Yoğun bakımda sepsis ön tanısı ile takip edilen hastalarda tam kandan multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) yöntemi ile kan kültürü sonuçlarının karşılaştırılması
Comparison of blood culture results with a whole-blood multiplex real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) method in intensive care unit patients with suspected sepsis
- Tez No: 970420
- Danışmanlar: PROF. DR. MURAT ARAL
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Sepsis, tam kan, kan kültürü, multipleks RT PCR, sepsis panel, direnç geni, Sepsis, Whole blood, blood culture, multiplex RT PCR, sepsis panel, resistance gene
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Ankara Etlik Şehir Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Yoğun Bakımda Sepsis Ön Tanısı ile Takip Edilen Hastalarda Tam Kandan Multipleks Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) Yöntemi ile Kan Kültürü Sonuçlarının Karşılaştırılması Türkiye Cumhuriyeti Sağlık Bakanlığı Ankara Etlik Şehir Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Uzmanlık Tezi Ankara, 2025 Amaç: Sepsis, dünya çapında yüksek mortalite ve morbiditeye yol açan ve bu nedenle hızlı tanı ile tedavi gerektiren önemli bir sağlık sorunudur. Bu çalışmanın amacı, sepsis şüphesi olan erişkinlerde tam kandan uygulanan multipleks gerçek zamanlı PZR panelinin etken tanımlama ve başlıca antibiyotik direnç genlerini saptamadaki tanısal performansını kan kültürüyle karşılaştırmak ve her iki yöntemin sonuç raporlama sürelerini değerlendirerek, panelin hasta yönetimine olası katkısını ortaya koymaktır. Gereç ve Yöntem: Yoğun bakımda sepsis ön tanısıyla izlenen 123 hastadan eş zamanlı olarak 504 kan kültürü şişesi ve 123 tam kan örneği çalışmaya alındı. Kan kültürleri rutin iş akışına göre işlendi; izole edilen etkenler MALDI-TOF ile tanımlandı ve antibiyotik duyarlılık testleri BD Phoenix M50 (Becton Dickinson, ABD) otomatik sistemiyle yapıldı. Eş zamanlı alınan tam kan örnekleri, üretici önerilerine uygun olarak Bio-Rad CFX96 Touch-Connect cihazında gerçek zamanlı multipleks PCR esaslı Bio-Speedy® Sepsis qPCR MX-30S (Bioeksen, Türkiye) paneliyle çalışıldı. İki yöntem; etken tanımlaması, saptanan direnç profillerinin uyumluluğu ve sonuç raporlama süreleri açısından karşılaştırıldı. Bulgular: Çalışmaya dâhil edilen 123 hastanın 54'ü (%43,9) kadın, 69'u (%56,1) erkekti; ortalama yaş 70,1 yıldı. En sık enfeksiyon odağı alt solunum yolu idi (49/123; %39,8). Örnekleme sırasında hastaların %92,7'si (114/123) antibiyotik xi tedavisi altındaydı. Cilt florası kaynaklı olası kontaminasyonlar KLİMUD Kan Dolaşımı Örnekleri Rehberi'ne göre değerlendirildi. Kan kültürü referans alınarak tam kandan multipleks RT-PCR panelinin performansı değerlendirildiğinde; duyarlılığı %17,07, özgüllüğü %78,04, pozitif öngörü değeri %28; negatif öngörü değeri %65,3 ve doğruluğu %57,72 olarak hesaplandı. Panel ile altı tam kan örneğinde toplam dokuz direnç geni saptandı ve bu örneklerin üçünde (%50) fenotipik antibiyogram ile uyum gözlendi. Kan kültürü negatif üç olgunun ikisinde yara/aspirat kültürüne ait antibiyogram sonucu, genotipik direnç ile uyumlu bulundu, birinde ise doğrulama yapılamadı. Raporlama süreleri açısından, kan kültürü medyanı 122,9 saat, RT-PCR medyanı 4,22 saatti; RT-PCR, kan kültürüne kıyasla medyan 118 saat 41 dakika daha kısa sürede sonuç verdi. Sonuç: Bulgularımız, kritik hastalarda tam kandan uygulanan multipleks RTPCR sepsis panelinin hızlı ve etkili patojen saptamada anlamlı bir potansiyel taşıdığını göstermektedir. Bununla birlikte, yöntemin duyarlılığını artırmak için; örneklemenin antibiyotik başlanmadan önce yapılması, ekstraksiyon öncesinde konak (insan) DNA yükünün azaltılması ve PCR inhibisyonunu en aza indiren ön-analitik adımların uygulanması gibi metodolojik iyileştirmelere ihtiyaç duyulmaktadır. Bu nedenle, multipleks RT-PCR'ın kan kültürünün yerine geçmekten ziyade, özellikle erken klinik kararların gerektiği durumlarda, kültürü tamamlayıcı bir tanısal araç olarak konumlandırılması önerilir.
