next-generation sequencing of base excision repair genes for late-onset alzheimer's and parkinson disease's risk

Geç başlangıçlı alzheimer ve parkinson hastalığı riski için baz eksizyon tamir genlerinin hedeflenmiş yeni nesil dizilemesi

PDF İndir

  1. Tez No: 647705
  2. Yazar: TUĞÇE ERTÜZÜN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MELTEM MÜFTÜOĞLU
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Medeni Hukuk Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 149

Özet

Geç başlangıçlı Alzheimer hastalığı (LOAD) en yüksek prevelanslı multifaktöriyel nörodejeneratif bir hastalıktır. Oksidatif DNA hasarı ve baz eksizyon tamiri (BER) bozukluklarının LOAD etiyolojisi ve ilerlemesi üzerindeki rolleri bilinmektedir. Bununla birlikte, belirli BER genlerinin genetik varyantlarının LOAD hastalarında BER aktivitesinin azalmasına katkıda bulunup bulunmadığı ve LOAD'in risk, gelişme ve / veya ilerlemesi ile ilişkili olup olmadığı bilinmemektedir. Bu nedenle bu tez çalışmasında, insan urasil glikosilaz (UNG), insan endonükleaz VIII-benzeri DNA glikosilaz 1 (NEIL1) ve insan DNA polimeraz β (POLβ) 'nın promotörü, ekzon ve intron bölgeleri, hedeflenmiş yeni nesil sekanslama kullanılarak dizilendi. Türk LOAD hastaları ve yaş uyumlu kontrollerinin kan örnekleri, Brezilya LOAD hastalarının, yaş uyumlu ve yüksek patolojili kontrollerinin, temporal korteks (TC) ve beyincik (CE) post mortem dokuları çalışmaya dahil edildi. Ayrıca, sporadik Parkinson hastalığı (PD) hastalarının kan örnekleri de çalışmaya dahil edildi. Bilinen LOAD genetik risk faktörü olan Apoliprotein E (APOE) de BER gen varyantları ve APOE'nin birlikteliğini incelemek üzere sekanslandı. Türk LOAD hastanın kan örneklerinde rs1610925, rs2268406, rs80001089, rs1018782 ve rs1018783 varyantlarının ve LOAD-TC'de sadece UNG rs80001089'un istatistiksel olarak anlamlı derecede ilişkili olduğu bulunmuştur. Anlamlı UNG rs80001089 ve NEIL1 rs7182283 epistazı sadece LOAD TC örneklerinde rastlannıştur. APOE rs769446, PD ile ilişkili tek anlamlı varyanttır. Bu sonuçlar, APOE ε4 taşıyıcısı olmayanlarda önemli BER gen varyantlarının, LOAD riski ile ilişkili olabileceğini düşündürmektedir.

Özet (Çeviri)

Late-onset Alzheimer's disease (LOAD) is a multifactorial neurodegenerative disorder having the highest prevalence. The roles of base excision repair (BER) deficiency and accumulation of oxidative DNA damage on LOAD etiology and progression are known. However, it is not known whether genetic variant(s) of specific BER genes contribute to reduced BER activity in LOAD patients and whether they are associated with risk, development and/or progression of LOAD. Therefore in this thesis study, promoter, exon and intron regions of human uracil glycosylase (UNG), human endonuclease VIII-like DNA glycosylase 1 (NEIL1) and human DNA polymerase β (POLβ) were sequenced using targeted next-generation sequencing. Blood samples of Turkish LOAD patients, age-matched controls and temporal cortex (TC) and cerebellum (CE) post-mortem tissues of Brazilian LOAD patiens, high-pathology controls (hpCs) were included to this study. Also, sporadic Parkinson's disease (PD) patients' blood samples were included to this study. Apoliprotein E (APOE), the known LOAD genetic risk factor was also sequenced to study the association of BER gene variants and APOE. In Turkish LOAD patients' blood samples UNG rs1610925, rs2268406, rs80001089, rs1018782 and rs1018783 variants and in LOAD-TC only UNG rs80001089 are found to be statistically significantly related. Significant UNG rs80001089 and NEIL1 rs7182283 epistasis is found only in LOAD TC samples. APOE rs769446 is the only significant PD related variant. These results suggest, significant BER gene variants may be associated with the risk of LOAD in non-APOE ε4 carrier.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    464215

    Sporadik alzheimer hastalığında DNA hedef gen varyantlarının taranması

    Screening targeted DNA gene variations in sporadic alzheimer's disease

    TUĞÇE İLHAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    GenetikAcıbadem Üniversitesi

    Biyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MELTEM MÜFTÜOĞLU

    PROF. DR. MUSTAFA CENGİZ YAKICIER

  2. Tez No

    441755

    A multiplex primer design algorithm for target amplification of continuous genomic regions

    Kesiksiz genomik bölgelerin hedef çoğaltması için multipleks primer tasarım algoritması

    AHMET RAŞİT ÖZTÜRK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Sağlık Bilişimi Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TOLGA CAN

  3. Tez No

    503898

    Yaygın değişken immün yetersizlikte görülen genetik mutasyonlar ve bu mutasyonların hastalığın kliniği ve prognozu ile ilişkisi

    Başlık çevirisi yok

    HÜLYA YİLMAZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Üniversitesi-Cerrahpaşa

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUHLİS CEM AR

  4. Tez No

    643882

    Kalıtsal trombositopeni hastalarının hedeflenmiş yeni nesil dizi analizi sonuçlarının retrospektif olarak değerlendirilmesi

    Retrospective evaluation of targeted next‐generation sequencing panel of patients inherited thrombocytopenia patients

    SEMİH AŞIKOVALI

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    GenetikEge Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EMİN KARACA

  5. Tez No

    815749

    İnfertil erkeklerde paternal kalıtımla ilişkili endog geninin analizi

    Analysis of the endog gene associated with paternal inheritance in infertile men

    MEHMET ULAŞ BİLİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. TUBA GÜNEL

Geri Dön