Identification of critical proteins associated with learning process for Down syndrome
Down sendromunda öğrenme sureci ile ilişkili kritik proteinlerin belirlenmesi
- Tez No: 648184
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TAMER DAĞ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Mühendislik Bilimleri, Genetics, Engineering Sciences
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 140
Özet
DS protein profilleri laboratuvarda biyokimyasal teknikler uygulayarak gözlemlenmektedir. Fakat, elde edilen protein listesi uzundur ve listedeki her protein DS ile alakalı değildir. Bu yüzden, DS analizi ve tedavisinde, protein ifade miktarları istatiksel metodlar ve makine öğrenmesi teknikleri uygulayarak analiz edilmektedir. Bu tezde, önceki çalışmalara kıyasla, farklı öndeğerlendirme adımları, özellik seçimi ve sınıflandırma teknikleri, farklı veri setleri için protein altkümeleri belirlenmesi için uygulanmıştır. Bu protein altkümeleri fareleri daha doğru şekilde ayrıştırır. Spesifik DS özelliklerinin kritik yolaklara etki eden bu altkümelerdeki proteinler tek tek analiz edildiğinde, seçilmiş proteinlerin öğrenme ve hafıza, sinyal yolakları, Alzheimer hastalığı, bağışıklık sistemi ve hücre ölümü gibi önemli süreçlerde rol aldığı gözlemlenmiştir. Bu tezde seçilen protein alt kümelerinden DS un farklı semptomlarını anlamak için yararlanılabilinir ve DS tedavisinde etkili ilaçlar geliştirmek için kullanılabilinir.
Özet (Çeviri)
The protein profiles of people with DS are observed by applying biochemical tech niques in laboratory. However, the list of analyzed proteins is long and not all proteins in list are not related to DS. Thus, for the analysis and the treatment of DS, protein expression levels have been analyzed by applying statistical procedures and machine learning techniques. In this thesis, compared to previous works, different preprocessing steps, feature selection and classification techniques are applied to define the subsets of proteins for datasets. These subsets differentiate mice more accurately. When these subsets which affect the critical pathways of specific DS aspects are analyzed, it is monitored that selected proteins have vital roles in the processes, such as apoptosis, learning and memory, signaling pathways, immune sys tem and Alzheimers disease (AD). The subsets of proteins selected in this thesis can be applied to interpret the causes of different symptoms in DS and can be utilized to foster effective drugs for the cure of DS.
Benzer Tezler
- A novel tool for the identification of locus-specific chromatin proteins
Lokusa özgü kromatin proteinleri tamınlanması için yeni bir araç
ANNA OGMEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. NEŞET CEVDET TOLGA EMRE
- Deniz ürünlerinin toplam antioksidan kapasitesinin spektroskopik tayini
Spectroscopic analysis of total antioxidant capacity of seafood products
ELENUR İMERT
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BİRSEN ÖZTÜRK
DOÇ. DR. DİLEK ÖZYURT
- Identification of interaction between septin3 and p60-katanin (KATNA1) proteins
Septin3 ve p60-katanin (KATNA1) proteinlerinin etkileşiminin aydınlatılması
BURCU SUCU
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Identification of drug targets towards prostate cancer
Prostat kanserine yönelik ilaç hedeflerinin tanımlanması
ELİF ESVAP
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyoteknolojiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ
- Meme kanseriyle ilişkili SFRP1 ve AXIN2 genlerine ait SNP'lerin biyoinformatik analizi
Bioinformatic analysis of SFRP1 and AXIN2 genes SNPs associated with breast cancer
GÜLŞAH ÜNAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyomühendislikSelçuk ÜniversitesiBiyomedikal Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ESMA ERYILMAZ DOĞAN