Geri Dön

Intramolecular hydrogen bonding in cyclic peptides and depsipeptides

Başlık çevirisi mevcut değil.

  1. Tez No: 682650
  2. Yazar: ÖMER MİRAÇ APAYDIN
  3. Danışmanlar: DR. LASZLO FABİAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyofizik, Biyokimya, Fizik ve Fizik Mühendisliği, Biophysics, Biochemistry, Physics and Physics Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2020
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: University of East Anglia
  10. Enstitü: Yurtdışı Enstitü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 28

Özet

Most of the cyclic peptides (CPs) and depsipeptides (CDPs) have low oral bioavailability. Intramolecular hydrogen bonds (IMHBs) in CPs/CDPs can increase their bioavailability. By investigating crystal structures in Cambridge Structural Database (CSD), 143 CPs and 19 CDPs containing IMHBs were identified. CPs with odd-numbered amino acids (aa) contain IMHBs at a higher ratio. Examination of aa showed that existence of alanine was positively affecting and existence of glycine was negatively affecting the IMHB formation. There are 326 H-bonded pseudo-rings in CPs, 58% of which are 10-membered rings (C10) and 17% of which are 14-membered rings (C14). Observation of C14 was unexpected. Among all peptides deposited to CSD, C10 are the most likely rings to be observed, with 43% frequency. Ramachandran plots of φ/ψ torsions in different pseudo-rings revealed the conformational preferences of these rings. Molecular dynamic simulations were run on a selected CP with two different force fields (RSFF2 and ff19SB) for 50 ns. RSFF2 was found to better reproduce the crystal structure conformation of CP. It was mostly stable during the simulation but partially lost its rigidity after some time.

Özet (Çeviri)

Özet çevirisi mevcut değil.

Benzer Tezler

  1. Intramolecular hydrogen bonding incyclic peptides and depsipeptides

    Başlık çevirisi yok

    ÖMER MİRAÇ APAYDIN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    BiyokimyaUniversity of East Anglia

    DR. LASZLO FABİAN

  2. Dört yeni makrosiklik vic - dioksimin sentezi ve komplekslerinin incelenmesi

    Başlık çevirisi yok

    KEMAL KARADENİZ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1983

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF. DR. ÖZER BEKAROĞLU

  3. Yeni bir sübstitüe vicdiaminoglioksim ve komplekslerinin sentez ve özelliklerinin incelenmesi

    Synthesis and properties of a new substite vic-diaminoglyoxime and complexes

    ŞEBNUR MEREY

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1993

    Kimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    PROF.DR. ÖZER BEKAROĞLU

  4. Quantum aspects of molecular correlations in biological catalysis

    Biyolojik katalizde moleküler ilintilerin kuantum doğası

    ONUR PUSULUK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyofizikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Fizik Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. KEREM CANKOÇAK

    PROF. DR. CEMSİNAN DELİDUMAN

  5. 1,3-difenil-4,5-bis(hidroksiimino)-imidazolidin ve Ni(II), Cu(II), Pd(II), UO2(VI) komplekslerinin sentezi

    Başlık çevirisi yok

    VEFA AHSEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    1984

    Kimya MühendisliğiUludağ Üniversitesi

    Kimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ÖZER BEKAROĞLU