Geri Dön

Sepsis ön tanılı hastalarda tam kandan multipleks real time PCR ile hızlı etken tayininin konvansiyonel yöntemlerle karşılaştırılması

The comparison of the multiplex real time PCR method directly from whole blood with the conventional method for the etiological diagnosis in patients with pre-diagnosis of sepsis

  1. Tez No: 666543
  2. Yazar: GİZEM ERDOĞAN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. AYŞE ESRA KARAKOÇ
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
  10. Enstitü: Ankara Eğitim ve Araştırma Hastanesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 95

Özet

Amaç: Bu çalışmada sepsis ön tanılı yoğun bakım ünitesi hastalarında sepsise yol açan etkeni erken saptayabilmek ve etkene yönelik tedaviye erken başlanmasını sağlayabilmek için tam kandan direkt multipleks real time (RT) PCR yöntemi ile etken tayininin konvansiyonel yöntemler ile kıyaslaması yapılarak erken tanı koyma sürecine olan katkısının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışma Kasım 2019- Ağustos 2020 tarihleri arasında Ankara Sağlık Uygulama ve Araştırma Merkezi, Anesteziyoloji ve Reanimasyon Yoğun Bakım Ünitesi (ARYBÜ) ve Tıbbi Mikrobiyoloji Bölümü'nde prospektif olarak gerçekleştirildi. Sepsis ön tanısı ile yatan 90 hasta çalışmaya dahil edildi. Sepsis tanı kriterlerine uyan hastalardan tam kan (mor kapaklı tüp-Vacusera K2EDTA (Disera, Türkiye)) ve en az iki set (ayrı venlerden) olacak şekilde aerob kan kültürü şişelerine asepsi şartlarına uyularak örnekler alındı. BACT/ALERT 3D (bioMerieux, Fransa) cihazına yüklenen kan kültür şişeleri pozitif/negatif sinyal verdikten sonra sepsis patojenleri panel kiti v1 (Anatolia, Türkiye) ile multipleks RT PCR ve konvansiyonel yöntemlerle çalışıldı. Kan kültürü şişelerinden ve tam kandan çalışılan multipleks RT PCR yöntemleri ile konvansiyonel yöntemlerin etken tanımlama ve raporlama süreleri istatistiksel olarak karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 90 hastanın 41'i (%46) kadın, 49'u (%54) erkek ve yaş ortalaması 66,38 idi. Hastalardan 90 tam kan örneği ve 280 kan kültürü şişesi alındı. Hastaların 48'inde (%53) kaynağı belli olmayan sepsis ve 28'inde (%31) altta yatan en sık enfeksiyon kaynağının pnömoni olduğu saptandı. Sepsis ön tanılı hastalardan kan örneği alımı esnasında 73 hastanın (%81) antibiyotik tedavisi altında olduğu tespit edildi. Cilt flora bakterilerinin etken-kontaminant ayrımında KLİMUD Kan Dolaşımı Örnekleri Rehberi'ne göre değerlendirme yapıldı. Kan kültürü, sepsis etkenlerini saptamada altın standart yöntem olduğu için RT PCR yönteminin değerlendirilmesi kan kültürü referans alınarak yapıldı. Kan kültürü şişelerinden çalışılan RT PCR yönteminin duyarlılığı %89,58; özgüllüğü % 57,14; pozitif prediktif değeri % 70,49; negatif prediktif değeri %82,76 ve doğruluğu %74.44 bulundu (p=0,019). Kan kültürü RT PCR yönteminin etken bazında duyarlılıkları % 66,7 -100 ve özgüllükleri % 80,9– 100 arasında bulundu. Tam kan pcr yönteminin duyarlılığı %11,67; özgüllüğü %96,67; pozitif prediktif değeri % 87,50; negatif prediktif değeri % 35,37 ve doğruluğu % 40 bulundu (p=1,684). Çalışmada p değerinin

Özet (Çeviri)

