Targeted next-generation sequencing of base excision repair genes for late-onset alzheimer's and parkinson disease's risk
Geç başlangıçlı alzheimer ve parkinson hastalığı riski için baz eksizyon tamir genlerinin hedeflenmiş yeni nesil dizilemesi
- Tez No: 647705
- Danışmanlar: PROF. DR. MELTEM MÜFTÜOĞLU
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Alzheimer hastalığı, DNA, DNA hasarı, Dizi analizi, Genetik varyasyon, Genler, Parkinson hastalığı, Polimorfizm-genetik, Alzheimer disease, DNA, DNA damage, Sequence analysis, Genetic variation, Genes, Parkinson disease, Polymorphism-genetic
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Medeni Hukuk Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Geç başlangıçlı Alzheimer hastalığı (LOAD) en yüksek prevelanslı multifaktöriyel nörodejeneratif bir hastalıktır. Oksidatif DNA hasarı ve baz eksizyon tamiri (BER) bozukluklarının LOAD etiyolojisi ve ilerlemesi üzerindeki rolleri bilinmektedir. Bununla birlikte, belirli BER genlerinin genetik varyantlarının LOAD hastalarında BER aktivitesinin azalmasına katkıda bulunup bulunmadığı ve LOAD'in risk, gelişme ve / veya ilerlemesi ile ilişkili olup olmadığı bilinmemektedir. Bu nedenle bu tez çalışmasında, insan urasil glikosilaz (UNG), insan endonükleaz VIII-benzeri DNA glikosilaz 1 (NEIL1) ve insan DNA polimeraz β (POLβ) 'nın promotörü, ekzon ve intron bölgeleri, hedeflenmiş yeni nesil sekanslama kullanılarak dizilendi. Türk LOAD hastaları ve yaş uyumlu kontrollerinin kan örnekleri, Brezilya LOAD hastalarının, yaş uyumlu ve yüksek patolojili kontrollerinin, temporal korteks (TC) ve beyincik (CE) post mortem dokuları çalışmaya dahil edildi. Ayrıca, sporadik Parkinson hastalığı (PD) hastalarının kan örnekleri de çalışmaya dahil edildi. Bilinen LOAD genetik risk faktörü olan Apoliprotein E (APOE) de BER gen varyantları ve APOE'nin birlikteliğini incelemek üzere sekanslandı. Türk LOAD hastanın kan örneklerinde rs1610925, rs2268406, rs80001089, rs1018782 ve rs1018783 varyantlarının ve LOAD-TC'de sadece UNG rs80001089'un istatistiksel olarak anlamlı derecede ilişkili olduğu bulunmuştur. Anlamlı UNG rs80001089 ve NEIL1 rs7182283 epistazı sadece LOAD TC örneklerinde rastlannıştur. APOE rs769446, PD ile ilişkili tek anlamlı varyanttır. Bu sonuçlar, APOE ε4 taşıyıcısı olmayanlarda önemli BER gen varyantlarının, LOAD riski ile ilişkili olabileceğini düşündürmektedir.
Özet (Çeviri)
Late-onset Alzheimer's disease (LOAD) is a multifactorial neurodegenerative disorder having the highest prevalence. The roles of base excision repair (BER) deficiency and accumulation of oxidative DNA damage on LOAD etiology and progression are known. However, it is not known whether genetic variant(s) of specific BER genes contribute to reduced BER activity in LOAD patients and whether they are associated with risk, development and/or progression of LOAD. Therefore in this thesis study, promoter, exon and intron regions of human uracil glycosylase (UNG), human endonuclease VIII-like DNA glycosylase 1 (NEIL1) and human DNA polymerase β (POLβ) were sequenced using targeted next-generation sequencing. Blood samples of Turkish LOAD patients, age-matched controls and temporal cortex (TC) and cerebellum (CE) post-mortem tissues of Brazilian LOAD patiens, high-pathology controls (hpCs) were included to this study. Also, sporadic Parkinson's disease (PD) patients' blood samples were included to this study. Apoliprotein E (APOE), the known LOAD genetic risk factor was also sequenced to study the association of BER gene variants and APOE. In Turkish LOAD patients' blood samples UNG rs1610925, rs2268406, rs80001089, rs1018782 and rs1018783 variants and in LOAD-TC only UNG rs80001089 are found to be statistically significantly related. Significant UNG rs80001089 and NEIL1 rs7182283 epistasis is found only in LOAD TC samples. APOE rs769446 is the only significant PD related variant. These results suggest, significant BER gene variants may be associated with the risk of LOAD in non-APOE ε4 carrier.
Benzer Tezler
- Sporadik alzheimer hastalığında DNA hedef gen varyantlarının taranması
Screening targeted DNA gene variations in sporadic alzheimer's disease
TUĞÇE İLHAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
GenetikAcıbadem ÜniversitesiBiyokimya ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELTEM MÜFTÜOĞLU
PROF. DR. MUSTAFA CENGİZ YAKICIER
- Yeni nesil dizilemenin herediter renal tübüler hastalıkların tanısındaki yeri
The role of next-generation sequencing in the diagnosis of hereditary renal tubular disorders
SÜMEYYE ŞANAL
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
GenetikNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE GÖKTAŞ
- Benchmarking somatic wes pipelines: A systematic evaluation of computational parameters and their clinical implications
Somatik wes boru hatlarının karşılaştırmalı değerlendirmesi: hesaplamalı parametrelerin ve klinik etkilerinin sistematik bir analizi
GÜL EDA AYDEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. MEHMET BAYSAN
- DNA methylation profiling by bisulfite sequencing in facioscapulohumeral muscular dystrophy (FSHD)
Fasiyoskapulohumeral musküler distrofi (FSHD)'de bisülfit dizilemesi ile DNA metilasyon profillemesi
MANAR KAPTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜLYA KAYSERİLİ
- Mal de Meleda (MDM) hastalığında SLURP1 geninin prime editing teknolojisi kullanılarak düzenlenmesi
Editing of the SLURP1 gene in Mal de Meleda (MDM) disease using prime editing technology
FEYZA MERMER