Sepsis ön tanılı hastalarda tam kandan multipleks real time PCR ile hızlı etken tayininin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması
The comparison of the multiplex real time PCR method directly from whole blood with the conventional method for the etiological diagnosis in patients with pre-diagnosis of sepsis
- Tez No: 666543
- Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞE ESRA KARAKOÇ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2020
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Amaç: Bu çalışmada sepsis ön tanılı yoğun bakım ünitesi hastalarında sepsise yol açan etkeni erken saptayabilmek ve etkene yönelik tedaviye erken başlanmasını sağlayabilmek için tam kandan direkt multipleks real time (RT) PCR yöntemi ile etken tayininin konvansiyonel yöntemler ile kıyaslaması yapılarak erken tanı koyma sürecine olan katkısının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışma Kasım 2019- Ağustos 2020 tarihleri arasında Ankara Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi, Anesteziyoloji ve Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi (ARYBÜ) ve Tıbbi Mikrobiyoloji Bölümü'nde prospektif olarak gerçekleştirildi. Sepsis ön tanısı ile yatan 90 hasta çalışmaya dahil edildi. Sepsis tanı kriterlerine uyan hastalardan tam kan (mor kapaklı tüp-Vacusera K2EDTA (Disera, Türkiye)) ve en az iki set (ayrı venlerden) olacak şekilde aerob kan kültürü şişelerine asepsi şartlarına uyularak örnekler alındı. BACT/ALERT 3D (bioMerieux, Fransa) cihazına yüklenen kan kültür şişeleri pozitif/negatif sinyal verdikten sonra sepsis patojenleri panel kiti v1 (Anatolia, Türkiye) ile multipleks RT PCR ve konvansiyonel yöntemlerle çalışıldı. Kan kültürü şişelerinden ve tam kandan çalışılan multipleks RT PCR yöntemleri ile konvansiyonel yöntemlerin etken tanımlama ve raporlama süreleri istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 90 hastanın 41'i (%46) kadın, 49'u (%54) erkek ve yaş ortalaması 66,38 idi. Hastalardan 90 tam kan örneği ve 280 kan kültürü şişesi alındı. Hastaların 48'inde (%53) kaynağı belli olmayan sepsis ve 28'inde (%31) altta yatan en sık enfeksiyon kaynağının pnömoni olduğu saptandı. Sepsis ön tanılı hastalardan kan örneği alımı esnasında 73 hastanın (%81) antibiyotik tedavisi altında olduğu tespit edildi. Cilt flora bakterilerinin etken-kontaminant ayrımında KLİMUD Kan Dolaşımı Örnekleri Rehberi'ne göre değerlendirme yapıldı. Kan kültürü, sepsis etkenlerini saptamada altın standart yöntem olduğu için RT PCR yönteminin değerlendirilmesi kan kültürü referans alınarak yapıldı. Kan kültürü şişelerinden çalışılan RT PCR yönteminin duyarlılığı %89,58; özgüllüğü % 57,14; pozitif prediktif değeri % 70,49; negatif prediktif değeri %82,76 ve doğruluğu %74.44 bulundu (p=0,019). Kan kültürü RT PCR yönteminin etken bazında duyarlılıkları % 66,7 -100 ve özgüllükleri % 80,9– 100 arasında bulundu. Tam kan pcr yönteminin duyarlılığı %11,67; özgüllüğü %96,67; pozitif prediktif değeri % 87,50; negatif prediktif değeri % 35,37 ve doğruluğu % 40 bulundu (p=1,684). Çalışmada p değerinin
Özet (Çeviri)
Aim: In this study, it was aimed to evaluate the use of multiplex real time (RT) PCR method, which is directly studied from whole blood in intensive care unit patients with a pre-diagnosis of sepsis for the determination of the causative agent by comparing it with the conventional methods. Materials and Methods: The study was carried out prospectively in Ankara Health Practice and Research Center's, Anesthesiology and Reanimation Intensive Care Unit and the Department of Medical Microbiology between November 2019 and August 2020. Ninety patients hospitalized with a pre-diagnosis of sepsis were included in the study. Samples were collected as whole blood (purple cap tubes-Vacusera K2 EDTA (Disera, Turkey)) and at least two sets (from separate veins) of blood culture in aerobic blood culture bottles in accordance with aseptic conditions. After a positive / negative signal of the blood culture bottles