Aim: In this study, it was aimed to evaluate the use of multiplex real time (RT) PCR method, which is directly studied from whole blood in intensive care unit patients with a pre-diagnosis of sepsis for the determination of the causative agent by comparing it with the conventional methods. Materials and Methods: The study was carried out prospectively in Ankara Health Practice and Research Center's, Anesthesiology and Reanimation Intensive Care Unit and the Department of Medical Microbiology between November 2019 and August 2020. Ninety patients hospitalized with a pre-diagnosis of sepsis were included in the study. Samples were collected as whole blood (purple cap tubes-Vacusera K2 EDTA (Disera, Turkey)) and at least two sets (from separate veins) of blood culture in aerobic blood culture bottles in accordance with aseptic conditions. After a positive / negative signal of the blood culture bottles loaded on the BACT / ALERT 3D (bioMerieux, France) system, all the bottles were studied with sepsis pathogens panel kit v1 (Anatolia, Turkey) by the multiplex RT-PCR method and were studied by conventional methods. The detection and reporting times of the multiplex RT PCR methods, which were run from blood culture bottles and whole blood, were statistically compared with the conventional methods. Results: In this study, 41 (46%) of the 90 patients were female, 49 (54%) were male and the mean age was 66,38. A total of 90 whole blood samples and 280 blood culture bottles were collected from the patients. Sepsis of unknown origin in 48 (53%) patients and in 28 of the patients (31%), pneumonia as the most common underlying infection source were determined. It was found that 73 patients (81%) were under antibiotic treatment at the time of blood sampling. An evaluation was made according to the KLIMUD Guideline for Blood Culture Samples for the determination of the results as the causative agent or as a contaminant of the skin flora. Since blood culture is the gold standard method for detecting sepsis pathogens, the RT PCR method was evaluated with reference to blood culture. The RT PCR method, which was run from blood culture bottles, was found to have a sensitivity as 89,58%; specificity 57,14%; positive predictive value 70,49%; negative predictive value 82,76% and accuracy 74,44% (p = 0,019). On the basis of the bacterial species, the sensitivity of blood culture RT PCR method was detected to be between 66,7 and 100% and the specificity between 80,9 and 100%. The RT PCR method, which was run from whole blood, was found to have a sensitivity of 11,67% and a specificity of 96,67%; positive predictive value 87,50%; negative predictive value 35,37% and accuracy 40% (p = 1,684). p value of

Benzer Tezler

  1. Sepsis ilişkili akut böbrek hasarını öngörmede SIRS ve qSOFA kriterlerinin karşılaştırılması

    Comparison of SIRS and qSOFA criteria for predicting sepsis associated acute kidney injury

    ÖZLEM ALKAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    NefrolojiMarmara Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İZZET HAKKI ARIKAN

  2. KoAH tanılı ve steroid kullanan hastaların enfeksiyon kaynaklı acil servis başvurularının prospektif değerlendirilmesi

    Prospective evaluation of infection-induced emergency department applications in patients diagnosed with copd and using steroids

    TALHA KARAHAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    İlk ve Acil YardımÇukurova Üniversitesi

    Acil Tıp Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NEZİHAT RANA DİŞEL

  3. Böbrek biyopsisi ile proliferatif glomerülonefrit tanısı almış olan hastalarda tanı anındaki ve takip hemogram parametrelerinin böbrek sağ kalımını öngörmede etkisinin değerlendirilmesi

    Evaluation of the effect of basal and follow-up hemogram parameters on predicting kidney survival in patients diagnosed with renal biopsy as proliferative glomerulonephritis

    GULJAHAN HATAMOVA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    NefrolojiEge Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MUMTAZ YILMAZ

  4. Konjenital duodenal obstrüksiyonlu olgularda mortalite ve morbiditeyi etkileyen faktörlerin belirlenmesi

    Determination of factors affecting mortality and morbidity in patients with congenital duodenal obstruction

    EMEL ÇOLAK

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    Çocuk CerrahisiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Çocuk Cerrahisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞENUR CELAYİR