Engineering of bacteriophage M13 binding to inorganic surfaces as phage display ligands
İnorganik yüzeylere bağlanabilen bakteriyofajların faj gösterim ligandı olarak geliştirilmesi
- Tez No: 649076
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ERKAN MOZİOĞLU, PROF. DR. ZÜHTÜ TANIL KOCAGÖZ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Medikal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Bu tez çalışmasında, genetik mühendisliği araçları kullanılarak, silika ve biyotine bağlanabilen, M13 filamentöz bakteriyofajlarının tasarımı ve üretilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, silika ve biyotine özgü peptit ardışımlarının (sekanslarının) M13 bakteriyofajlarının pIII proteinlerine eklenmesi ve bu şekilde bakteriyofajların yüzeylerinde sergilenmesi hedeflenmiştir. İlgili peptit ardışımlarını kodlayacak DNA ardışımları belirlenmiş ve bir ucu genomik DNA ile eşlenik diğer ucu peptitleri kodlayacak DNA ardışımlarını içeren primerler tasarlanmıştır. Bu primerler ile bakteriyofajın genomu kalıp olarak kullanılarak ters polimeraz zincirleme tepkimesi (inverse PCR) yardımıyla ilgili peptit ardışımları, bakteriyofaj genomuna eklenmiştir. Bu doğrusal rekombinant DNA molekülleri, fosforlisayonun ve ligasyonun ardından E. coli bakterilerine aktarılmıştır. Gen aktarımlı bakteriler, X-gal ve IPTG içeren katı besiyerlerinde mavi koloniler olarak seçilmiş ve hedefe özgü primerler kullanılarak polimeraz zincirleme tepkimesi (PZT) yardımıyla doğrulanmıştır. Bu kolonilerden fajlar üretilmiş ve bu fajların enfeksiyon yetenekleri, bakterilerden fajmitlerin saflaştırılması yoluyla gösterilmiştir. Bu tez çalışması sırasında kullanılan yöntemler, faj gösterimi teknolojisinde kullanılan standart yöntemlerin değiştirilmesi ve iyileştirilmesinin yanı sıra bazı aşamalarda, tümüyle yeni tekniklerin geliştirilmesini kapsadığından, faj gösterimi ligandı olarak akılcı tasarım ile rekombinant bakteriyofajların üretimini hızlandıracak, basitleştirecek ve gerekli maliyeti azaltarak verimi arttıracak özgün teknikler geliştirilmiştir. Genetik mühendisliği ile elde edilmiş bu fajların, farklı peptitleri pVIII proteinlerinde sergileyecek şekilde iki işlevli veya çok işlevli olarak kullanılması tasarlanmaktadır. Bu sayede, faj gösterimi ligandı olarak bu fajlar, yeni nesil biyosensörlerin geliştirilmesinde araç olarak kullanılacaktır.
Özet (Çeviri)
In this thesis, it is aimed to design and obtain M13 filamentous bacteriophages specific to silica and biotin by using genetic engineering methods. For this purpose, silica and biotin-specific peptide sequences were fused into the pIII proteins of M13 bacteriophages, so they were displayed on the surfaces of the bacteriophages. Firstly, DNA sequences encoding the relevant peptide sequences were identified and primers containing DNA sequences complemented to the genomic DNA of M13 bacteriophage and coding specific peptide sequences were designed. Using these primers and inverse polymerase chain reaction, the peptide sequences were fused to the bacteriophage genome. After phosphorylation and ligation steps, they were transformed into Escherichia coli bacteria. Transformed bacteria were selected as blue colonies in solid media containing X-gal and IPTG. Phage production was performed by using the confirmed blue colonies. Phage infection abilities were verified by isolating phagemid DNA molecules after bacteria were infected by the recombinant phages. Instead of the standard protocols used for engineering of bacteriophages in the literature, modified strategies were developed in this thesis study. Therefore, we believe we provide a more rapid, easier, cheaper method for the engineering of bacteriophages with the rational design. These recombinant phages are intended to be used in the future to obtain new bifunctional or multifunctional new bacteriophages by functionalizing different peptides on the same phage. Then, as the phage display ligand, these phages will be used as tools for the development of new generation biosensors.
Benzer Tezler
- Development of bacteriophage nanoparticles for glycomics analysis by genetic engineering
Glikomiks analizine yönelik bakteriyofaj nanopartiküllerinin genetik mühendisliği ile geliştirilmesi
GÖKSU GÜR
Yüksek Lisans
İngilizce
2014
BiyomühendislikHacettepe ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. EDA ÇELİK AKDUR
- Kültür balıkçılığında patojen Photobacterium damselae subsp. piscicida bakterisine karşı litik bakteriyofajın araştırılması
Investigation of lytic bacteriophage against pathogenic Photobacterium damselae subsp. piscicida in aquaculture
ÖYKÜSU ATILGAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Gıda MühendisliğiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ OLCAY BOYACIOĞLU
- Characterization and production of lysin from MET P1-301 bacteriophage for biocontrol approaches against pathogenic Escherichia coli
Patojenik Escherichia coli'ye karşi biyokontrol yaklaşimlari için MET P1-301 bakteri̇yofajindan li̇zi̇n karakteri̇zasyonu ve üreti̇mi̇
AYŞENUR YÜCEFAYDALI
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YEŞİM SOYER KÜÇÜKŞENEL
- Salmonella prevalence on eggs and prevention strategy by bacteriophage
Yumurtalarda Salmonella yaygınlığı ve bakteriyofaj ile önleme stratejisi
EMRE KOÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YEŞİM SOYER
- Bakteriyofaj mikrokapsülasyonunun optimizasyonu ve mikrokapsüle bakteriyofajın yoğurt üretiminde kullanım olanaklarının araştırılması
Optimization of microcapsulation of bacteriophages and investigation of potential use of microencapsuled bacteriophages in yogurt production
FİRUZE ERGİN
Doktora
Türkçe
2019
Gıda MühendisliğiAkdeniz ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET KÜÇÜKÇETİN