Setd3-dependent gene expression changes during endoderm differentiation of mouse embryonic stem cells
Fare embriyonik kök hücrelerinin endoderme farklılaşması sırasında setd3 proteinine bağımlı gen ifadesi değişimleri
- Tez No: 714873
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ NİHAL TERZİ ÇİZMECİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Endoderm, Epigenetik, Hücre farklılaşması, Kök hücreler, Pluripotent kök hücreler, Endoderm, Epigenetic, Cell differentiation, Stem cells, Pluripotent stem cells
- Yıl: 2022
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Fare embriyonik kök hücreleri (EKH) kendi kendilerini yenileyebilen, pluripotent hücrelerdir. EKH'ler embriyonik gelişim sırasında üç ilkel tabaka olan mezoderm, endoderm, ve ektoderme farklılaşabilirler. Embriyonik gelişim gen ifadesi değişimlerinin zaman ve hücrelerin bulundukları yere bağlı olarak çok sıkı bir şekilde kontrol edildiği bir süreçtir. Embriyonik gelişimin gastrulasyon aşamasında, Wnt, Nodal, ve BMP sinyal yolaklarının ortak çalışması ile ilkel çizgi oluşumu, ve sonrasında da endoderm tabakasının oluşması sağlanır. Bu süreçte ana pluripotentlik ağının kapatılarak, ilkel tabakalara özgü ifade ağlarının açılması gereklidir; bu da kromatin temelli regülasyon ile sağlanır. SETD3, SET bölgesi içeren, hem histonları hem de histon olmayan proteinleri hedef alabilen bir metiltransferazdır. Daha önceki bir shRNA taramamızda SETD3'ün mesendoderm farklılaşması için gerekli faktörlerden biri olduğunu belirledik. Setd3 silinmiş EKH'ler in vitro koşullarda mesendoderm farklılaşmasını sağlayacak öncül transkripsiyon faktörlerinin ifadesini arttıramamaktadırlar. Bu projede, endoderm farklılaşması sırasında SETD3'e bağımlı gen ifadesi değişimlerini tespit etmeyi amaçladık. Bu amaçla endoderm farklılaşması deneyleri yaptık ve RNA-sekanslama yöntemini kullanarak SETD3 yokluğunda endoderm farklılaşması sırasında farklı ifade edilen genleri belirledik. Sonuçlarımız, SETD3'ün pluripotentliğin zamanla kapatılmasında ve yokluğunda gecikmiş ve kusurlu farklılaşmaya yol açan anahtar sinyal yollarına yanıt vermedeki rolünü göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Mouse embryonic stem cells (mESCs) are pluripotent cells that have self renewal capability. They can differentiate into all three primary germ layers: mesoderm, endoderm, and ectoderm during embryonic development. The embryonic development is controlled via spatiotemporal regulation of gene expression changes. The collaborative effects of Wnt, Nodal, BMP signaling pathways help form the primitive streak, and the subsequent definitive endoderm layer in the gastrulating embryo. Deactivation of core pluripotency network, and activation of germ layer specific transcription netwoks are required for this process. This is precisely achieved by chromatin-based regulation. SETD3 is a SET-domain containing methyltransferase that targets both histone and nonhistone proteins. An shRNA screen identified SETD3 as a key factor for mesendoderm commitment of mESCs. Setd3 knock-out mESC cannot upregulate pioneer transcription factors that initiate mesendoderm differentiation in vitro. In this project, we aimed to determine SETD3-dependent gene expression changes during the endoderm differentiation of mouse embyronic stem cells (mESCs) and we performed time-course endoderm differentiation experiments and employed RNA-sequencing to identify differentially expressed genes (DEGs) in the absence of SETD3. Our results indicate a role for SETD3 in timely downregulation of the pluripotent state, and response to key signaling pathways which leads to the delayed and defective differentiation in its absence.
Benzer Tezler
- Glioblastoma multiforme hücre hattında metforminin histon modifikasyonları üzerindeki etkisinin değerlendirilmesi
Evaluating the effect of metformin on histone modifications in glioblastoma multiforme cell line
MERT PEKERBAŞ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
GenetikEge ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HALUK AKIN
DOÇ. DR. MEHMET BURAK DURMAZ
- Multiscale computational investigation of the kynurenine 3-monooxygenase catalyzed hydroxylation reaction
Kinürenin 3-monooksijenaz katalizli hidroksilasyon tepkimesinin çok boyutlu hesaplamalı kimya yöntemleriyle incelenmesi
YILMAZ ÖZKILIÇ
- Yaş kemikler için elektromekanik bir model
An Electromechanical model for wet bones
M.TACETTİN ŞARIOĞLU
- Yapay sinir ağları ve genetik algoritmalar kullanılarak EKG vurularının sınıflandırılması
Classification of ECG beats by using artifical neural networks and genetic algorithms
ZÜMRAY DOKUR
- The effect of SETD3 on beta-catenin and canonical WNT signaling pathway activity in mouse embryonic stem cells
SETD3'ün fare emriyonik kök hücrelerinde beta-catenin ve kanonikal WNT yolak aktivitesi üzerindeki etkisi
CEREN ALGANATAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NİHAL TERZİ ÇİZMECİOĞLU