Farklı kanser hücrelerinde LNCRNA CCAT1'in MXD1 geni ile etkileşimi
Interaction of LNCRNA CCAT1 and MXD1 gene in different cancer cells
- Tez No: 694158
- Danışmanlar: PROF. DR. SİBEL OĞUZKAN BALCI
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gaziantep Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 89
Özet
Kanser, günümüzde önemli bir toplum sağlığı problemi olup dünya çapında önde gelen ölüm nedenlerinden biri durumundadır. Kanserin moleküler temeli geniş çaplı araştırılmış olmasına rağmen, kanser oluşumu ve ilerlemesine dair bilgilerimiz hala yetersizdir. Uzun kodlamayan RNA'lar (lncRNA'lar), 200 nükleotidden uzun, protein kodlamayan RNA molekülleridir. Uzun kodlamayan RNA'lar, hem transkripsiyonel hem de translasyonel seviyede gen ifadesinin düzenlenmesinde rol almaktadırlar. LncRNA'ların mutasyonları ve yanlış düzenlenmeleri ile kanserin aşamaları arasında ilişki olduğu tespit edilmiştir. Son zamanlarda yapılan çalışmalarla, çeşitli kanser türleri ile ilişkili olan CCAT1 lncRNA'nın MYC geninin kromatin etkileşimlerini düzenlediği saptanmıştır. MYC proto-onkogeni, normal hücre davranışını pek çok yönden etkileyen MYC/MAX/MXD1 ağının bir üyesidir. MYC-MAX kompleksi, dizilim-özgü DNAbağlanma kompleksi oluşturarak transkripsiyonel etkinleştirici olarak görev yapmakta, MXD1 ise MYC ile yarışmalı olarak MAX'a bağlanır ve transkripsiyonel baskılayıcı olarak etki etmektedir. Çalışmamızda, CCAT1 lncRNA ve MXD1 geni arasındaki etkileşimi araştırmak amaçlanmıştır. Bu amaçla, farklı kanser hücre hatları, CCAT1 siRNA ve MXD1 siRNA ile ayrı ayrı transfekte edilmiştir ve CCAT1 lncRNA, MXD1 ve MYC genlerinin ifade seviyelerindeki değişimleri saptamak için RT-PCR yöntemi kullanılmıştır. Apoptoz ve hücre döngüsü üzerine etkileri ise akış sitometrik analiz yöntemi ile araştırılmıştır. Ayrıca, CCAT1 ile MXD1 arasındaki olası etkileşimi araştırmak için, iki farklı biyoinformatik analiz yöntemi kullanılmıştır. Sonuç olarak, A549 hücre hattında CCAT1 lncRNA ve MXD1 geninin arasında direk veya dolaylı olarak zıt etkileşimleri olabileceği saptanmıştır. Bu etkileşim yaptığımız biyoinformatik analizlerle desteklenmiştir. Uzun kodlamayan RNA'ların kanser oluşumundaki moleküler mekanizmalarının anlaşılmasına dair yapılan çalışmalar, lncRNA'ların biyobelirteç olarak kullanılabilmesine ve kansere karşı yeni tedavi stratejilerinin geliştirilmesine olanak sağlama potansiyeline sahiptir.
Özet (Çeviri)
Cancer is a major public health problem and is one of the leading causes of death worldwide. Cancer formation and progression are still not well-known processes despite extensive research of molecular basis of cancer. Long non-coding RNAs (lncRNAs) are non-coding RNA molecules longer than 200 nucleotides. LncRNAs are involved in the regulation of gene expression at the transcriptional and translational levels. Mutations and misregulation of lncRNAs are found to be related with several stages of cancer. Acording to recent studies, CCAT1 lncRNA was found to regulate chromatin interactions of the MYC gene. The MYC proto-oncogene is a member of the MYC/MAX/MXD1 network that affects normal cell behaviours in many aspects. MYC-MAX complex acts as a transcriptional activator by forming sequence-specific DNA-binding complex while MXD1 binds to MAX via competiting with MYC and acts as a transcriptional repressor. In our study, it was aimed to investigate the interaction between CCAT1 lncRNA and MXD1 genes. For this purpose, different cancer cell lines were transfected with CCAT1 siRNA and MXD1 siRNA separately and the changes in expression levels of CCAT1 lncRNA, MXD1 and MYC genes were analyzed by RTPCR method. The effects on apoptosis and cell cycle were investigated by flow cytometric analysis method. In addition, two different bioinformatics analysis methods were used to investigate the possible interaction between CCAT1 and MXD1. As a result, it was determined that there may be direct or indirect opposite interactions between CCAT1 lncRNA and MXD1 gene in A549 cell line. This interaction is supported by bioinformatics analysis. Studies on understanding the molecular mechanisms of long non-coding RNAs in cancer formation will enable the development of lncRNAs as diagnostic markers or new treatment strategies against cancer.
Benzer Tezler
- Prostat kanserinde LNCRNA MEG3'ün RB1 ile ilişkili genler üzerindeki rolü
Role of LNCRNA MEG3 on RB1 related genes in prostate cancer
YUNUS ŞAHİN
- Connections between the circadian clock and cellular stress in cancer cells
Kanser hücrelerinde sirkadiyen saat ve hücresel stres arasındaki bağlantılar
HANDAN KÜLAHLI
Doktora
İngilizce
2021
Moleküler TıpGebze Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NURİ ÖZTÜRK
- Meme kanseri hücre hatlarında sisplatin ve juglonun etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of cisplatin and juglone on breast cancer cell lines
SACİDE ÇAKAL
Yüksek Lisans
Türkçe
2023
Tıbbi BiyolojiPamukkale ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SELDA ŞİMŞEK
- Uzun kodlamayan RNA ZEB2NAT‟ın MCF7 ve MDA-MB-231 meme kanseri hücre hatlarında EMT, metastaz ve apoptoz üzerinden etkilerinin araştırılması
Investigation of the effects of long noncoding RNA ZEB2NAT via EMT, metastasis and apoptosis in MCF7 and MDA-MB-231 breast cancer cell lines
CANAN EROĞLU
Doktora
Türkçe
2019
Tıbbi BiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERCAN KURAR
- Molecular characterization of the GTF2A-1 antisense long non coding RNA
Gtf2A-1'in antisens uzun kodlamayan RNA'sının moleküler karakterizasyonu
MURAT CANER YARIMÇAM
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
Biyokimyaİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BÜNYAMİN AKGÜL