Özet (Çeviri)
Comparison of Blood Culture Results with a Whole-Blood Multiplex Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) Method in Intensive Care Unit Patients with Suspected Sepsis The Republic of Türkiye Ministry of Health Ankara Etlik City Hospital Medical Microbiology, Residency Thesis Ankara, 2025 Objective: Sepsis is a major health problem that leads to high mortality and morbidity worldwide and therefore requires rapid diagnosis and treatment. The aim of this study is to compare, in adults with suspected sepsis, the diagnostic performance of a multiplex real-time PCR panel performed directly on whole blood for pathogen identification and detection of major antibiotic resistance genes with that of blood culture, and, by evaluating the result reporting times of both methods, to demonstrate the panel's potential contribution to patient management. Materials and Methods: From 123 patients monitored in the intensive care unit with a preliminary diagnosis of sepsis, 504 blood culture bottles and 123 wholeblood samples collected simultaneously were included in the study. Blood cultures were processed according to the routine workflow; isolated pathogens were identified by MALDI-TOF, and antibiotic susceptibility testing was performed using the BD Phoenix M50 (Becton Dickinson, USA) automated system. The simultaneously collected whole-blood samples were tested, in accordance with the manufacturer's recommendations, on the Bio-Rad CFX96 Touch-Connect instrument using the realtime multiplex PCR-based Bio-Speedy® Sepsis qPCR MX-30S (Bioeksen, Turkey) panel. The two methods were compared in terms of pathogen identification, concordance of detected resistance profiles, and result reporting times. Results: Of the 123 patients included in the study, 54 (43.9%) were female and 69 (56.1%) were male; the mean age was 70.1 years. The most frequent site of infection was the lower respiratory tract (49/123; 39.8%). At the time of sampling, xiii 92.7% (114/123) of patients were receiving antibiotic therapy. Possible skin flora– related contaminations were assessed according to the KLİMUD Bloodstream Specimens Guide. Using blood culture as the reference, the performance of the multiplex real-time RT-PCR panel performed directly on whole blood was as follows: sensitivity 17.07%, specificity 78.04%, positive predictive value 28%, negative predictive value 65.3%, and accuracy 57.72%. With the panel, a total of nine resistance genes were detected in six whole-blood samples, and concordance with the phenotypic antibiogram was observed in three (50%) of these samples. In two of the three blood culture–negative cases, the antibiogram results from wound/aspirate cultures were consistent with the genotypic resistance; in one case, verification could not be performed. With respect to reporting times, the median for blood culture was 122.9 hours and for RT-PCR was 4.22 hours; RT-PCR yielded results a median of 118 hours and 41 minutes earlier than blood culture. Conclusion: Our findings indicate that a multiplex RT-PCR sepsis panel performed directly on whole blood carries meaningful potential for rapid and effective pathogen detection in critically ill patients. Nevertheless, to enhance the method's sensitivity, methodological improvements are needed, such as performing sampling before the initiation of antibiotics, reducing the host (human) DNA load prior to extraction, and implementing pre-analytical steps that minimize PCR inhibition. Therefore, rather than replacing blood culture, multiplex RT-PCR is recommended to be positioned as a complementary diagnostic tool, particularly in situations where early clinical decisions are required.
Benzer Tezler
- Afyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversite Hastanesi dahili Yoğun bakım ünitesinde yatan hastalarda nötrofil/lenfosit oranı, anemi ve trombositopeninin mortalite üzerine etkisi
Afyonkarahisar health sciences Universitythe effect of neutrophil/lymphocyte ratio, anemiaand thrombocytopenia on mortality in patientsinstalled in the intensive care unit of the hospital
SULTAN TATAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
İç HastalıklarıAfyonkarahisar Sağlık Bilimleri Üniversitesiİç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SEMİHA ORHAN
- HELLP sendromu (Hemoliz, yükselmiş karaciğer enzimleri ve düşük trombosit sayısı) olan 75 gebede maternal morbidite ve mortalite
Maternal morbidity and mortality in 75 patients suffering from HELLP syndrome (Hemolysis, elevated liver enzymes and low platelets)
HAKAN GÜRBÜZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
1998
Kadın Hastalıkları ve Doğumİstanbul ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YILDIRIM ALKAN
- Tekrarlayan sepsis olgularının klinik, laboratuvar ve prognoz açısından irdelenmesi
Examination of recurrent sepsis cases in terms of clinical, laboratory and prognosis
EMİNE ARMAN FIRAT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Bakteriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLHAMİ ÇELİK
- Konjenital kalp hastalığı tanılı yenidoğanlarda tromboz gelişmesini etkileyen risk faktörlerinin değerlendirilmesi
Assessment of risk factors affecting thrombosis development in neonates diagnosed with congenital heart disease
BÜŞRA KARTAL DUVARCI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıSağlık Bilimleri ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. DİLEK DİLLİ