The effect of SETD3 on beta-catenin and canonical WNT signaling pathway activity in mouse embryonic stem cells
SETD3'ün fare emriyonik kök hücrelerinde beta-catenin ve kanonikal WNT yolak aktivitesi üzerindeki etkisi
- Tez No: 781905
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ NİHAL TERZİ ÇİZMECİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 114
Özet
Fare embriyonik kök hücreleri (EKH) kendini yenileyebilen ve endoderm, mezoderm ve nöroektoderme farklılaşabilen, pluripotent hücrelerdir. Farklılaşma, pluripotensi faktörlerinin deaktivasyonu ve ilkel tabakaya özgü genlerin aktivasyonu ile gerçekleştirildiğinden epigenetik faktörler bu süreçte önemli bir rol oynar. Daha önce gerçekleştirilen shRNA taraması SET bölgesi içeren bir epigenetik faktör olan SETD3'ün mezendoderm farklılaşmasında önemli bir faktör olduğunu göstermiştir. Ön verilerimize göre fare embriyonik kök hücreler (EKH) mezo/endoderme farklılaştırılmadan önce standart serum içeren EKH besiyerinde büyütüldüğünde normal EKH'ler başarılı bir şekilde farklılaşırken SETD3 geni silinmiş (setd3∆) EKH'ler aynı şekilde farklılaşamamaktadır. Ön verilerimize dayanarak bu projede SETD3'ün EKH'lerdeki β-catenin miktar ve lokalizasyonu ve kanonikal Wnt sinyal yolağı aktivitesi üzerindeki etkisini belirlemeyi amaçladık. Yakınlık ligasyon deneyi sonucunda kanonikal Wnt sinyal yolağının rolünü destekleyecek şekilde, SETD3 ve β-catenin'in EKH'lerde etkileşim içerisinde olduğunu gördük. Aynı besiyerinde büyütülen normal ve setd3∆ EKH'ler kullanılarak gerçekleştirilen immünositokimya deneyinde belirgin bir lokalizasyon farklılığı görülmese de çekirdek fraksiyonları kullanılarak gerçekleştirilen western blot deneyi sonucunda standart serum içeren EKH besiyerinde büyütülen setd3∆ EKH'lerin β-catenin seviyesinin, normal EKH'lere göre daha düşük olduğunu gözlemledik. Ek olarak lusiferaz deneyi sonuçları büyütme ortamından bağımsız olarak setd3∆ EKH'lerin normal EKH'lere kıyasla önemli ölçüde daha düşük β-catenin transkripsiyonel aktivitesi gösterdiğini ortaya çıkarttı. SETD3 yokluğunda gözlemlenen çekirdekteki düşük β-catenin seviyesi ve düşük kanonikal Wnt sinyal yolağı aktivitesi standart serum içeren EKH besiyerinde yetiştirilen setd3∆ hücrelerin mezendoderme farklılaşma kusurunu açıklayabilir.
Özet (Çeviri)
Mouse embryonic stem cells (mESCs) are self-renewing, pluripotent cells that can differentiate into endoderm, mesoderm and neuroectoderm. As differentiation requires deactivation of pluripotency factors and activation of germ layer specific genes, many epigenetic factors play an essential role. A previously performed shRNA screen showed that SETD3 which is a SET-domain containing epigenetic factor, is an essential factor for mesendoderm differentiation of mESCs. Our preliminary data demonstrated that when mESCs were grown in standard serum-containing mESC medium prior to directed differentiation, wild type mESCs can successfully differentiate into mesendoderm, while SETD3 knockout (setd3∆) mESCs cannot. According to our preliminary data, we aimed to identify the effect of SETD3 on the levels and localization of β-catenin as well as on the canonical Wnt signaling pathway activity in mESCs. Proximity ligation assay revealed that SETD3 and β-catenin are interacting in mESCs, further supporting the role of canonical Wnt signaling pathway. Even though immunocytochemistry assay performed wild type and setd3∆ mESCs grown in the same medium did not show significant localization differences, western blot experiments performed with nuclear fractions showed that setd3∆ mESCs grown in standard serum-containing mESC medium had lower levels of β-catenin than wild type mESCs. Additionally, luciferase assay results demonstrated that, regardless of the growth medium, absence of SETD3 results with significantly lower β-catenin transcriptional activity. Observed lower nuclear β-catenin levels and lower canonical Wnt signaling pathway activity in the absence of SETD3 might explain the mesendoderm differentiation defect of setd3∆ mESCs grown in standard serum-containing mESC medium.
Benzer Tezler
- Epigenetik mekanizmalar üzerine etkili ilaçların nöroinflamasyon hücre modelinde nöroprotektif rollerinin araştırılması
Investigation of the neuroprotective roles of drugs effective on epigenetic mechanisms on neuroinflammation cell model
ELİF KAYA TİLKİ
Doktora
Türkçe
2020
Eczacılık ve FarmakolojiAnadolu ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MİRİŞ DİKMEN
- Understanding how loss of histone H3 lysine 36 trimethylation enhances somatic cell reprogramming
Histon H3 lizin 36 üç-metil kaybının somatik hücre yeniden programlamasını nasıl geliştirdiğinin anlaşılması
BÜŞRA BAYIRBAŞI
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
GenetikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEVFİK TAMER ÖNDER
- Identification of MRG15 (MORFL1) as a barrier to somatic cell reprogramming
Somatik hücre yeniden programlamaya engel olarak MRG15 (MORFL1) tanımlanması
ELİFSU KARTAL
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
Moleküler TıpKoç ÜniversitesiHücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TEVFİK TAMER ÖNDER
- The role of histone H3 lysine 36 methylation in reprogramming of fibroblasts and on induced pluripotent stem cell generation
Histon H3 lizin 36 metilasyonunun yeniden programlama ve uyarılmış plüripotent kök hücre oluşumundaki rolü
BURCU ÖZÇİMEN
Doktora
İngilizce
2018
BiyolojiKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TEVFİK TAMER ÖNDER
- Improvement of biomethane production using rumen bacteria in anaerobic cattle manure digesters
Anaerobik inek dışkısı çürütücülerinde rumen bakterileri kullanılarak biyometan üretiminin iyileştirilmesi
GÜLŞAH GÜNEL
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHAR İNCE