loaded on the BACT / ALERT 3D (bioMerieux, France) system, all the bottles were studied with sepsis pathogens panel kit v1 (Anatolia, Turkey) by the multiplex RT-PCR method and were studied by conventional methods. The detection and reporting times of the multiplex RT PCR methods, which were run from blood culture bottles and whole blood, were statistically compared with the conventional methods. Results: In this study, 41 (46%) of the 90 patients were female, 49 (54%) were male and the mean age was 66,38. A total of 90 whole blood samples and 280 blood culture bottles were collected from the patients. Sepsis of unknown origin in 48 (53%) patients and in 28 of the patients (31%), pneumonia as the most common underlying infection source were determined. It was found that 73 patients (81%) were under antibiotic treatment at the time of blood sampling. An evaluation was made according to the KLIMUD Guideline for Blood Culture Samples for the determination of the results as the causative agent or as a contaminant of the skin flora. Since blood culture is the gold standard method for detecting sepsis pathogens, the RT PCR method was evaluated with reference to blood culture. The RT PCR method, which was run from blood culture bottles, was found to have a sensitivity as 89,58%; specificity 57,14%; positive predictive value 70,49%; negative predictive value 82,76% and accuracy 74,44% (p = 0,019). On the basis of the bacterial species, the sensitivity of blood culture RT PCR method was detected to be between 66,7 and 100% and the specificity between 80,9 and 100%. The RT PCR method, which was run from whole blood, was found to have a sensitivity of 11,67% and a specificity of 96,67%; positive predictive value 87,50%; negative predictive value 35,37% and accuracy 40% (p = 1,684). p value of
Benzer Tezler
- Yoğun bakım ünitesinde sistemik inflamatuar yanıt sendromu (SIRS) ve sepsis tanısı ile izlenen hastaların serum mannoz - bağlayan lektin düzeyleri ve mannoz - bağlayan lektin polimorfizminin prognoza etkisinin araştırılması
Başlık çevirisi yok
FATIMA MERVE KAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Klinik Bakteriyoloji ve Enfeksiyon HastalıklarıAdnan Menderes ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞERİFE BARÇIN ÖZTÜRK
- Sepsis ilişkili akut böbrek hasarını öngörmede SIRS ve qSOFA kriterlerinin karşılaştırılması
Comparison of SIRS and qSOFA criteria for predicting sepsis associated acute kidney injury
ÖZLEM ALKAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
NefrolojiMarmara Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İZZET HAKKI ARIKAN
- KoAH tanılı ve steroid kullanan hastaların enfeksiyon kaynaklı acil servis başvurularının prospektif değerlendirilmesi
Prospective evaluation of infection-induced emergency department applications in patients diagnosed with copd and using steroids
TALHA KARAHAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
İlk ve Acil YardımÇukurova ÜniversitesiAcil Tıp Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEZİHAT RANA DİŞEL
- Böbrek biyopsisi ile proliferatif glomerülonefrit tanısı almış olan hastalarda tanı anındaki ve takip hemogram parametrelerinin böbrek sağ kalımını öngörmede etkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the effect of basal and follow-up hemogram parameters on predicting kidney survival in patients diagnosed with renal biopsy as proliferative glomerulonephritis
GULJAHAN HATAMOVA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2022
NefrolojiEge Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MUMTAZ YILMAZ
- Konjenital duodenal obstrüksiyonlu olgularda mortalite ve morbiditeyi etkileyen faktörlerin belirlenmesi
Determination of factors affecting mortality and morbidity in patients with congenital duodenal obstruction
EMEL ÇOLAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2017
Çocuk CerrahisiSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Cerrahisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞENUR CELAYİR